Вторая линия возрождения буддизма на тибетском плоскогорье была чисто йогической, она восходила к индийской традиции махасиддхов (великих совершенных), связанной с именами таких знаменитых йогинов, как Тилопа и Наропа. В Тибет ее принес йогин и переводчик Марпа, проповедовавший узкому кругу своих учеников методы «шести йог Наропы». Большое значение Марпа и его преемники придавали также практике маха-мудры — непосредственного постижения природы своего сознания как природы Будды. Школа, основанная Марпой, получила название Кагью-па (монголизированное произношение — Каджуд-па), восходящее к тибетскому корню гью/джуд, означающему нить, струну, а метафорически — традицию, линию передачи учения (этим словом, кстати, переводилось и санскритское «тантра»). Поскольку индийские махасиддхи придавали огромное значение непосредственной передаче учения, йогических посвящений и практических методов от учителя к ученику, их тибетские преемники и обозначили свою школу этим словом (Кагью-па — школа Преемственности).
Любимым учеником Марпы и его преемником в качестве главы школы стал крупнейший тибетский поэт Миларепа (1040—1123). В юности Миларепа был далек от буддизма, и даже практиковал черную бонскую магию с целью извести родственников, ранее причинивших много зла его семье. Позднее Миларепа пережил глубокое раскаяние и обратился в буддизм. После тяжких испытаний он стал учеником Марпы, который и сделал его своим преемником. Миларепа стоит у истоков тибетской традиции уединенного горного отшельничества: в труднодоступных горных пещерах он практиковал йогу туммо — внутреннего тепла, которая, по его словам, неоднократно спасала его во время суровых тибетских зим. Практика туммо занимает важное место в методах школы Кагью и в настоящее время когда вы слышите о гималайских «йогах», в лютую стужу соревнующихся в горах в том, кто скорее высушит теплом своей обнаженной спины мокрую простыню, знайте, что речь идет именно о кагьюпинских репа(рес-па) — носящих белые льняные одежды йогинах, практикующих туммо. Будучи незаурядным поэтом, Миларепа написал множество стихов и песен, которые еще в недалеком прошлом знал наизусть любой традиционно образованный человек в Тибете и Монголии.
Своим преемником Миларепа сделал одного из своих самых поздних учеников — Гамбопу (Гампо-пу), автора многих ученых буддийских сочинений. Со времени Гамбопы у школы Кагью-па появились свои монастыри, и индивидуальная йогическая практика оказалась дополненной принципами монашеской дисциплины.
После Гамбопы школа Кагью-па разделилась на несколько ветвей — субтрадиций (так называемые «четыре большие и восемь малых»). Наиболее важным и влиятельным стало направление, известное как Карма-кагью (слово «карма» здесь восходит к названию главного монастыря этого направления — основанной в 1147 г. обители Кармаданса). Духовный глава направления носит титул Кармапа (в настоящее время школу возглавляет Кармапа XVII). Карма-кагью иногда называют «черношапочной школой», потому что «короной» Кармап является головной убор черного цвета, пожалованный Кармапе одним из китайских императоров династии Юань (1279—1368). Сегодня эта регалия находится в монастыре Румтек в гималайском княжестве Сикким (до 1975 г. — под индийским протекторатом, с 1975 г. оккупировано Индией). Кармапа считается третьим по статусу иерархом Тибета (после Панчэн-ламы и Далай-ламы).
Другие субтрадиции школы Кагью-па были постепенно вытеснены доминирующей в Тибете с XVII в школой Гелуг-па на окраины тибетского мира. Сейчас они занимают лидирующие позиции в таких гималайских областях, как королевство Бутан, Сикким, Ладак (в составе индийского штата Джам-му и Кашмир), а также в некоторых частях Непала. В Ладаке весьма влиятельна субтрадиция Дригун-кагью (Бригун-кагью), всегда бывшая довольно малочисленной, но прославившаяся ученостью своих монахов, написавших множество сочинений по различным аспектам теории и практики тибетского буддизма. Одним из наиболее авторитетных представителей этого направления на Западе является тибетский лама Ламчэн Гьялпо Римпоче, длительное время возглавлявший ассоциацию буддистов Тайваня, а ныне создавший религиозный и культурно-образовательный центр в США (штат Нью-Джерси). Летом 1992 г. он приезжал в Петербург и проповедовал в Санкт-Петербургском буддийском храме — Дацане Гунзэчойнэй.
В конце XII в. самой влиятельной школой тибетского буддизма становится основанная еще в 1073 г. школа Сакья-па (буквально: «Желтая Земля», по названию местности, где был возведен первый монастырь этой школы). Школа Сакья-па прославилась как выдающимися учеными трудами своих иерархов, так и политической ролью, которую она играла в Тибете в XIII—XIV вв. Именно с этой школой связано и происхождение титула Далай-лама («лама, [чья мудрость подобна] океану») — так назвал одного из виднейших иерархов Сакья-па, ее пятого главу Пагба-ламу китайский император Монгольской династии Юань Хубилай (юаньский Ши-цзу, 1279—1294).
Монастырь Сакья контролировался аристократическим кланом Кхон, из числа представителей которого выходили иерархи этого направления буддизма. Школа Сакья-па не требовала обязательного безбрачия у духовных лиц, но существенным ограничением здесь было требование прекратить половую жизнь после рождения наследника. Однако сакьяские иерархи принимали монашеские обеты, что привело к установлению практики передачи сана настоятеля и первоиерарха школы от дяди к племяннику в рамках клана Кхон.
Доктрина школы Сакья-па восходила к учению индийского йогина, махасиддхи Вирупы, провозгласившего принцип «плод—результат», согласно которому цель пути непосредственно реализуется в процессе его прохождения. По философским взглядам последователи Сакья-па придерживались синтеза умеренной мадхьямаки и йогачары.
Несмотря на то, что представители школы Сакья-па отличались ученостью и были авторами многочисленных сочинений, эта школа прославилась прежде всего своей политической активностью в плане достаточно успешных попыток объединения Тибета в единое теократическое государство; в этом отношении иерархи Сакья-па, несомненно, были непосредственными предшественниками гелугпинцев. Сакьяс-цам практически удалось достичь этой цели, чему способствовали их тесные контакты с правителями монгольской императорской династии Юань в Китае.
Помимо основной ветви к школе Сакья-па примыкал еще ряд субтрадиций, наиболее влиятельной из которых было направление Джонанг-па (также по названию центрального монастыря этой субтрадиции), обозначенное известным британским буддологом Дж. С. Руеггом как «школа буддийских онтологов». Уникальностью Джонанг-па является ее исключительная ориентация на сутры, провозглашающие учение о Татхагатагарбхе в качестве высшей и окончательной доктрины, что роднит ее со школами китайского буддизма. Придавали большое значение джонагпинцы и практике йоги, уделяя особое внимание знаменитой «Калачакра тантре» («Тантра Колеса Времени»). Противники обвиняли последователей Джонанг-па в том, что ее учение находится под влиянием небуддийских, брахманистских идей, что вряд ли соответствовало действительности. Тем не менее, в XVII в. гелугпинцы, установившие контроль своей школы над Тибетом, запретили направление Джонанг-па как «еретическое», оно почти прекратило свое существование и возродилось только во второй половине XIX в.; в настоящее время эта школа насчитывает несколько тысяч последователей. Однако гелугпинцы вряд ли были искренни в объяснении мотивов своих репрессий — например, они не предприняли никаких акций против школы Ньингма-па, хотя ряд ее доктрин и форм практики гораздо дальше отходили от общепринятого в Тибете буддийского стандарта. Скорее причиной запрета Джонанг-па стало то обстоятельство, что ее активно поддерживали феодальные кланы, решительно противившиеся установлению в Тибете теократии Далай-лам.
Несмотря на то, что Джонанг-па никогда не была особенно многочисленна, она дала миру одного выдающегося буддийского ученого — Таранатху (Дараната Гунга Ньинбо, 1575—1634). Таранатха был историком, знатоком санскрита, собирателем и восстановителем памятников истории Тибета. Он перевел ряд санскритских грамматических сочинений, но прославил Таранатху его собственный труд — знаменитая «История буддизма в Индии» (1608 г.). «Перерождениями» Таранатхи считались ургинские хутухты — первоиерархи монгольской буддийской «церкви».
Позднее других оформилась в качестве организованной школы Ньингма-па, хотя само это название и означает «старая», или «древняя», поскольку ее последователи считали, что они хранят верность тому буддизму, который принес собой в VIII в. из Индии Падмасамбхава, почитаемый ими как Гуру Римпоче («Драгоценный Учитель»), и отвергают все пришедшие в Тибет позднее доктрины и формы практики как ненужные нововведения. Таким образом, ньингмапинцы являются своеобразными «старообрядцами» Тибета.