Судя по такому разговору, Корнилов после боя, во время которого они вместе находились на мостике, испытывал особое доверие и дружеское расположение к Бутакову. Адмирал Меншиков вполне обоснованно считал, что сотни морских орудий и свыше трёх тысяч матросов-артиллеристов, а также остальной флотский состав — грозная сила, способная остановить неприятеля. Светлейший князь был человеком скрытным, никому не верил и в свои планы высший командный состав флота не посвящал Вот это он делал напрасно. Стоит ли тогда удивляться настроениям, царившим во флотской среде, о которых написал Григорий Бутаков: «Когда князь Меншиков сделал своё знаменитое и в высшей степени искусное фланговое движение на Бахчисарай, оставив Севастополь защищаться, как может, малочисленный гарнизон, и особенно мы, моряки, роптали, что он больше заботится о спасении своей армии, чем о ценном государственном имуществе, находившемся в Севастополе. Слово “измена” легкомысленно было на губах всех, Корнилов тоже злобно говаривал: “У русского царя не достало войск, чтоб защитить Севастополь!”. Хорошо помню я, как однажды к концу вечернего чая к Корнилову явился переводчик Черноморского флота камер-юнкер (из молдаван) Батьянов и сказал, мямля по своему обыкновению: “Князь Меншиков… приказал сказать… Вашему превосходительству, что он ещё… не получил от англичан деньги за свою измену”. Я позволил себе запальчиво воскликнуть: “А! Ещё не получил!” Корнилов промолчал, и все разошлись».
Обвинять адмирала Меншикова в измене было, по меньшей мере, неумно. Владимир Алексеевич должен был пресечь такие разговоры на корню, но он молчал. Сначала все пароходы подчинили контр-адмиралу Владимиру Ивановичу Истомину, но потом, когда Корнилов назначил его командовать участком обороны на Малаховом кургане, все пароходы он подчинил лично Нахимову. Следует отдать должное Корнилову. Оправившись от растерянности, он принялся энергично организовывать оборону Севастополя. 14 сентября противник взял Севастополь в клещи с моря и с Южной стороны. По приказу начальника обороны Севастополя пароходо-фрегаты «Владимир» и «Крым» заняли позицию в Киленбалочной бухте. Отсюда они могли обстреливать занятые противником высоты.
В районе Ушаковой балки наши войска прикрывала артиллерия пароходо-фрегата «Эльборус», а Инкерманскую долину обстреливали артиллеристы парохода «Херсонес». Через три дня Меншиков прислал подкрепления, а 19 сентября прибыл сам с частью войск на Северную сторону. Бутаков в то время со своим пароходом перешёл к устью Чёрной речки, поэтому с «Владимира» первыми увидели наши войска и подняли сигнал «Ура! Наши идут!» 24 ноября Нахимов приказал Бутакову и командиру пароходо-фрегата «Херсонес» капитан-лейтенанту Ивану Григорьевичу Рудневу атаковать французский сторожевой пароход «Мегара», с которого велось наблюдение за всем происходящим на рейде. Старшим Павел Степанович назначил Бутакова. Оба парохода обстреляли лагерь противника в Стрелецкой бухте и пароход «Мегара», который отошёл к Камышовой бухте, где стояла часть французских судов. Потом, когда навстречу вышли англо-французские суда, оба парохода постарались побыстрее вернуться в бухту. Во время перестрелки с судами противника наши пароходы получили незначительные повреждения.
Никакого военного значения эта вылазка не имела, хотя на флагманском корабле Нахимова был поднят сигнал «Изъявляю особенное удовольствие». Скорее всего, вице-адмирал Нахимов хотел ею поднять боевой дух на кораблях, запертых в гавани и на бастионах. В рапорте командиру Севастопольского порта и исполняющему должность военного губернатора города Михаилу Николаевичу Станюковичу он объяснил её так: «Молодецкая вылазка наших пароходов напомнила неприятелю, что суда наши, хотя разоружены, но по первому приказу закипят жизнью, что, метко стреляя на бастионах, мы не отвыкли от стрельбы на качке; что мы ждём только случая показать, как твёрдо мы помним уроки покойного адмирала Лазарева».
После просмотра множества мемуаров и трудов зарубежных авторов я пришёл к выводу, что эта «молодецкая вылазка» не произвела ни малейшего впечатления на неприятеля. Но наверняка приободрила защитников города Надо отдать должное тогдашним флотским начальникам: они не скупились на поощрения своих подчинённых. Во время войны офицеры быстро продвигаются по службе, если, конечно, не лежат в братской могиле. Через несколько месяцев Григорию Бутакову присвоили звание капитана 1-го ранга. Наступил ещё один военный новый год. По приказу Нахимова на бастионы для пополнения многочисленных потерь личного состава отправили последний резерв — преступников, солдат и матросов, сидевших в тюрьме. В Петербурге, видимо, не очень хорошо представляли, что творится в Севастополе. Если у союзников в войсках находились военные корреспонденты, которые непрерывно информировали общественность своих стран о происходящем в Крыму, то в России публика пребывала в счастливом неведении, читая только тщательно процеженные цензурой старые «новости». Неудивительно, что из морского учёного комитета Бутакову прислали, выражаясь канцелярским языком, отношение, в котором ему предложили, в сущности, стать корреспондентом «Морского Сборника».
Можно живо себе представить реакцию Григория Ивановича на такое предложение. Он едва успевал оказывать помощь товарищам, сражавшимся на бастионах, которые слали ему записки, подобные написанной начальником обороны Малахова кургана контр-адмиралом Владимиром Ивановичем Истоминым: «…Прошу опять Вашего огненного содействия. Французы начали строить редут недалеко от той пяти пушечной, оставленной неприятелем батареи, которая так часто отведывала вашего чугуна, и у коменданта которой вы беспрестанно портили обеденный суп: попробуйте дальность ваших сокрушительных бомб на этот редут». Тяжёлой обязанностью Бутакова было сообщать на родину родственникам о погибших товарищах. В архивных бумагах сохранилось его письмо отцу капитан-лейтенанта Лесли от 7 апреля 1855 года: «Судьба свела меня с Евгением Ивановичем Лесли в самом начале службы на тендере “Поспешный”, которым я тогда командовал. Благородный юноша, будущий прекрасный офицер. Плавал потом с ним у Румелийских берегов, прекрасный помощник, умный, добрый, весёлый. Был на “Владимире” в бою, распоряжался орудиями носовой батареи. Назначен старшим офицером парохода,
В деле 3 июля 1854 с 2-мя английскими и 1-м французским пароходами был слегка контужен, и в частых и дальних рекогносцировках, заслужил лучшую репутацию всех Владимирцев…» Григорий Иванович жалел об откомандировании своего старшего офицера в матросский сухопутный батальон, хотя сам просился на бастионы. Днём и ночью артиллерия пароходов по приказаниям Нахимова и начальника штаба Севастопольского гарнизона Виктора Илларионовича Васильчикова обстреливала позиции противника, которые неумолимо приближались к городу. Естественно, что и сами пароходы находились в зоне досягаемости неприятельских снарядов. Бутакову поручили командовать отрядом пароходов. В конце мая пароходам отряда пришлось вести огонь по своим бывшим укреплениям, взятым противником: Селенгинскому и Волынскому редутам, Камчатскому люнету и Забалканской батарее. 5 июня началась очередная бомбардировка Севастополя, после которой последовал штурм. На Малаховом кургане находились смертники, потому что именно на эту командную высоту был направлен главный удар союзных войск Небольшой пятачок земли подвергался непрерывному обстрелу из орудий и ружей. Поддержку защитникам Корниловского бастиона, который так назвали после гибели на нём вице-адмирала Корнилова, оказала артиллерия пароходов. Если бы не она, французы могли захватить бастион. За эту помощь Григория Ивановича наградили золотой саблей с надписью «За храбрость». Правда, сабля только называлась золотой. На самом деле их изготовляли из Златоустовской стали с позолотой К концу августа одного героизма, чтобы удержать Малахов курган, оказалось недостаточно. Корниловский бастион пал.
Теперь все усилия командования были направлены на то, чтобы с минимальными потерями отвести войска на Северную сторону. Несмотря на построенный мост через бухту, сделать это можно было только с участием пароходов. 24 августа вице-адмирал Новосильский, которому после смерти Нахимова подчинялся Бутаков, прислал ему письменное приказание: «Предлагаю вашему высокоблагородию принять в своё командование все пароходы и суда, стоящие на рейде. Все баркасы, бывшие в гребном отряде, распределите по пароходам. Высылка катера под парламентским флагом проводиться будет по Вашему распоряжению». «Владимир» непрерывно курсировал между берегами бухты, перевёз за сутки не только грузы, но и почти три тысячи человек. Во всей этой суматохе Григорий Иванович не забыл организовать перевозку Севастопольской библиотеки, книг и уцелевшего имущества В некоторых источниках говорится, что Бутакову 27 августа 1855 года поручили проверить, чтобы никто не остался на Южной стороне после оставления Севастополя.