Собор, исследовавши дело, нашел, что Матвей Башкин и его единомышленники виновны в следующем: 1) не признают Иисуса Христа равным богу отцу, а некоторые и других поучают на это нечестие; 2) тело и кровь Христову считают простым хлебам и вином; 3) святую, соборную апостольскую церковь отрицают, говоря, что собрание верных только церковь, а эти созданные ничто; 4) изображение Христа, богоматери и всех святых называют идолами; 5) покаяние ни во что полагают, говоря: как перестанет грешить, так и нет ему греха, хотя и у священника не покается; 6) отеческие предания и жития святых баснословием называют; на семь вселенских соборов гордость возлагают, говоря: все это они для себя писали, чтоб им всем владеть, и царским и святительским; одним словом, все священное писание баснословием называют, Апостол же и Евангелие не правильно излагают. Башкин оговорил в единомыслии с собою Артемия, бывшего троицкого игумена; поставленный с Башкиным с очей на очи, Артемий не признал себя виновным ни в чем, что тот взводил на него. Но, кроме Башкина, Артемия обвинял также бывший ферапонтский игумен Нектарий; однажды Артемий сказал ему: "В книге Иосифа Вилоцкого написано не гораздо, что послал бог в Содом двух ангелов, то есть сына и св. духа"; по словам Нектария, Артемий еретиков новгородских не проклинал; латынь хвалил, поста не хранил, во всю четыредесятницу рыбу ел и на Воздвиженьев день у царя за столом рыбу же ел. Артемий признался, что когда случалось ему из пустыни приходить к христолюбцам, то он рыбу едал и у царя на Воздвиженьев день рыбу ел. Нектарий на очной ставке обвинял также Артемия, что тот из псковского Печерского монастыря ездил в Новый Городок немецкий (Нейгауз) и там веру немецкую восхвалил. На это Артемий отвечал, что точно ездил в Новый Городок и говорил с немецким князем: есть ли у них такой человек, с которым бы можно было ему поговорить книгами? И такого ему человека книжного не указали. Явился еще обвинитель: троицкий келарь Адриан Ангелов объявил, что Артемий в Корнилиеве монастыре, в келье у игумена выразился так о поминовании умерших: "Панихидами и обеднями им не поможешь, от этого они муки не избудут". Артемий признался, что говорил это о людях, растленных житием и грабителях. Троицкий старец Курачов писал, что слышал от Артемия неприличные речи об Иисусове каноне и акафисте богородичном. Об этом сам Артемий сказал на соборе: "Говорят в каноне: Иисусе сладкий! А как услышат слово Иисусово о заповедях его, как велел быть-и горько становится, что надобно их исполнять. В акафисте повторяют: радуйся да радуйся, чистая! А сами о чистоте не радят и в празднословии пребывают: так что говорят только по привычке, а не в правду". Кирилловский игумен Симеон писал царю: когда он объявил Артемию, что Башкин уличен в ереси, то Артемий отвечал: "Не знаю, что за ересь такая! Сожгли Курицына, да Рукавого и теперь не знают за что их сожгли". Артемий сказал на это на соборе: "Не упомню, так ли я про новгородских еретиков говорил; я новгородских еретиков не помню и сам не знаю за что их сожгли; если я говорил, что не знаю за что их сожгли и кто их судил, то я говорил это про себя, не сказал я: они того не знают". Митрополит, обратившись на соборе к Артемию, говорил ему: "Матвей Башкин ереси проповедовал, сына единородного от отца разделил, называл сына не равным отцу, говорил: сделаю грубость сыну и в страшное пришествие отец может избавить меня от муки, а сделаю грубость отцу, то сын не избавит; молился Матвей одному богу отцу, а сына и св. духа оставил: теперь Матвей во всем этом кается, дела все свои на соборе обнажил". Артемий отвечал митрополиту: "Это Матвей по ребячески поступал и сам не знает, что делал своим самосмышлением: в писании этого не обретается и в ересях не написано". Митрополит говорил: "Прежние еретики не каялися и святители их проклинали, а цари их осуждали и заточали и казням предавали". Артемий отвечал: "За мною посылали еретиков судить, и мне так еретиков не судить, что казни их предать, да теперь еретиков нет и никто не спорит". Митрополит говорит ему: "Написал Матвей молитву к единому началу, бога отца одного написал, а сына и св. духа оставил". Артемий отвечал: "Что ему досталось еще врать, ведь есть молитва готовая Манасиина к вседержителю". Митрополит сказал на это: "То было до Христова пришествия, а кто теперь так напишет к единому началу, тот еретик". Артемий отвечал: "Манасиина молитва в большом ефимоне написана и говорят ее". Когда митрополит сказал Артемию: "Если ты в чем виноват, кайся", - то он отвечал: "Я так не мудрствую, как на меня сказывали; то на меня все лгали: я верую в отца, сына и св. духа, в троицу единосущную". Бывший ферапонтовский игумен Нектарий обвинял Артемия во многих богохульных речах на христианский закон и божественное писание, причем слался на свидетелей: на троих пустынников Ниловой пустыни и на одного соловецкого старца; но на соборе эти свидетели объявили, что от Артемия хулы на христианский закон и божественное писание не слыхали. Вследствие этого, что свидетели не подтвердили Нектариева обвинения, царь освободил Артемия от казни; но так как собор нашел, что Артемий не оправдался в других обвинениях, то его присудили на заточение в Соловецкий монастырь: там он заключен был в молчательной келье, чтоб душевредный и богохульный недуг не мог распространиться от него ни на кого; он не мог ни говорить ни с кем, ни писать ни к кому, ни получать ни от кого писем или других каких-нибудь вещей; он должен был сидеть в молчании и каяться: приставлен был к нему отец духовный, который должен был извещать игумена, истинно ли покаяние его; сам игумен должен был поучать его и в случае исправления позволить ему причаститься в смертельной болезни; книги ему иметь только такие, какие позволит собор. По некоторым известиям, один из отцов собора, епископ рязанский Кассиан, позволил себе отзываться дурно о книге Иосифа Волоцкого; он был поражен параличом, лишился употребления руки и ноги, оставил епископию, удалился в монастырь, но и тут не покаялся, не хотел называть Христа вседержителем.
Из отзывов Артемия о книге Иосифа Волоцкого и о новгородских еретиках видно, что он вместе с другими современными ему грамотными людьми, как, например, с знаменитым князем Андреем Курбским, не разделял убеждений Иосифа относительно еретиков и справедливости мер, против них принятых. Мы видели, как заволжские старцы ратовали против мер Иосифа Волоцкого; Башкин, по свидетельству летописи, также говорил, что заволжские старцы злобы его не хулили, а утверждали его в ней. В связи с самым известным из заволжских старцев Вассианом Косым был Максим Грек, который находился еще в живых, когда поднялось дело об ереси Башкина; вместе с другими он был приглашен на собор; но царю донесли, что Максим оскорбился этим приглашением, думает, что его зовут на собор из подозрения в единомыслии с Башкиным, хотят из его мнений и приговоров о ереси вывести заключение-враг он или скрытый доброжелатель еретиков. Чтоб успокоить Максима, царь писал ему: "Послал я за тобою, да будешь и ты поборник православию, наравне с древними богоносными отцами, да явишься и ты благочестию ревнитель, да примут и тебя те же небесные обители, какие приняли прежних подвижников за благочестие. Слышали мы, что ты оскорбляешься, думаешь, что мы тебя соединяем с Матвеем (Башкиным) и потому за тобою послали: никогда мы не сочетаем верного с неверными; отложи сомнение и данный тебе от бога талант умножи, пришли ко мне писание на нынешнее злодейство". Из этого письма видно, что царь освобождал Максима от присутствия на соборе, прося у него только обличительного на ересь послания.
Башкин и единомышленники его были заточены по монастырям. Из последователей его-белозерский монах Федосий Косой и какой-то Игнатий были схвачены в 1555 году и заключены в монастырь в Москве, но бежали в Литву, женились там и продолжали проповедовать на свободе свое учение; это учение состояло в том, что божество не троично, что Христос простой человек, что все внешнее устройство церковное не нужно. Артемию, несмотря на строгий надзор, также удалось бежать из Соловок в Литву. Есть еще известие о соборе по поводу ереси Давыда, архиепископа ростовского в 1582 году; этот Давыд выставлен соумышленником Антония Поссевина, который сам приводится на собор, излагает странное учение, совершенно сходное с учением Давыда, и опровергается царем Иоанном. Но известие о Поссевине явно выдумано: царь не мог говорить с ним так, как представлен говорящим на соборе; притом, если б было что-нибудь подобное, то известие о нем сохранилось бы в статейном списке; это сочинение вроде переписки царя Иоанна с турецким султаном, попадающейся в некоторых сборниках.
С православным Востоком по-прежнему происходили постоянные сношения. В 1543 году дата была грамота старцам Афонского Пантелеймонова монастыря, по которой они везде в областях Московского государства пропускались свободно, не платя никаких пошлин, получая корм и подводы. В 1547 году митрополит Макарий писал окружное послание о вспомоществовании старцам Пантелеймонова монастыря, пришедшим в Москву за милостынею. Также бил челом царю Паисий, игумен Афонского болгарского монастыря Хиландаря, что им от даней султановых истомы великие и от греков обиды большие: государь бы их пожаловал, послал об них свою грамоту к султану, чтоб тот от даней их пооблегчил и от греков оборонил. Царь исполнил просьбу, послал грамоту к султану. В 1545 году александрийский патриарх Иоаким писал Иоанну, ходатайствуя об освобождении Максима Грека, не праведно заточенного: "Так православные христиане, пишет Иоаким, - не поступают с бедными людьми, особенно с иноками, и несправедливо держать человека силою и оскорблять; нехорошо верить всякому слову, всякому писанию без испытания. Я никогда не писал к тебе, ничего не просил: так не оскорби меня теперь, не заставь писать вторично, ибо я не перестану писать к тебе, пока просьба моя не будет исполнена".