В это же время в Абхазии прошла секретная операция грузинских и греческих спецслужб, которая долгое время оставалась незамеченной. Итак, в июле 1993 г. обычным рейсовым самолетом Москва — Тбилиси в столицу Грузии прибыл тогдашний военный атташе посольства Греции в Москве полковник Кусулис. Вместе с ним в Тбилиси прилетели генеральный консул Дионисий Каламврезос и «сотрудник посольства» Текнопулос. На летном поле их встретил замминистра обороны Грузии генерал Гландавадзе, отвечавший тогда за наиболее деликатные моменты работы министерства. Греки провели в Тбилиси ряд встреч с руководством Грузии и отправились в Сухуми. Там их поселили в бывшем санатории Минобороны России — единственном относительно безопасном месте в городе. Перемирие пока соблюдалось, и абхазы не обстреливали Сухуми, однако бандитизм и мародерство процветали. Поэтому греков тщательно охраняла военная полиция Грузии.
Греческие дипломаты развили бурную деятельность. Они посетили ряд абхазских сел (Павловка, Мичурино, Одиси, Темерцики и Халцедон) населенных преимущественно этническими греками. Местные греки встречали их торжественно, устраивали шикарный обед. Практически ежедневно дипломаты перезванивались с посольством в Москве. Абхазы готовились к последнему решительному наступлению на Сухуми, и на линии фронта вновь начались перестрелки, хотя от артобстрела города пока воздерживались. Греки хотели быть уверенными, что перемирие продлится еще неделю. Такую гарантию могли дать только абхазы, связь с которыми поддерживали только русские. Каламврезос срочно (уже на следующий день, 9 августа) вернулся в Тбилиси. Ночью его принял тогдашний российский посол в Грузии Земский, который заверил грека, что еще дней десять абхазы наступление не начнут.
В начале августа в Тбилиси прибыл транспортный самолет, на борту которого находилось 11 офицеров Генерального штаба национальной обороны Греции. Все они хорошо говорили по-русски, прошли специальную подготовку и были прекрасно вооружены. В Тбилисском аэропорту их встретил Каламврезос. На следующий день на небольшом самолете (всего 15 мест) греки вернулись в Сухуми. Греческие спецназовцы обследовали порт, прилегающие к нему улицы и посты грузинских гвардейцев в этом районе города. Затем Каламврезос, полковник Кусулис и руководитель группы спецназовцев посетили командующего 4-м армейским корпусом грузинской армии генерала Датуашвили.
Рано утром 15 августа 1993 года 11 спецназовцев Генерального штаба национальной обороны Греции приехали в сухумский порт и установили блокпост у единственного въезда на его территорию. Одновременно к первому причалу пришвартовалось судно «Viscountess» с которого началась разгрузка гуманитарных грузов. А к блокпосту на въезде в порт потянулись толпы людей — это были абхазские греки из самого Сухуми и окрестных сел, которые посетили ранее Кусулис и Текнопулос. Через блокпост их пропускали группами по пять человек, выдавая греческие паспорта. Абхазские греки поднимались на борт «Viscountess» уже полноценными гражданами Греческой республики. Операция закончилась в пять часов вечера, когда судно «Viscountess» отошло от сухумского причала с 1013 абхазскими греками на борту. Командующий абхазским флотом дагестанский адмирал Али Алиев распорядился пропустить судно. Оно беспрепятственно вышло в нейтральные воды и через несколько дней благополучно достигло Александруполиса. В последние годы Греция передала военно-морскому флоту Грузии несколько боевых кораблей.
Но вернемся к военным действиям в Абхазии. Затишье на грузино-абхазском фронте длилось не долго. 16–27 сентября 1993 года разгорелось сражение, вошедшее в историю конфликта как «Битва за Сухуми». Абхазы нарушили перемирие и возобновили наступление. Для усиления своей группировки грузины попытались перебрасывать войска в Сухуми на гражданских самолетах. Абхазы, развернув настоящую охоту на гражданскую авиацию, сумели сбить с зенитных установок на катерах несколько самолетов, заходивших на посадку в аэропорту Сухуми. Как утверждают участники боевых действий (с абхазской стороны), значительную роль сыграло также получение абхазами от России некоторого количества артиллерийских орудий и минометов, обеспечение их необходимыми боеприпасами и обучение боевых расчетов.
В конце сентября Сухуми был взят абхазскими и северокавказскими отрядами (в составе которых боевой опыт получили многие будущие чеченские боевики, в том числе Шамиль Басаев и Руслан Гелаев). Существует несколько противоречивых версий относительно того, каким образом удалось выбраться из осажденного города самому Эдуарду Шеварднадзе, однако и абхазы, и грузины сходятся во мнении, что он бросил свои войска и мирное население на произвол судьбы.
Но мало кто помнит, что именно благодаря помощи российских морских пехотинцев Э. Шеварднадзе остался жив после визита в Абхазию. Итак, в сентябре 1993 года Шеварднадзе отправился в Абхазию, решив на месте ознакомиться с ситуацией. Однако в результате активных действий абхазских вооруженных сил президент Грузии оказался блокирован на Сухумском аэродроме. Положение было критическим — аэродром был окружен со всех сторон «шилками» (зенитная установка), охрана Шеварднадзе из последних сил отбивала атаки абхазских вооруженных подразделений.
За развитием ситуации внимательно следили в Москве и Верховный главнокомандующий Ельцин, и министр обороны Павел Грачев. Задача обеспечить вывоз Шеварднадзе из Абхазии была поставлена непосредственно Грачевым. Из Севастополя в срочном порядке вышел высокоскоростной десантный корабль «Зубр» на воздушной подушке под командованием капитана первого ранга Максимова. На корабле находилась рота морской пехоты, которую возглавлял полковник Корнеев. Руководил операцией непосредственно с командного пункта командующий флотом Эдуард Балтии.
В Сухуми в это время находилась рота ВДВ, но у нее к тому времени кончались боеприпасы и продовольствие, и она не могла оказать влияния на ситуацию. Планировалось, что воздушно-десантная рота выведет Шеварднадзе на берег и посадит на корабль. Естественно, все абхазские зенитные средства стояли вокруг аэродрома в ожидании взлета самолета Як-40 с Шеварднадзе на борту.
Надо сказать, что шум двигателей десантного корабля напоминает шум реактивного самолета. «Зубр» подошел ночью к берегу, и абхазы решили, что их атакует мощное российское авиационное соединение. Все средства ПВО были выведены на берег.
С корабля было видно сплошную линию огня, и к берегу подойти было невозможно. Корабль сделан из легко воспламеняемых сплавов и может получить пробоину, ведь стреляли прямой наводкой. «Зубр» несколько раз уходил обратно в море. Корабль все время менял направление ожидаемой высадки, кроме того, ночью его видно не было, слышно только мощный рев. Корабль всеми своими средствами вел огонь на поражение по берегу. Абхазские формирования, не понимая, с кем ведут бой, то пытались отражать удары авиации, то препятствовали высадке морского десанта. Воспользовавшись отвлечением сил и средств абхазской ПВО, пилоты Шеварднадзе подняли Як-40 и на очень малой высоте над рекой вышли в море, развернулись, ушли в сторону Поти и сели под Кутаиси. Абхазские военные по сей день недоумевают, как единственный корабль создал такую панику.
Поражение Шеварднадзе в абхазской войне заставило резко активизироваться сторонников 3. Гамсахурдия. «Звиадисты» не смирились с изгнанием первого президента Грузии и сплотились для продолжения борьбы с новой грузинской властью. Географическим центром объединения звиадистов стал город Зугдиди. Сторонники первого грузинского президента под командованием Лоти Кобалия к концу августа взяли ряд городов Западной Грузии — Сенаки, Абашу и Хоби. В начале сентября 1993 в Зугдиди собрался звиадистский парламент Грузии, избранный в октябре 1990 г., депутаты которого призвали Президента Гамсахурдия вернуться на родину, что тот и сделал. В начале сентября Лоти Кобалия взял под свой контроль город Гали и Гальский район. Уже в середине сентября звиадисты подошли к Поти. В начале октября 1993 г. звиадисты захватили стратегически важные пункты — Поти и Самтредиа и фактически блокировали железнодорожное сообщение на Тбилиси и доставку в столицу продовольствия. Бои уже шли на подступах к Кутаиси. Гамсахурдия опять вернулся в Грузию, у него был реальный шанс взять власть в свои руки. Но после того, как Шеварднадзе согласился на размещение российских военных в Грузии и вступление страны в СНГ, российская армия начала операцию по уничтожению звиадистских групп. В течение октября — начала ноября движение звиадистов было разгромлено с помощью российской армии, а сам Гамсахурдия совершил самоубийство в декабре 1993.
К 30 сентября 1993 года абхазскими и северокавказскими вооруженными формированиями контролировалась уже вся территория автономии. В октябре 1994 года был избран первый в истории Абхазии президент. Им стал историк, доктор наук Владислав Ардзинба.