Все вышеперечисленные организации четко делились на две группы: северные организации — НДС и ее противники, и ОКС и ее противники. Исконные места проживания этих двух группировок совсем немного не совпадали с территориями бывшей итальянской и бывшей британской колоний, в результате объединения которых в 1960 году возникло независимое государство Сомали. По сути дела вооруженная борьба этих кланов всегда была направлена против центрального правительства Сомали, т. е. основные кланы боролись за самоопределение.
К концу 1992 года вооруженные столкновения в районе Могадишо и центральном прибрежном районе происходили в основном между семейными кланами, объединявшимися вокруг основных политических лидеров. Основными действующими лицами были генерал Мухаммад Фаррах Айдид, председатель ОКС, которого поддерживал его семейный клан Хабара Гидира и свободный альянс более мелких семейных кланов (их объединение носило название Национальный альянс Сомали, сокращенно НАС), и Али Махди Мухаммад, так называемый временный президент Сомали, и свободный альянс мелких семейных кланов. Мухаммад пришел к власти в декабре 1990 года, будучи одним из лидеров ОКС, однако к началу 1991 года между возглавляемыми Айдидом и возглавляемыми Мухаммадом фракциями возникли серьезные разногласия. Формально возникновение данного кризиса было связано с попытками Айдида наладить отношения с НДС, сохранив таким образом территориальную целостность Сомали за счет монополии на власть ОКС в Могадишо. К сентябрю 1991 года кризис перерос в ожесточенные вооруженные столкновения за власть, которые привели к распаду ОКС. Контакты Айдида с НДС окажутся важны в ходе вооруженных столкновений 1993 года, когда бин Ладен будет участвовать в организации системы поддержки антиамериканских сил в Сомалиленд.
К 1992 году члены семейного клана Хабара Гидиа из Галь-као проявили себя как наиболее одиозные и беспощадные боевики, воевавшие на стороне Айдида. Члены этого клана всегда отличались склонностью к насилию; перспектива занятия Могадишо привлекала их именно возможностью грабежей и насилия. Тем временем в связи с клановым характером восстания, поднятого против режима генерала Мухаммада Зияда Барра (он правил страной двадцать один год) летом и осенью 1991 года, члены тех семейных кланов, которые обеспечивали общественную безопасность Могадаши, в том числе полицию, бежали.
Айдид обвинил ООН и Запад в том, что они поддерживают Мухаммада, настаивая на том, что вся гуманитарная помощь доставляется в Сомали для того, чтобы усилить влияние Мухаммада, и что его упорная борьба за продовольствие является борьбой за свободу. Мухаммад заявил, что только он имеет право распределять продовольствие и гуманитарную помощь, определять, кто в ней действительно нуждается и куда ее следует направлять в первую очередь. Когда ООН отвергла претензии Мухаммада на единоличное участие в распределении гуманитарной помощи, его войска обстреляли порт Могадишо и напали на объекты, где она хранилась. Мухаммад заявил, что эти нападения были совершены недовольными «неподконтрольными ему силами», однако он был решительно настроен не дать возможность кому-нибудь получить ее вообще, если он не будет допущен к ее распределению.
Бомбардируемое репортажами об умирающих с голода детях американское правительство в ноябре 1992 года принимает решение о размещении в Сомали значительного воинского контингента для выполнения гуманитарной миссии — обеспечения (если потребуется, с применением силы) доставки продовольствия голодающим людям. Однако это размещение, преследовавшее, что бы там ни говорили, благородные цели, усилило борьбу за власть и богатство в Сомали. Местные вожди вооруженных группировок недолго терпели присутствие американских войск.
Мухаммад заявил, что предполагаемое размещение вооруженных сил США означает признание его права на власть. В ответ на это 2 ноября 1991 года Айдид пригрозил, что размещение каких-либо иностранных вооруженных сил приведет к массовому кровопролитию. Эту угрозу он воплотил в жизнь осенью 1993 года, обеспечив военное прикрытие вооруженных столкновений исламистов с американскими войсками. 27 ноября 1992 года ОКС распространил коммюнике, тон которого был более умеренным; в нем говорилось, что Айдид «рассматривает размещение вооруженных сил в Сомали как угрозу суверенитету и территориальной целостности нашей страны». Однако 1 декабря, когда размещение войск стало неотвратимым, они оба одобрили его при условии, что Соединенные Штаты и ООН признают возглавляемые ими движения законной политической силой этой страны. И Айдид, и Мухаммад считали, что роль американских войск состоит в том, чтобы «помочь правительству переходного периода (каждый из них, разумеется, имел в виду свое собственное правительство) обеспечить доставку продовольствия». Они оба настаивали на том, что американцы должны дать вооруженный отпор «вооруженным бандитам, препятствующим тому, чтобы продовольствие попало к голодающим людям». Однако на самом деле каждый из них полагал, что американские войска будут сражаться с их противником.
Мухаммад Фаррах Айдид предпринял более серьезные меры, чтобы осуществить распределение помощи и извлечь из этого выгоду. В начале ноября он организовал и возглавил собрание старейшин и воспользовался другими средствами, чтобы возглавляемая им организация получила поддержку населения. Достигнув этой цели, вооруженные отряды Айдида немедленно перешли в наступление и к ноябрю установили контроль над пятнадцатью пересечениями основных дорог и организовали дорожные заставы против различных вооруженных банд.
30 ноября и 1 декабря Айдид посетил Кисмаю, ключевой морской и воздушный порт, а также пересечение дорог на юге страны и заключил альянс с Армией освобождения Сомали, которая располагала базами в Кении. Кроме этого он назначил Ахмеда Омара Джайза, руководителя СПМ (чьи войска занимали тогда аэропорт Кисмаю и прилегающие к нему районы), заместителем председателя НАСа, прикрывая фланги ОКС со стороны пустыни Огаден. На севере страны Айдид достиг договоренности с Мухаммадом Нуром Алиоу, руководителем ДДС, чьи войска могли заблокировать любое наступление из Сомалиленда. На этой встрече Айдид рассказал командирам об их обязанностях в районах, находящихся под их контролем, и предупредил их, чтобы они с осторожностью относились к элементам, способным нанести вред единству народов Сомали. В то же самое время Али Махди Мухаммад встретился с представителями Эфиопии и Эритреи, чтобы договориться о совместных усилиях, которые можно будет предпринять против войск Айдида.
Гражданская война в Эфиопии разгоралась с новой силой, а исламисты тем временем усиливали свое присутствие в Сомали путем организации многочисленных благотворительных организаций, формально зарегистрированных в Саудовской Аравии или странах Персидского залива. По мере того как иностранное вмешательство становилось неизбежным, исламисты начали кампанию против получения иностранной помощи. Например, представители «Всемирной исламской ассоциации» и «Всемирной организации помощи мусульманам» заявили о том, что «только мусульманские организации осуществляют в Сомали гуманитарные акции». Один из руководителей некой исламской благотворительной организации обвинил Запад в том, что он использует предоставление гуманитарной помощи для осуществления «вызывающего подозрения плана, нацеленного на расчленение Сомали западными странами и осуществление этого плана путем разжигания политической розни между различными политическими группировками Сомали, борющимися за власть». Позиция этих исламских организаций была важна в связи с поддерживавшими их финансовыми и политическими организациями. «Всемирная исламская ассоциация» и «Всемирная организация помощи мусульманам» были частью широкой сети организаций, подчинявшейся движению исламистов-фундаменталистов из Саудовской Аравии, включавшего в себя как поддерживаемые Эр-Риядом, так и нелегальные исламистские организации. Эта сеть организаций включала в себя несколько фронтов, организованных бин Ладеном, которые подчинялись Тураби и поддерживали вооруженных исламистов.
К началу девяностых годов в Сомали существовала хорошо отлаженная финансовая система. Правительство Саудовской Аравии и самые богатые сторонники движения исламистов-фундаменталистов финансировали Зияда Барра и его режим после того, как он в 1978 году разорвал отношения с Советским Союзом вплоть до его падения в середине 1991 года. Эти деньги передавались через сомалийского посредника, которого звали Мохаммад Шейх Осман. Однако летом 1991 года Осман неожиданно переметнулся на другую сторону и стал членом центрального комитета ВИД. Вместе с ним его прежние сторонники лишились финансовой и политической поддержки исламистов. Такой поворот в развитии событий значительно способствовал успеху операций бин Ладена и в конце концов обеспечил ему контроль над финансовой системой исламистов в Сомали. Вскоре бин Ладен воспользуется системой Османа в качестве сомалийского отделения его собственной финансовой системы для финансирования и поддержки антиамериканских операций в Сомали.