Затем в сентябре 2006 года органами МГБ были задержаны руководители ряда оппозиционных организаций Грузии. Так, в частности, по обвинению в антигосударственной деятельности и в попытке организации государственного переворота в разных городах Грузии были задержаны политический секретарь партии «Справедливость» Резо Булия, руководитель движения «АнтиСорос» Майя Николаишвили, лидер консервативно-монархической партии Темур Жоржолиани. В 63 офисах и квартирах оппозиционеров прошли обыски. Были задержаны главы региональных офисов «Справедливости» в городах Зугдиди и Батуми. По информации телекомпании Рустави-2, в городе Зугдиди, на западе страны, задержан проживающий там политический секретарь оппозиционной партии «Справедливость» Резо Булия, активист Папуна Шония. Против Реваза Булия было возбуждено уголовное дело по обвинению в попытке государственного переворота. Кроме того, грузинские власти обвинили руководителя Фонда Игоря Гиоргадзе Ирину Саришвили в участии в антигосударственном заговоре.
Под угрозами, одна из задержанных, лидер движения «Антисорос» Майя Николеишвли призналась в подготовке государственного переворота и была отпущена под залог в 10 тысяч лари. Вскоре после этого 13 сторонников Гиоргадзе суд признал виновными в попытке вооруженного свержения власти, их приговорили к срокам заключения от 2 до 8,5 лет тюрьмы.
Затем Департамент конституционной безопасности задержал трех человек — активистов молодежного крыла партии «Новые правые» Леван Джапаридзе. Им предъявлено обвинение по статье — коммерческий подкуп и уже возбуждено уголовное дело. По подозрению в отмывании денег задержан член лейбористской партии Арчил Бенидзе. В связи с этим делом допрошен лидер лейбористов Шалва Нателашвили, который уже объявил в партии чрезвычайное положение и обратился в ООН с просьбой — создать следственную комиссию «чтобы установить лживость этих обвинений, которые власть предъявляет членам партии».
Затем, в июле в Тбилиси был задержан бывший руководитель службы госбезопасности Грузии Ираклий Батиашвили. Он обвинялся «в поддержке незаконных действий Эмзара Квициани с целью насильственного свержения конституционных органов государственной власти Грузии». Ираклий Батиашвили занимал пост руководителя службы госбезопасности Грузии в 1992–1993 годах, в последние несколько лет — один из лидеров оппозиционного движения «Вперед, Грузия».
В январе 2006 года глава аналитико-информационного центра Национальной ассамблеи азербайджанцев Грузии (НААГ) Аббас Мурадханлы сообщил, что по инициативе министра внутренних дел Грузии Вано Мерабишвили, и с одобрения президента Михаила Саакашвили Департамент контрразведки МВД готовит провокации и покушения на ряд лидеров оппозиции и национальных общин. По его словам, наибольшая опасность угрожает председателю лейбористской партии Шалве Нателашвили, председателю партии «Справедливость» Игорю Гиоргадзе, вице-президенту Всероссийского конгресса азербайджанцев Сакиту Аллахвердиеву, президенту НААГ Дашгыну Гюльмамедову, экс-министру внутренних дел Аджарии Джемалу Гогитидзе, лидеру Демократического Альянса «Единый Джавахк» Ваагу Чахаляну, находящемуся в заключении Темуру Жоржолиани, а также главе непризнанной республики Южная Осетия Эдуарду Кокойты.
Мурадханлы подчеркнул, что озвученную им информацию «подтвердили некоторые достоверные источники в Тбилиси». По его словам, в распоряжении НААГ также имеются копии секретных документов Департамента Контрразведки МВД Грузии, из которых очевидно, что Саакашвили и его сторонники в ближайшее время намерены совершить вышеуказанные преступления. Мурадханлы считает: «Авторитарный режим, опасаясь того, что накопившееся в массах недовольство выплеснется наружу и приведет к свержению власти, начал при помощи спецслужб использовать против лидеров политической оппозиции методы времен Лаврентия Берии, дабы предотвратить или хотя бы отсрочить этот закономерный процесс».
Затем, в ноябре 2007 года в помещения грузинской оппозиционной радио— и телекорпорации «Имеди» ворвался спецназ. Ведущие телекомпании успели сообщить об этом в прямом эфире и выразили надежду, что сумеют перейти на чрезвычайный режим работы. Вслед за этим трансляция «Имеди» прекратилась. Полиция задержала одного из руководителей телекомпании, журналиста Георгия Таргамадзе, а также лидеров оппозиции Каху Кукава и Звиада Дзидзигури. Кроме того, около здания «Имеди» произошло столкновение полиции с людьми, которые пришли поддержать журналистов телекомпании. Полицейские применили дубинки, избиты несколько человек.
Президент Грузии Михаил Саакашвили обвинил российские власти в провоцировании беспорядков в Тбилиси. Якобы грузинские контрразведчики зафиксировали частые встречи и телефонные контакты лидеров грузинской оппозиции с сотрудниками российского посольства. Посол РФ в Грузии Вячеслав Коваленко был вызван в МИД Грузии для консультаций относительно содержания аудио— и видеозаписей, распространенных МВД Грузии.
В ноябре 2007 года Грузинская контрразведка при помощи американского ФБР раскрыла попытку покушения на лидера консервативной партии Грузии Кобу Давиташвили. По словам главы администрации президента Грузии, россиянин хотел убить видного оппозиционера, чтобы бросить тень на Михаила Саакашвили. Убийство главы грузинской партии народа, должно было спровоцировать беспорядки в Грузии. По словам чиновника, покушение готовил российский гражданин, житель Владикавказа Георгий Куртаев. Убийство сорвалось благодаря соседу политика, который решил, что караулят его, и сам напал на террориста. Террорист открыл огонь, ранил нападавшего и убежал, бросив оружие и пакет с фотографиями Давиташвили.
Затем грузинским спецслужбам якобы удалось его выследить и заснять его встречу в Москве с сотрудниками ФСБ. Как пояснил Арвеладзе, он приехал в Грузию через Южную Осетию, а когда покушение сорвалось, уехал обратно. Правоохранительные органы Грузии вступили в переговоры с российскими коллегами о его выдаче. Сам Давиташвили рассказал о том, что его хотели убить, на пресс-конференции 8 июня. По его словам, у его дома несколько дней подряд видели незнакомца, который кого-то поджидал. Когда соседи спросили у него, кого именно, он выхватил пистолет с глушителем, дважды выстрелил в воздух, после чего бежал. Убегая, он споткнулся и выронил пакет. В пакете оказалось вырезанное из газеты фото Давиташвили. Саакашвили также сообщил парламентариям, что российские спецслужбы заказали грузинским киллерам «убийство одного чеченца». Узнав об этом, грузинская контрразведка инсценировала гибель этого человека и тем самым ввела российскую ФСБ в заблуждение.
В феврале 2008 года в районе местечка Сенки в Грузии был убит Тенгиз Гогия один из близких соратников погибшего в 1993 году президента Звиада Гамсахурдия. Скрывавшийся долгое время в лесах, Гогия вернулся в свой дом, где его встретили сотрудники грузинского спецназа. Глава администрации МВД Грузии Шота Хизанишвили заявил, что при задержании партизан оказал сопротивление представителям правоохранительных органов. В итоге столкновения Гогия погиб.
В сентябре 2009 года в Тбилисском аэропорту МВД Грузии задержало младшего сына экс-президента Грузии Звиада Гамсахурдия — Цотнэ Гамсахурдия, подозреваемого в сговоре с целью свержения конституционного строя в стране. На основе материалов, полученных в результате скрытого прослушивания и слежки, осенью 2007 года против Цотнэ Гамсахурдия было возбуждено уголовное дело по статьям 315-й УК Грузии — сговор или бунт с целью насильственного свержения конституционного строя Грузии и 314-й УК Грузии — шпионаж. Цотнэ Гамсахурдия был уличен в связях с сотрудниками службы разведки Российской Федерации — Соколовым, Соломатиным и Волынкиным, которые являлись сотрудниками посольства РФ в Грузии.
Затем, в середине мая 2009 года спецслужбы Грузии подавили госпереворот. Первый со дня правления Саакашвили. 5 мая в Мухровани (в 20 км от Тбилиси) вспыхнул военный мятеж — отдельный бронетанковый батальон объявил о своем неповиновении властям, однако, вскоре мятежники согласились сложить оружие, а грузинское руководство объявило о предотвращении военного переворота в стране. В связи с попыткой мятежа были задержаны 10 военнослужащих и 13 гражданских лиц. В числе задержанных по делу о подготовке военного мятежа — бывший командующий отрядом спецназа «Дельта» Гия Гваладзе, экс-командующий западным направлением сухопутных войск Грузии, бывший командир Национальной гвардии генерал-майор Коба Кобаладзе, командир бронетанковой бригады Мамука Горгиашвили.
Затем по телевизору показали несколько записей. Одна — скрытой камерой, на которой бывший командир спецотряда «Дельта» Гия Гваладзе дает инструкции по поводу мятежа, намеченного на 7 мая. На другой — признательные показания командира танкового батальона в Мухровани, который попытался взбунтоваться после ареста Гваладзе. Кто такой Гия Гваладзе? Это друг Игоря Гиоргадзе — бывшего начальника КГБ Грузии, давно разыскиваемого спецслужбами Грузии.