Помимо засылки агентуры к партизанам люди Хольмстона-Смысловского занимались созданием собственных лжепартизанских отрядов, примером чему может служить отряд Роздымахи, оперировавший в Брянской области после ее освобождения. В Рипкинском районе Черниговщины аналогичный отряд был создан летом 1943 г. стараниями Дьяченко, результатом чего стала ликвидация советского партизанского отряда и убийство его руководителей.
В белорусском городке Осиповичи действовал под видом рабочего сотрудник «Зондерштаба» (Бобруйская резидентура) Виктор Курцын. Результатом его деятельности стала ликвидация городского подполья в сентябре 1943 г. Уцелевшие подпольщики были вынуждены уйти в лес, свернув свою деятельность в городе.
Агентура подбиралась и вербовалась из бывших членов партии и комсомола, советских активистов, неустойчивых партизан, лиц, ранее репрессированных, женщин, имевших связи с руководящим составом партизанских отрядов. Вербовка производилась под угрозой ареста или отправления на работу в Германию, либо с учетом тяжелого материального положения вербуемого.
Для выявления партизан и их связей использовались также старосты, полицейские, лесники, а также родственники и близкие агенты резидентов.
В контрразведывательной работе резидентуры широко применяли маршрутные поездки агентов в районы действий партизанских отрядов под видом переписи скота, учета беспризорных детей, торговли штучными товарами. Эта агентура добывала сведения путем разработки лиц, связанных с партизанами.
Зондерштаб также проводил работу по выявлению советских разведчиков-парашютистов.
Помимо разведработы и контрразведки велась антисоветская пропаганда на оккупированной территории. Сотрудники отдела пропаганды распространяли агитационную литературу, организовывали собрания и беседы, вербовали военнопленных в ряды РОА.
Штаб работал в тесном контакте с СД и ГФП, отделами 1Ц воинских частей, фельд- и ортско-мендатур, куда передавали добытые материалы для реализации.
Для подготовки квалифицированных агентов при «Зондерштабе-Р» в Варшаве действовали специальные курсы «внутренней разведки». Занятия с курсантами проводились в помещении общежития сотрудников штаба на Хмельной улице, д. 7. Преподавателем курсов бьш бывший полковник РККА Старунин И. А. (он же Зудков или Зуев). Курсантам читали лекции о способах установления дислокации партизанских отрядов, их численности и вооружении, о методах подбора, заброски и внедрения агентуры. Проводились практические занятия по составлению донесений, разработке легенд и заданий. Агенты также изучали топографию, слушали лекции о политическом строе Германии, ее истории.
Председатель Польского отдела НТС А. Э. Вюрглер в 1942–1943 г. возглавлял 3-й отдел «Зондерштаба-Р» и был убит при загадочных обстоятельствах. В начале войны многие солидаристы с помощью «Зондерштаба» получали надежные документы, немецкую униформу и действовали на оккупированной территории СССР, отстраивая свои первичные организации и пытаясь создать «Третью силу» в среде партизанских отрядов. Б. Прянишников пишет, что цели НТС и Смысловского не совпадали, и Вюрглер и другие солидаристы, в противоположность Регенау, пытались направить партизан как против немцев, так и против Советской власти. О тайной деятельности НТС у себя под боком Регенау узнал от собственной агентуры и принял меры. Вюрглер был обвинен в заговоре, а один из руководителей НТС Байдалаков и того хуже — в связях с польским подпольем и английской разведкой. 23 декабря 1943 г. в Варшаве среди белого дня А. Э. Вюрглер был убит двумя выстрелами в затылок. Тайна этого убийства не раскрыта до сих пор.
Прохладные отношения сложились у Смысловского с генералом А. А. Власовым. Два совершенно разных по мировоззрению офицера не смогли найти общего языка. Две встречи в конце 1942 и в апреле 1943 г. результатов не дали. В конце 1944 г. Власов предложил Смысловскому должность начальника штаба Вооруженных Сил КОНР, однако Регенау не дал своего согласия. До последних дней войны Смысловский считал власовскую идеологию социалистической и не мог согласиться с призывами к борьбе с Великобританией и США. Впоследствии Смысловский признал, что при другой военно-политической обстановке власовское движение могло бы сыграть свою роль как один из сильнейших факторов, способных дестабилизировать советскую государственную машину.
В отличие от А. А. Власова, Смысловский подчеркивал, что целью борьбы может быть только победа над СССР, а до борьбы Германии против «западных плутократий» ему никакого дела нет. Впоследствии такая позиция сыграла свою роль при установлении контакта с представителями западных спецслужб.
К началу 1943 г. была произведена реорганизация русских разведывательных подразделений Смысловского, которые объединили в «Дивизию особого назначения «Россия»» («Zonderdivision «R»»). В состав дивизии вошли учебные батальоны и личный состав Варшавской «Русской объединенной разведшколы». Формирование влилось в Вермахт и позднее стало известно как дивизия «Россия». Начальником штаба соединения стал М. М. Шаповалов.
В начале ноября 1943 г. резидентуры на местах были реорганизованы. 1-й оперативный отдел штаба был расширен и преобразован в оперативно-разведывательное управление, в составе трех отделов — русского, украинского (начальник — полковник Крыжановский П. Е.) и белорусского (начальник — Рискевич, бывший капитан югославской армии). На отделы была возложена задача по проведению зафронтовой разведки советских вооруженных сил и о положении в неоккупированных областях СССР. Отделы состояли из двух основных отделений: внешней разведки и партизанской разведки, кроме того, были введены должности специальных офицеров-вербовщиков агентуры.
Разведывательно-резидентские области были подчинены отделам по национальному признаку.
Штат каждой разведывательно-резидентской области после реорганизации состоял из главного резидента — начальника области, трех помощников и нескольких курьеров для связи с районными резидентами. В областной аппарат также входили вер-бовшик агентуры и несколько штатных агентов, работавших с рядовым осведомлением и выполнявших иные задания резидентов.
В подчинении каждой разведывательно-резидентской области было 8—20 районных резидентур.
Осенью 1943 г. резидентам было предложено срочно выявить из их агентуры специалистов-радистов и связистов, а также других подходящих лиц, которых можно было бы направить в школу разведчиков-радистов.
Для обучения радистов были организованы курсы в м. Миттенгайде, близ г. Алленштайна, в Восточной Пруссии. На курсах обучалось около 30 агентов. Начальником курсов был лейтенант Гресс, преподавателем разведдела — немец Лейдер.
Для активизации зафронтовой разведки начальники резидентских областей с рабочим аппаратом были передислоцированы ближе к фронту и должны были постоянно находиться при штабах тылов немецких армейских групп. Их помощники по внешней разведке были прикомандированы к разведывательным абверкомандам, дислоцировавшимся на территории резидентской области. К штабам армий были прикомандированы по 3 офицера разведки и связи из разведывательно-резидентских областей, которые должны были осуществлять заброску агентуры и руководство ею в контакте с абвергруппами.
Особое внимание уделялось созданию разведывательных резидентур на освобождаемой советскими войсками территории. Осенью 1943 г. главным и районным резидентам было направлено несколько директив по этому вопросу, в одной из которых предлагалось: «…В случае оставления пункта по причине отвода германских войск, резидентуре вменяется в обязанность оставлять на месте прежней дислокации своих агентов для разведывательной работы в тылу противника».
Оставляемые на оседание резидентуры подбирались из пожилых людей и инвалидов, не подлежавших мобилизации в армию или на трудовые работы. Эти агенты должны были собирать данные о численности и технической оснащенности воинских частей Красной Армии, политическом настроении военнослужащих и местного населения.
Конкретные задания агенты получали из отделов 1Ц немецких воинских частей, действовавших на близлежащем участке фронта. Резидент «Зондерштаба-Р» представлял намеченных для оставления агентов сотрудникам отдела 1Ц для получения задания и паролей. Кроме того, резидент оставлял агентам пароль для связи с резидентурой. При отступлении вермахта резидент должен был передвигаться вместе с комендатурой, которая ранее дислоцировалась в районе его действий, и возобновлять работу в новых местах дислокации комендатуры.
Для связи с агентами, оставленными на советской территории, резидент создавал в тылу немецких войск явочные пункты. Полученные от агентуры разведматериалы начальник явочного пункта передавал своему резиденту, а тот должен был срочно доставить их в «Зондерштаб-Р».