судебной ошибки была устранена, власти штата Огайо посчитали, что экспертизы по этому делу не должны финансироваться за казённый счёт. Поскольку прения по этому вопросу грозили сильно затянуть прокурорское расследование, Сэм Риз-Шэппард и его родственники согласились оплачивать криминалистические исследования из своих средств. В 2002 г. один из адвокатов Риза-Шэппарда — Тэрри Гилберт — заявил, что на эти цели было потрачено более 3,4 млн.$.
17 сентября 1997 г. были эксгумированы останки Сэма Шэппарда-старшего, и осуществлён забор 50 образцов биологических материалов, содержащих ДНК. Хотя с момента захоронения трупа минули более 27 лет, сохранность тела и качество изъятых образцов были признаны вполне удовлетворительными для проведения необходимых исследований. После выполнения всех необходимых манипуляций тело Шэппарда-старшего было кремировано.
Случившееся усилило интерес к персоне Ричарда Эберлинга: в том же месяце его дважды посещали в тюрьме репортёры. Сначала он дал радиоинтервью, в котором назвал подозрения в свой адрес «очень неприятным моментом» и высокопарно заверил слушателей: «Я никогда никого не убивал. Это противно моей природе!» Чуть позже к нему приезжала съёмочная группа телеканала NBC, которая также продолжительное время интервьюировала его. Эберлинг снова повторил свои уверения в полной невиновности. Он отказывался сознаваться даже в убийстве Этель Дуркин, хотя в его причастности к этому преступлению сомневаться не приходилось.
4 марта 1998 г. адвокат Тэрри Гилберт сделал заявление для прессы, в котором рассказал о результатах исследования ДНК Сэма Шэппарда. Согласно заключению, предоставленному генетиком Мохаммедом Тахиром из частной генетической лаборатории в г. Индианаполис, крови Шэппарда-старшего не было ни в одном из образцов крови, собранных в 1954 г. на месте преступления. Вместе с тем там присутствовала кровь некоего третьего лица (то есть не Мэрилин и не Сэма Шэппардов), которая обнаруживалась на щепе из паркетной доски, изъятой на первом этаже дома под лестницей. (Это так называемый «образец № 84», на который Пол Кирк указывал как на одно из доказательств того, что нападавший на Мэрилин был укушен ею до крови. «Образец № 84» не предоставили Полу Кирку для исследований, в результате чего он сохранился в неприкосновенности до 1998 г.) Ввиду того, что с момента попадания крови на паркет минуло более 40 лет, биологический материал подвергся сильному разложению и загрязнению, что сделало невозможным построение абсолютно точного «ДНК-профиля» его источника. Тем не менее Мохаммед Тахир провёл все возможные в этом случае исследования и получил приблизительный результат, сокративший число возможных подозреваемых до 2,38 % населения. «Генетический профиль» Ричарда Эберлинга попадал в указанную выборку.
Помимо этого, Тахир провёл исследования материалов, полученных в ходе патологоанатомического исследования тела Мэрилин Шэппард в июле 1954 г. Напомним, что они никогда не подвергались микробиологическому и химическому исследованию (и потому сохранились на складе службы коронера в ряду прочих улик). Эксперт установил, что во влагалище Мэрилин Шэппард в момент её смерти находилась сперма двух мужчин: одна из них принадлежала мужу, другая — неизвестном улицу. Второй «ДНК-профиль» ввиду сильного разложения биоматериала не мог быть установлен с абсолютной точностью, но он полностью соответствовал «ДНК-профилю» источника крови, найденной на первом этаже под лестницей. Другими словами, сперма одного из мужчин, обнаруженная во влагалище Мэрилин Шэппард, и кровь под лестницей принадлежали одному лицу (либо двум, но попадавшим в упомянутые 2,38 % населения).
Имелось и ещё одно немаловажное наблюдение: кровь из «образца № 84» заметно не соответствовала той крови, которую Пол Кирк обнаружил на двери туалетной комнаты. Таким образом, с полным основанием можно было сказать, что генетическое исследование биологических материалов с места преступления не только не объясняло картины случившегося в спальне Мэрилин Шэппард, но напротив, лишь только её запутывало.
Главное открытие, конечно же, касалось обнаружения спермы постороннего лица во влагалище Мэрилин Шэппард. Обвинение в 1954 г. даже не рассматривало вопрос о возможном изнасиловании погибшей просто потому, что не верило в это. Кстати, именно поэтому и микробиологический анализ взятых с трупа образцов не производился — в их результатах никто не нуждался! Теперь же, 44 года спустя, выяснилось, что половой акт с посторонним лицом всё же имел место.
Сэм Шэппард ещё на предварительном следствии сообщал, что последний половой акт с женою он осуществил в ночь со 2 на 3 июля 1954 г., то есть примерно за сутки до её убийства. Следы спермы во влагалище уверенно обнаруживаются вплоть до окончания третьих суток с момента попадания, то есть показания мужа в свете сделанных доктором Тахиром открытий не противоречат судебно-медицинским данным. Но примерно тогда же — в последние 24 часа жизни — Мэрилин Шэппард имела половой акт, окончившийся семяизвержением, и с другим мужчиной. Это могло быть изнасилование до убийства, совокупление убийцы с трупом сразу после умерщвления и, наконец, добровольный половой акт с любовником. Хотя напомним ещё раз — явных следов изнасилования, вагинальных и анальных травм погибшая не имела.
Следствие 1954 г., увлёкшись разработкой версии об адюльтере мужа, отказалось изучить вопрос о возможной неверности жены. Как стало ясно теперь, именно в этом направлении и стоило бы ретивому коронеру Герберу повести свой розыск…
Весной 1998 г. Джеймс Нефф в последний раз посетил Эберлинга. Во время этой встречи заключённый неожиданно признался в том, что был в спальне Шэппардов и видел залитую кровью кровать Мэрилин. Однако произошло ли это в момент убийства, или же Эберлинг побывал в доме Шэппардов позже, когда здание стояло не опечатанным полицией, Ричард уточнить отказался. Определённо, он рассчитывал до последней возможности тянуть время и поддерживать неопределённость, максимально используя выгоду такого двусмысленного положения. 25 июля 1998 г. Эберлинг скончался от онкологического заболевания. Не прошло и месяца, как 19 августа 1998 г. его сокамерник Роберт Ли Паркс сделал официальное (то есть в присутствии свидетелей и должным образом задокументированное) заявление адвокату Риза-Шэппарда, в котором утверждал, будто Ричард Эберлинг признавался ему в убийстве и изнасиловании Мэрилин Шэппард. Детали этих рассказов в целом соответствовали сообщённым прежде Кэти Коллинз.
Окружная прокуратура в рамках проводимого ею расследования предприняла попытку заблокировать судебное рассмотрение иска Риза-Шэппарда о неправомерности заключения под стражу его отца. Прокуратура направила в Верховный Суд штата Огайо запрос о соответствии закону подобного иска; запрос содержал предложение отклонить иск. Однако Верховный Суд встал на сторону Сэма Риза-Шэппарда, признав за ним право защищать честь и доброе имя отца. Это решение было вынесено 2 декабря 1998 г.
Поздним вечером 5 октября 1999 г. в присутствии прокурора округа Кайохога Уильяма Мейсона и Сэма Риза-Шэппарда была проведена эксгумация останков Мэрилин Шэппард. В течение ночи с 5 на 6 октября криминалистами