И тогда Наталья Кирилловна надумала женить сына на молодой красавице и стала присматривать будущую невестку среди лучших столичных невест.
После раздумий, она остановила свой выбор на двадцатилетней московской дворянке Евдокии Лопухиной, девушке красивой, но не очень умной и, главное, очень несхожей со своим мужем по характеру.
Петр вскоре остыл к молодой жене и все чаще подолгу оставался на Плещеевом озере.
Наезжая в Москву, Петр все чаще стал интересоваться государственными делами, что насторожило и испугало Софью и ее сторонников. В Кремле видели, что орленок расправляет крылья, но видели также и то, что противная ему сторона - прежде всего сама Софья и Шакловитый, а также и князь Голицын не намерены уступать власть молодому претенденту.
Опасаясь еще большего усиления Шакловитого, а вместе с ним и Софьи, враги Федора Леонтьевича решили опереться на семнадцатилетнего царя Петра и в ночь с 7 на 8 августа 1689 года донесли, что начальник Стрелецкого приказа злоумышляет на жизнь его самого и его матери.
(Впоследствии все восемь доносчиков получили по тысяче рублей огромные деньги, если срубить и поставить избу, стоило тогда один рубль). Петр поверил извету и тотчас же бежал из подмосковного села Преображенского в Троице-Сергиев монастырь, за мощными стенами которого семь лет назад скрывалась царевна Софья.
Петр бежал туда по совету Бориса Голицына, двоюродного брата Василия Голицына. В ту пору Борис Голицын был одним из ближайших сподвижников Петра и имел на него сильное влияние. Петр примчался в Троицу почти один, - лишь несколько человек сопровождали его, но уже на следующий день к нему приехала его мать, его любимая сестра Наталья и молодая жена - царица Евдокия.
А следом за ними к воротам монастыря подошел большой и сильный отряд, который привел швейцарец, полковник Франц Лефорт, - любимец Петра и верный его друг.
За то, что Лефорт первым из офицеров-иностранцев примчался на помощь к Петру, он был произведен в генералы.
Вслед за Лефортом в монастырь пришло еще несколько офицеров-иностранцев и оставшийся верным Петру стрелецкий Сухарев полк. Еще через три дня прибыли и телеги с порохом, ядрами, картечью, пушками и мортирами. А к концу августа в Троицу пришли со всеми урядниками еще пять стрелецких полковников.
Патриарх Иоаким, посланный в Троицу царевной Софьей, для того, чтобы помирить ее с братом, не только не стал миротворцем, но ясно дал понять Петру, что стоит на его стороне и дальше будет держаться точно так же.
Почувствовав, что сила на его стороне, Петр 1-го сентября потребовал выдать ему Шакловитого "головой" и после того, как Софья, помешкав неделю, все же выдала своего любимца, хотя при этом и обливалась слезами, Федора Леонтьевича поставили на пытку и 12 сентября отрубили голову.
Василия Голицына отправили с женой и детьми к Северному Ледовитому океану, а царевну Софью заточили в московский Новодевичий монастырь.
Софья умерла монахиней 3 июля 1704 года 46 лет, а Голицын умер в изгнании в 1714 году, когда было ему 70 лет.