После сокрушительного военного разгрома грузинское правительство попыталось организовать на территории Абхазии партизанскую войну. На официальном уровне этот факт всегда отрицался, но спецслужбы Грузии помогали партизанской группе Дато Шенгелия. Снабжали их оружием, диверсионными устройствами. Обучали их диверсионному делу.
Кроме того, сотрудники МГБ занимались поиском бывшего президента Грузии Гамсахурдия. Одно из спецподразделений МГБ вышло на его след. Сотрудники спецслужб окружили местность, где он находился. И. Гиоргадзе позвонил Эдуарду Шеварднадзе и сказал: «Завтра я могу провести спецоперацию и задержать Звиада Гамсахурдия». На что он получил ответ: «Живой он Грузии не нужен». То есть, грубо говоря, Шеварднадзе дал приказ об уничтожении. И. Гиоргадзе отказался выполнить приказ.
Уже после этого — в ночь с 31 декабря 1993 года на 1 января 1994 года — Звиад Гамсахурдия якобы покончил с собой. В январе удалось найти место его захоронения — в хозяйственной постройке одного из селений Мингрелии. Была создана правительственная комиссия, в которую вошел вице-премьер Грузии, ведущие министры и глава прокуратуры. Эта комиссия вынесла заключение о том, что Звиад Гамсахурдия покончил с собой. Подписи поставили все, кроме И. Гиоргадзе. Он настаивал, что даже при поверхностном осмотре входящего и выходящего отверстий в голове экс-президента можно было сделать вывод — это было убийство, а не самоубийство.
На какое-то время Гиоргадзе казался сильнейшим политическим игроком в Грузии, но в стране со многими конкурирующими кланами (в том числе и силовыми министерствами), где правит искушенный в политике «разделяй и властвуй» президент, такое положение было трудно сохранить. Гиоргадзе распрощался с властью наряду с лидером «Мхедриони» Джаба Иоселиани. После этого наступил черед верховенства МВД. Десантно-штурмовая бригада была переподчинена непосредственно руководству МВД, а потом стала частью внутренних войск, которые также входят в систему МВД.
Уже начиная с 1994 г. И. Гиоргадзе вступил в конфликт с Эдуардом Шеварднадзе. Сам Гиоргадзе объясняет свой конфликт так: «С 1994 года расхождения во взглядах на то, как должна строиться Грузия, между мной и Эдуардом Шеварднадзе достигли апогея. На ноябрь 1995 года были назначены президентские выборы. По рейтингам, проведенным в апреле — мае, я намного опережал Эдуарда Шеварднадзе — так же, как опережали его Аслан Абашидзе и бывший первый секретарь ЦК Компартии Грузии Джумбер Патиашвили.
Мои действия и высказывания свидетельствовали о том, что я как руководитель Службы Государственной Безопасности Грузии не буду способствовать фальсификации выборов. Легким выходом из этой ситуации было инсценировать покушение на Эдуарда Шеварднадзе и взять под одну гребенку всех его политических противников».
Поэтому, когда 29 августа 1995 года рядом с автомобилем Эдуарда Шеварднадзе, во дворе здания Парламента был подорван тротиловый заряд, Гиоргадзе был тотчас смещен с занимаемой должности и улетел из Грузии с российского военного аэродрома в Вазиани. Грузинские власти через СМИ объявили Гиоргадзе «террористом № 1» и он был объявлен в розыск по обвинению в организации этого теракта. Впоследствии он был также заочно обвинен в организации убийств политических деятелей и подготовке государственного переворота.
После покушения на Шеварднадзе было арестовано около 400 человек. Конечно, на волне этого поиска врагов и при поддержке административного ресурса Эдуарду Шеварднадзе удалось выиграть выборы». В то же время, по словам Гиоргадзе «покушение на Шеварднадзе организовали тогдашний министр внутренних дел Грузии Шота Квирая и те, кто руководил личной службой безопасности Эдуарда Шеварднадзе».
…
В связи с этим существует и другая версия покушения на Шеварднадзе. Шота Квирая, был назначен на пост министра МВД по протекции убитого в это время «вора в законе» Гиви Берадзе, известного под кличкой Гиви Резаный. Целью разгрома службы госбезопасности было устранение всех препятствий для наркоторговли и переход контроля над ней в руки Квирая. Для этой же цели были нейтрализованы и посажены в тюрьму Тенгиз Китовани и Джаба Иоселиани, а организация последнего «Мхедриони» — уничтожена.
Однако следствие утверждало, что Гиоргадзе вызвал к себе своего бывшего заместителя Темура Хачишвили и бывшего руководителя корпуса спасателей Грузии Гигу Гелашвили, командира «Альфы» и поручил им осуществить теракт. В 1997–1998 годах шел процесс над теми, кто покушение якобы совершал и организовывал. В течение двух лет перед судом предстали 14 обвиняемых, 168 потерпевших и 365 свидетелей. Ни один из них не дал показаний против И. Гиоргадзе и не представил ни одного вещественного доказательства.
Сам Шеварднадзе уже после своей отставки признавался: «Одна большая заслуга у него (Игоря Гиоргадзе) действительно есть. Я назначил его министром после падения Сухуми. В то время Китовани (бывший министр обороны) задумал новую атаку на Абхазию. Это могло обернуться огромной бедой. Тогда я попросил Гиоргадзе, чтобы он остановил эту авантюру, иначе в Грузии могла произойти большая беда. Он не только остановил, но задание выполнил на пятерку, всех вернул назад».
…
В июле 2001 года Гиоргадзе дистанционно организовал в Тбилиси Всегрузинский Патриотический Альянс «Самшобло» (Родина) и создал партию «Справедливость». К нему примкнули такие мало совместимые люди, как диссидентка 80-х годов и близкий к Шеварднадзе политик Ирина Саришвили (в убийстве ее мужа и лидера Национал-демократической партии Грузии Георгия Чантурии в 1994 году Гиоргадзе также обвиняли) и бывший министр МВД в правительстве Аджарии времен Абашидзе Джемалом Готиридзе.
* * *
Примерно с 1993 года Э. Шеварднадзе начал налаживать связи с американскими спецслужбами. Американцы набрали 50 человек грузин, вывезли их в США, полгода обучали, экипировали самым современным оружием. Программа стоила 6 миллионов долларов. Так в Грузии появилось спецподразделение «Омега», которое, по замыслу США, должно было обеспечивать безопасность Эдуарда Шеварднадзе на случай каких-то экстраординарных событий. Более того, президент США Билл Клинтон секретным распоряжением поручил ЦРУ и специальным вооруженным силам — коммандос — выполнять специальную программу, подразумевающую намерение удержать Эдуарда Шеварднадзе у власти.
Известно, что с грузинской территории самолеты НАТО начали вести разведку южных регионов России еще во времена Шеварднадзе. В Гори специалисты США построили современный центр радиоэлектронной борьбы и разведки, который контролирует пространство и эфир Южной Осетии, а в Кехви — комплекс передовой радиолокационной станции и полевые установки военной разведки Грузии. Поэтому еще в 1997 г. Грузия стала участником американской программы противовоздушной обороны Regional Airspace Initiative. Эта программа была специально разработана для стран Восточной Европы в 1994 г., и одна из главных ее задач — установка так называемых ASOC — Air Sovereignty Operations Centers (в русской классификации — национальные оперативные центры контроля воздушного пространства).
Подобные центры позволяют обмениваться информацией со всеми странами НАТО и включают в себя систему военных радаров с функциями радиоперехвата. Установленный на территории Грузии центр способен отслеживать ситуацию на всем Северном Кавказе, включая территорию Чечни.
Что касается российских спецслужб, то в эти годы, по свидетельству очевидцев, руководство ФСК просто махнуло рукой на бывших братьев, отказываясь от совместных операций с соседями. А последней каплей для многих республик стало известие о том, что в российских посольствах в СНГ ввели штатные должности прикрытия для разведчиков — несмотря на то, что к 1994 году Россия подписала с большинством стран СНГ соглашения о неведении друг против друга разведдеятельности. Вялые попытки перетянуть на свою сторону спецслужбы СНГ начались только в 1995 году. В конце мая 1995 года в Тбилиси был подписан договор о сотрудничестве между спецслужбами стран СНГ. Но дальше проведения встреч в рамках СРОБ (совета руководителей органов безопасности) сотрудничество не двигалось. Лишь в 1996 году Россия решила пойти дальше протокольных встреч и выдвинула идею о создании Объединенного банка данных (ОБД) по борьбе с оргпреступностью. В том же году было подписано соглашение, по которому в проекте ОБД приняли участие спецслужбы России, Украины, Азербайджана, Армении, Белоруссии, Грузии, Казахстана, Киргизии, Молдавии, Таджикистана, Туркмении и Узбекистана. В 1997 году была запущена первая очередь ОБД: в столице каждого государства — участника проекта были установлены терминалы, а в Москве заработало центральное звено.