Таким образом, у Карла не было серьезных причин для беспокойства по поводу ситуации в Ломбардии, несмотря на ослабление его влияния. Для Карла и его амбиций гораздо важнее было удерживать стабильную власть в Сицилийском королевстве и полноценно использовать его ресурсы. Победа при Тальякоццо не решила всех его проблем в королевстве. Сицилия все еще была охвачена восстанием, а сарацины в Лучере все еще сопротивлялись Карлу. Но мятежники не могли теперь рассчитывать на серьезную помощь из-за границы. Конечно, в некоторых городах Апулии, таких как Потенца, Галлиполи и Аверса, которые балансировали на грани мятежа, известие о победе Карла вдохновило жителей, преданных новому королю, вырезать всех известных там сторонников Конрадина. Те мятежники, которым удалось спастись, присоединились к сарацинам в Лучере. Огромная крепость несколько месяцев держалась против полководцев Карла. Только в апреле 1269г. Карл прибыл лично руководить осадой, и даже под его командованием солдаты ничего не могли поделать со стенами. Но блокада была ужесточена. В конце концов в августе 1269 г. голод вынудил гарнизон сдаться. Жизнь сарацинам сохранили — их просто расселили вместе с семьями по королевским владениям и разоружили, но все христианские мятежники, захваченные в крепости, были казнены.150
Мятеж на Сицилии продолжался несколько дольше. Коррадо Капече, командовавший мятежниками, пытался убедить Фридриха Тюрингского прийти к нему на помощь, но безрезультатно. Зато его поддерживали жители острова, и полководец Карла, Тома де Куси, мог лишь удерживать Палермо и Мессину. Тогда Карл послал Филиппа и Ги де Монфоров с подкреплением. Они смогли взять, а после — разграбить мятежный город Аугусту, расположенный между Катанией и Сиракузами. Жители, избежавшие солдатских мечей, были подвергнуты пыткам и казнены. В августе 1259 г. Гильом Эстандар был назначен командовать операциями в Сицилии, и за год взял остров под свой контроль. Инфант Федерико и Фридрих Ланца были вынуждены сдаться в Агридженто, но им было позволено бежать в Тунисе. Главная армия мятежников была разбита в Сьячче, крепости, в которой размещалась ставка Коррадо Капече. Сам Капече бежал в замок Чентурипа, в центре острова, но был там захвачен весной 1270 г. Его вместе с братьями, Марино и Джакомо, доставили в Неаполь и там обезглавлили.151
Во всем королевстве мятежники понесли очень суровую кару, даже по меркам того времени. Карл велел своим чиновникам не щадить никого, кто взят с оружием. Те, кто сдавался, должны были по выбору предоставить решение своей судьбы королю, или, при желании, их дела могли быть рассмотрены в Верховном суде. Но судьба Конрадина наглядно показала, каким бывает приговор судей. В городах, где мятежники раньше были у власти, объявили амнистию тем горожанам, которые не поднимали оружие против короля, но все германцы, испанцы и пизанцы из их числа должны были немедленно покинуть страну. Вся собственность мятежников была конфискована. Поначалу их женам позволили сохранить за собой свои поместья и имущество, но потом Карл, похоже, заподозрил, что те посылают деньги своим изгнанным мужьям. На их собственность наложили арест, и каждой положили небольшое пособие. Но были сделаны некоторые исключения, а вскоре было решено вернуть имущество вдовам. Эти репрессивные меры были тем более невыносимыми для итальянцев, что они вынужденно оказались под пристальным надзором и потому, что королевские чиновники практически все были французами. Меры оказались исключительно эффективными. Порядок был вскоре восстановлен по всему королевству, даже на Сицилии. Но эти меры посеяли семена черной ненависти на острове.
Административная политика Карла также не могла завоевать симпатии жителей острова. Сначала он продолжил политику Манфреда, не внося в нее существенных изменений. Но после вторжения Конрадина и восстаний он реорганизовал королевство по французскому образцу и проследил за тем, чтобы на все важные посты были назначены французы, которым он мог доверять. Своих сторонников Карл наделил фьефами. Это было проделано с демонстративным соблюдением законности. Карл отказался признать, что Манфред, Конрад или Фридрих II после его официального отрешения от должности Папой в 1245 г. были законными королями Сицилии. Таким образом, выходило, что все пожалованные ими дары были незаконны. Все землевладельцы должны были предъявить документы, подтверждающие их права на собственность, и доказать, что земли были им дарованы до 1245 г. Многие представители древних родов уже давно потеряли бумаги, подтверждающие их права, или никогда их не оформляли; имущество многих других семей была официально зарегистрировано или перерегистрировано при узурпаторах. Их земли были реквизированы, и таким образом, вместе с землями, конфискованными у мятежников, король получил в свое распоряжение много свободных земель, которые мог раздавать своим сторонникам. Приблизительно 700 французам и провансальцам были дарованы фьефы из освободившихся земель, но Карл проследил за тем, чтобы ни один из них не был слишком большим, и включил значительную часть земель в королевские владения. Чтобы удержать французских поселенцев в королевстве и не допустить отъезда итальянцев за границу с целью организации заговора, был принят закон, уполномочивающий короля конфисковать поместья любого держателя фьефа, отсутствующего в королевстве больше одного года. В то же время города, которые пользовались муниципальной автономией со времен Византии, вступили в феодальные отношения с короной либо непосредственно, либо через основных вассалов короля. Королевские бальи или феодальные коннетабли контролировали их основную деятельность. Только Неаполь и несколько больших городов на севере королевства сохранили коммуну с некоторой долей политической власти, но они вскоре научились использовать свою власть с осторожностью.153
Карл сохранил высшие государственные должности, существовавшие во времена его предшественников, — коннетабля во главе армии и адмирала во главе флота; верховного судью; логофета во главе королевской канцелярии; канцлера, который всегда был духовным лицом и главным архивариусом; камергера — королевского казначея; и сенешаля, управляющего королевскими владениями. В 1272 г. Карл разделил обязанности логофета между несколькими людьми, а после 1272 г. должность канцлера осталась незанятой, и его функции взял на себя вице-канцлер. Карл добавил двух маршалов для помощи коннетаблю в военном руководстве. Каждая провинция была под контролем юстициария, который следил за деятельностью властей в королевских владениях и вассалов; он, в частности, отвечал за местное судопроизводство и сбор налогов. Карл гордился отлаженной системой правосудия, которую он обеспечил, и, если не считать тех случаев, когда на карту ставились политические интересы, его гордость была обоснована. Сохранилось множество постановлений, по которым можно судить, как сурово наказывались чиновники, виновные в притеснениях или взяточничестве, и насколько строгими были судебные уложения, направленные против убийств и разбоя и против любых попыток укрыть преступников. Гражданские суды тоже, по-видимому, были эффективными и беспристрастными. Верховный судья был обязан разъезжать по стране, рассматривая апелляции по приговорам провинциальных судов и жалобы на провинциальных юстициариев и подчиненных им судей.154
Для осуществления своих честолюбивых замыслов Карл был готов использовать все богатство королевства. Его налоги были высоки. Он жестко придерживался налоговой системы, созданной Фридрихом II, в которую входили косвенные налоги, таможенные и портовые сборы, пошлины на различное сырье и ремесленные товары, складские пошлины. Но основным источником дохода Фридриха была его subventio generalis, прямой налог на собственность, который изначально являлся феодальной «помощью», взимаемой в трудные времена для защиты королевства; но император превратил ее в регулярный ежегодный сбор, размеры которого варьировались в зависимости от его насущных потребностей. Его подданные были крайне возмущены этим налогом, и на своем смертном одре Фридрих упразднил его. Когда Папа, предлагая корону Карлу, поставил условие не притеснять королевство с финансовой стороны и вернуться к системе, существовавшей при короле Вильгельме Добром, он имел в виду, в частности, этот налог. Но Карл слишком нуждался в деньгах, чтобы соблюдать это условие договора. Сумма, которую следует собрать с каждой провинции, устанавливалась ежегодно. Взыскивать ее должен был юстициарий. После выплат и строгого отчета о проделанной работе он посылал оставшиеся деньги в государственную казну. В 1277 г. Карл выделил казначейство из ведомства камергера и разместил его в Кастелло-дель-Уово в Неаполе. Карл, кроме того, увеличил количество феодальных поборов, взимаемых с вассалов, и увеличил свой доход, введя карательную систему, в которой штрафы и конфискации были самым распространенным наказанием.