Для второго удара авиагруппа «Интрепида» выбрала аэродром Фабрика. Снова на земле были обнаружены около 25 вражеских самолетов, многие из которых были повреждены во время предыдущих атак. Над целью была встречена легкая облачность, поэтому атаковать аэродром и другие цели было удобнее с пологого пикирования. Самолеты VB-18 наносили удары, пикируя под углами от 35 до 65 градусов. Они сбрасывали бомбы на высоте примерно 2000 футов. Взлетная полоса получила множество попаданий, а несколько «Хеллдайверов», сбросив бомбы, обстреляли аэродром из пушек.
«Авенджеры» пикировали на цель под углом 30 градусов с высоты 10000 футов. Они сбрасывали бомбы на высотах от 2000 до 3000 футов при скорости 310 узлов. В результате они выходили из пике на высоте около 1200 футов. Отсутствие зенитного огня приободрило пилотов, и они начали обстрел аэродрома с бреющего полета, добившись множества попаданий в стоящие на земле самолеты. Все бомбардировщики вернулись на корабли на высоте 2000 футов, выдерживая скорость 160 узлов. Потерь в личном составе также не было.
Отсутствие достойных внимания целей привело к тому, что в последующие дни тактика действий была изменена. Оперативное соединение подошло еще ближе к Филиппинам в надежде, что японцы все-таки рискнут показаться. Летчики «Интрепида» получили приказ атаковать аэродром Мактан и порты острова Себу. В налете участвовали 10 «Хеллдайверов». Ударная группа завершила формирование в 9.15, после чего направилась к Себу, который находился всего в 180 милях от авианосца по пеленгу 259°. Самолеты появились над островом в 10.30, видимость была хорошей, лишь рваные перистые облака шли на высоте 11000 футов. Самолеты других авианосцев уже начали наносить удары по целям в портовой зоне, поэтому авиагруппе «Интрепида» пришлось минут 5 кружить, дожидаясь своей очереди. На аэродроме было замечено лишь несколько самолетов — «Зеро», «Хэмп», «Лили», однако они не стоили того, чтобы тратить на них бомбы, поэтому пикировщики оставили их заботам истребителей сопровождения.
VB-18 решила отбомбиться по другим целям. Пикировщики сбрасывали бомбы с высоты 2500 футов, хотя район порта был затянут дымом после предыдущих атак. «Авенджеры» атаковали корабли в гавани с пологого пикирования, но попаданий не добились. 5 «Хеллдайверов» нанесли удар по нефтеперегонному заводу Азиатской нефтяной компании и добились 3 попаданий 1000-фн бомбами и 6 попаданий 100-фн. Эти попадания подтвердили пилоты вертевшихся рядом «Хеллкэтов». Завод был весь охвачен пламенем, и был занесен в категорию «вероятно уничтоженных». Был также атакован крупный складской комплекс на острове Мактан в гавани Себу, который получил прямое попадание и был серьезно поврежден. Последней целью «Хеллдайверов» стал каботажный пароход водоизмещением около 1000 тонн, который получил одну 1000-фн и две 100-фн бомбы, вспыхнул и начал крениться. Вражеские истребители снова даже не появились, а зенитный огонь был чисто символическим.
Удары по Филиппинам принесли Оперативному Соединению 38 определенное разочарование. Целей было обнаружено слишком мало, так как японцы старались сберечь самолеты до тех пор, когда битва вступит в решающую фазу. Однако командование приказало провести дополнительные налеты. На сей раз VB-18 входила в состав авиагруппы, атаковавшей Баколод и Аликанте, аэродром Силай, самолеты в Кадисе и японские суда в проливе Ханчатес. Цели были закрыты облаками, которые шли на высоте 8000 футов, поэтому «Хеллдайверам» пришлось использовать и обычное и пологое пикирование, сбрасывая бомбы с высоты 2500 футов. В проливе было обнаружено много мелких суденышек, это сочли признаком того, что японцы перебрасывают грузы на аэродромы острова Лейте, готовясь к предполагаемой американской высадке.
За эти 3 дня самолеты 3-го Флота совершили около 2400 вылетов. Предполагалось, что они встретят самое упорное сопротивление, но на деле все вышло не так. Было уничтожено около 200 японских самолетов. Однако противник не оказал никакого сопротивления, даже когда часть Каролинских островов была захвачена американцами. 20 сентября II Десантным Соединением был занят атолл Улити в западной части архипелага. Японцы никак не отреагировали на это, хотя американцы получили удобную якорную стоянку для своего флота, расположенную гораздо ближе к Филиппинам, чем Маджуро на Маршалловых островах. Теперь великолепную базу 3-го Флота от Манилы отделяли всего 100 миль, а от Окинавы — 1400 миль. Американцы продвинулись на 4250 миль к западу от Пирл-Харбора.
Первоначальным планом предусматривался захват соседнего острова Яп, на котором находился сильный японский гарнизон. Однако в сентябре было решено оставить его в покое и использовать войска, выделенные для высадки на Япе, для операции на Филиппинах. Поэтому Яп остался еще одной островной крепостью, которую предоставили собственной участи. Ее гарнизон мог лишь беспомощно следить, как американцы продвигаются дальше, не в силах сделать что-нибудь.
Совсем иначе обстояли дела на Пелелиу, где разыгралась кровопролитная битва. Остров защищали примерно 8000 солдат 14-й дивизии под командованием генерал-лейтенанта Иноуэ. Сам остров был буквально изрыт системой пещер и тоннелей, прочные доты в скалах обеспечили гарнизону неплохое укрытие от бомбардировок и обстрелов с моря. Японские укрепления были отлично замаскированы и становились заметны лишь в тот момент, когда открывали огонь. Поэтому 1-я дивизия морской пехоты генерал-майора У. Г. Рупертуса понесла тяжелые потери в первый же день боев. Японский гарнизон сражался буквально до последнего человека и был полностью уничтожен к 25 ноября. Но задолго до этой даты на Пелелиу пришлось высадить в качестве подкрепления 85-ю пехотную дивизию, которая сменила измученные и поредевшие части морской пехоты.
3-й Флот пополнил запасы в море с кораблей снабжения и снова пошел к вражеским базам. 21 и 22 сентября были нанесены новые удары по аэродромам на Лусоне. Главной целью было сердце вражеской системы обороны — аэродромы вокруг самой Манилы. После этого 24 сентября самолеты снова атаковали аэродромы Визаяса. Приведем воспоминания еще одного очевидца событий.
«21 сентября, когда радио Манилы передавало утреннюю музыкальную программу, летчики адмирала Митчера внезапно появились над гаванью Манилы, аэродромами Кавите и Николе. Гавань была забита грузовыми судами и танкерами. Один из пилотов, который бывал на Филиппинах, сообщил, что Манила не слишком переменилась. Кавите был отстроен, часть бульвара Дьюи была огорожена в качестве взлетной полосы, появился большой концентрационный лагерь в деревне Лас-Пинас, изрытый воронками Коррехидор снова покрылся зеленью. Японский диктор объявил очередную песенку, но тут же спешно прервал программу объявлением на английском языке: «Внимание, слушатели, внимание, слушатели. Воздушная тревога…» Затем он торопливо повторил это предупреждение по-японски. Стало ясно, что неожиданно появившиеся самолеты Хэлси устроили Маниле настоящее утреннее развлечение. Рукотворный шторм отправил на дно бухты множество кораблей. Транспорт боеприпасов взорвался с ужасным грохотом. Немного позднее сгустился туман, который скрыл уцелевшие японские самолеты. На следующий день некоторые из них безуспешно попытались атаковать авианосцы Хэлси. Но японская авиация опозорилась здесь точно так же, как и в других местах».
Американцы ожидали мощных и продолжительных атак против своих кораблей, но так и не дождались. Зато американские пилоты заявили об уничтожении более чем 1000 японских самолетов и потоплении 150 судов общим водоизмещением около 20000 тонн. Все это было оплачено 54 самолетами, погибшими во время атак, и еще 18, разбившимися при авариях. В этих цифрах почти не приходится сомневаться, а это значит, что японцы потерпели серьезное поражение.
Один американский пилот был сбит над целью, однако в тот же день его удалось спасти. Он получил возможность переговорить с филиппинцами во время недолгого пребывания у партизан, и они сообщили, что на земле японцы гораздо слабее, чем предполагает американское командование. Партизаны сообщили, что на Лейте находится совсем немного войск.
Получив эту важнейшую информацию, адмирал Хэлси рекомендовал Объединенному комитету начальников штабов на конференции в Квебеке отменить предполагавшуюся высадку на Минданао как совершенно ненужную. Вместо нее адмирал предложил высадить десант прямо на Лейте. Его предложение было принято. Но следует отметить, что японцы сумели быстро восполнить потери авиации, которые они понесли в результате сентябрьских ударов американских авианосцев. На Филиппины было переброшено много самолетов из Японии и с Формозы. Японская 4-я Воздушная армия собрала самолеты с аэродромов Китая, Сингапура, Бирмы, Голландской Ост-Индии, Японии и даже Манчжурии. Укрепив оборону Филиппин, японцы оголили остальные участки оборонительного периметра, однако они правильно считали, что битва за Филиппины станет решающей.