В 1622 г. Могила приехал в Киев, где перед ним встала дилемма: выбрать политическую карьеру (Сигизмунд III предлагал ему молдавский престол) или духовную. К последней по преданию его подтолкнуло чудесное выздоровление после тяжелой болезни. В марте 1627 г. умер архимандрит Киево-Печерской Лавры Захарий Копистенский. Могила решил выдвинуть свою кандидатуру на должность главы Лавры. Хотя тогда ему было всего двадцать лет, Могила превосходил всех соперников своими влиятельными связями и тем, что имел конкретный план как бороться с католиками и униатами. В результате, при поддержке митрополита Иова Борецкого, старцы избрали его архимандритом, он принял монашеский сан, а 29 ноября 1627 г. его утвердил на этой должности король.
Молодой глава Лавры действовал смело и настойчиво. Многие историки считали, что под рясой монаха у Петра Могилы скрывался дух воина и деспотичный нрав воеводича. Он завел надзор над священниками в селах, где были владения Лавры, велел учить малограмотных. Обновил церковь, подчинил Лавре Николо-Пустинный монастырь. В 1628 г. он обратился с обличительной проповедью к Иеремии Вишневецкому, одному из самых могущественных магнатов Левобережья, упрекая его в отступничестве от веры предков.
В том же году Могила принял участие в Киевском соборе, обличившим в униатских тенденциях Мелентия Смотрицкого. Лично Могила нашел в его книге «Апология» 105 отступлений от православия. Когда Мелентий Смотрицкий приехал на собор, Могила, пользуясь поддержкой казаков, не пустил его в Лавру. В результате Смотрицкий прилюдно покаялся, а книгу его топтали ногами и сожгли. Учитывая, что борьба за православие в тот момент была главной формой проявления борьбы за свою идентичность, любой компромисс мог рассматриваться исключительно как проявление малодушия перед польскими властями.
Вторым направлением деятельности Могилы становится забота о просвещении. Он отправил за собственные средства несколько молодых людей для получения образования на Западе, рассчитывая создать в будущем из них кадры для своей школы. Могила расширил деятельность типографии в Лавре. В 1629 г. там был издан «Литургион», который стал единым руководством для православных священников. В 1631 г. была выпущена «Триодь», которая включила в себя все церковные службы. За первые 5 лет типография издала общей сложностью 15 книг.
Планы Могилы по открытию школы были нарушены в 1631 г. смертью Иова Борецкого. Умирая, митрополит завещал Могиле объединить его школу с братской. В 1631 г. Петр Могила становится членом киевского братства и его опекуном, получив от гетмана реестрового казачества Ивана Кулага-Петрожицкого письменное обещание «твердо защищать, охранять и до самой смерти стоять» за объединенную школу, которая получила название Киево-Печерского коллегиума.
В коллегиуме сохранился уже популярный к тому времени в Украине принцип трех языкового преподавания. В 1634 г. был открыт филиал коллегиума в Виннице (затем его перевели в Гощу), а в 1636 г. в Кременце. Предложение Могилы, сделанное московскому царю Михаилу Федоровичу, открыть аналогичный коллегиум в Москве было отвергнуто.
В 1632 г. умер король Сигизмунд III. На конвокационный сейм казаки подали свою инструкцию, выражая поддержку королевичу Владиславу (вплоть до вооруженной) и настаивая на возвращении прежних прав и владений православию, а также на праве голоса казачеству, в том числе и при выборах короля. Аргументом выдвигалось то, что казачество – народ рыцарский (т. е. защищающий Речь Посполитую), следовательно, он равен другому рыцарскому сословию – шляхте. Впервые казачество официально выступало представителем интересов всего населения Украины, поставив на первом месте своей петиции следующее требование: чтобы «народ наш руський пользовался принадлежащими ему правами и привилегиями».
Могила счел ситуацию очень выгодной и со своей стороны, пользуясь огромным авторитетом, настаивал на отмене запрета на строительство православных церквей, школ, типографии. Требовал он и возвращения отобранных униатами храмов, равно как и наказания всех притеснителей православия.
Претендент на престол королевич Владислав имел далеко идущие планы войны со Швецией и с Московским государством, а поэтому хотел заручиться поддержкой казачества. В отличие от своего отца, Сигизмунда III, он не был религиозным фанатиком и наоборот желал выразить свою лояльность к православным и протестантам. Поэтому 1 ноября 1632 г. он утвердил «Статьи или пункты для успокоения руського народа», которые впервые с 1596 г. официально признали существование православной церкви наряду с униатской, равно как и православной митрополии. Православным возвратили часть имущества, а также дали право строить новые церкви, создавать братства, школы, типографии. Православная шляхта была приравнена в правах на уряды к католической. Киевский митрополит должен был избираться свободными голосами духовных и светских людей и утверждаться королем.
В связи с этим православные депутаты предложили избрать митрополитом Петра Могилу. Таким образом, он сменил занимавшего этот пост Исайю Копинского (но неутвержденного королем), который вместе с частью запорожцев выступал против всяких переговоров с властями. 10 ноября 1632 г. Владислав утвердил Могилу, а Константинопольский патриарх благословил его на сан митрополита Киевского, Галицкого и всея Руси, с титулом экзарха святейшего апостольского константинопольского трона.
Возвращение Петра Могилы в Киев проходило триумфально. Работники типографии Лавры поднесли ему панегирик, в котором воспевали триумф молодого иерарха. Сразу же он приступил к возвращению церквей от униатов. Собрав вооруженных казаков, Могила захватил Софийский собор и приступил к его восстановлению. Вернул он и Выдубицкий монастырь.
После завершения сейма католическое духовенство предприняло новые попытки отменить «Статьи». Но начавшийся Смоленский поход (московское войско, под начальством М. Б. Шеина, осадило Смоленск) дал возможность казакам настоять на выполнении их требований. Они угрожали, что бросят поход и пойдут в Польшу. Активную роль сыграли и православные магнаты, во главе с А. Киселем, которые добились подтверждения решения о признании православия. Смоленский поход был использован и Могилой, который помирился с казаками, недовольными смещением Исайи Копинского. Летом 1633 г. митрополит лично ездил в войско, освятил артиллерию и благословил казаков на поход.
Осада Смоленска продолжалась более года, и город готов был сдаться, но появление 28 августа 1633 г. короля Владислава с войском, большую часть которого составляли украинские казаки, изменило ход дела. Шеин вынужден был 1 февраля 1634 г. сложить оружие. Начались мирные переговоры, завершившиеся 17 мая 1634 г. Поляновским миром, по которому Русское государство уст упило все города, отданные по Деулинскому перемирию (т. е. чернигово-северские земли) и заплатило 20000 руб. Владислав отказался от всяких притязаний на московский престол и признал за московскими государями царский титул.
Окончание Смоленской войны совпало с ростом напряженности в отношениях Речи Посполитой с Турцией. Турки требовали от польских властей ликвидировать казачество. Весной 1634 г. было подписано перемирие, согласно которому король должен был укротить запорожцев сразу после окончания войны с Московским государством. В феврале 1635 г. сейм утвердил постановление «Про прекращение казацкого своеволия». Было решено ввести в Поднепровье коронные польские войска, а на Днепре в урочище Кодак построить крепость, которая контролировала бы контакты запорожцев с городовыми казаками. Сооружение крепости было поручено французскому инженеру Боплану и на эти цели выделили 100 000 польских злотых. Комендантом был назначен французский офицер Жан Марион, а гарнизон состоял из 200 солдат немецкой пехоты. Кодацкий замок стал шедевром фортификационного искусства и символом угнетения польскими властями украинского казачества.
Репрессии казакам не могли не сказаться и на ситуацию с православием в Украине. В 1635 г. начинается новый виток реакции. Православным священникам запрещали показываться в униатских эпархиях, перемышльского епископа Гулевича суд присудил к инфамии (изгнанию) за попытку силой отнять у униатов монастырь.
Новые казацкие восстания. Золотой век польской шляхты
Вольнолюбивые запорожцы не желали мириться с существованием крепости Кодак, которая препятствовала их возвращению домой, и начали готовить ответную акцию. Летом 1635 г. большая часть польских войск находилась в Прибалтике в связи с начинавшейся шведской войной. Там же были и реестровые казаки во главе с Константином Вовком. Владислав IV рассчитывал использовать казацкие чайки для войны со шведами на море (т. к. у поляков не было своего флота). Запорожцы вернулись из большого морского похода, во время которого вместе с донскими казаками осадили Керчь и Азов. Их предводитель Иван Сулима созвал всеобщую раду, которая избрала его гетманом и постановила готовить восстание. Всего собралось более 3000 казаков. В ночь с 11 на 12 августа казаки неожиданно напали на Кодак, убили стражу и ворвались в крепость. Гарнизон был уничтожен, деревянные сооружения сожжены, а валы разрушены.