После ранения генерала Компана командование неприятелем принял генерал Ф. Тести. Орудиями батареи Пернети атака противника была возобновлена. Тем временем маршал Даву получил две контузии, а император Наполеон послал на смену Компану генерала Ж. Раппа. Получив ошибочное известие о гибели Даву, Наполеон приказал войскам Нея вступить в сражение. Вслед за пехотой Нея двинулись два корпуса кавалерийского резерва Мюрата.
После того как Кутузов отказал в армейских резервах, которые не могли быстро подойти с оконечности правого фланга, Багратион потребовал, чтобы Тучков нанес удар по правому флангу противника.
В это время Ней, преодолев сопротивление егерей, вместо того чтобы двинуться к Семеновскому оврагу согласно указанию, резко повернул часть своих войск направо, стремясь одним ударом поразить двойную цель: выполнить свою задачу и помочь войскам Даву.
К месту боя подошла кавалерия обеих сторон. Русская кавалерия опрокинула головной французский конно-егерский полк легкой кавалерийской бригады, который, отступая в полном беспорядке, промчался сквозь следовавший за ним лейб-полк, чем расстроил его ряды.
Несмотря на успешную атаку кавалерии, российские войска потеряли южную флешь, которую попыталась отбить пехотная дивизия генерала Неверовского. С помощью дивизии генерала Дуки были отброшены два вюртембергских полка. Но подошедший батальон корпуса Нея снова выбил российские войска из флеши.
В это время два вюртембергских полка, собравшиеся под прикрытием пехоты Нея, вновь устремились в атаку под личным предводительством маршала Мюрата. Имея в голове лейб-полк, они отбили захваченные русскими кирасирами пушки, но, увлекшись преследованием, слишком приблизились к артиллерии. После того как они были осыпаны картечью, началось их отступление. Российская кавалерия бросилась в погоню. При этом вюртембергская пехота по-прежнему удерживала южную флешь. Направленный в поддержку батальону вюртембержцев французский линейный полк не выдержал огня артиллерии и оставил укрепление. В ходе этих событий Мюрат едва не был захвачен русскими кирасирами, но успел укрыться в рядах пехоты.
Столкнувшись с шедшей навстречу вражеской дивизией, русские кирасиры под артиллерийским огнем повернули назад. Но после того как был убит генерал Франсуа Дама, наступление врага приостановилось. Затем кирасиры снова атаковали у флеши построившиеся в каре пехотные части корпуса Нея, но были отбиты ружейным огнем и штыками, а затем контратакованы кавалерией.
Генерал-майор артиллерии И. Радожицкий, который был свидетелем событий Бородинского сражения, развернувшегося на его глазах, писал: «Я видел, как наша пехота в густых массах сходилась с неприятельскою; видел, как, приближаясь одна к другой, пускали они батальный огонь, развертывались, рассыпались и наконец исчезали; на месте оставались только убитые, а возвращались раненые. Другие колонны опять сходились и опять таким же образом исчезали. Это зрелище истребления людей столь поразило меня, что я не мог долее смотреть и с сжатым сердцем отъехал к своим пушкам».
Тем временем дивизия генерала Ж. Разу взяла северную и среднюю флеши, захватив находившиеся там четыре подбитых орудия. После этого Багратион ввел в бой гренадерскую дивизию герцога К. Мекленбург-Шверинского и сводно-гренадерскую бригаду полковника Г. Кантакузена. В результате гренадеры вынудили противника отступить к средней флеши. Развивая успех, они отбили северную и среднюю флеши. Завязавшийся на этом участке ожесточенный бой продолжался с переменным успехом.
К одиннадцатому часу утра Наполеон сконцентрировал против флешей около 45 000 пехоты и кавалерии и почти 400 орудий. Багратион, видя, что артиллерия флешей не может остановить движение французских колонн, возглавил контратаку левого крыла, общая численность войск которого составляла приблизительно 20 000 человек. Натиск первых российских рядов был остановлен, и завязался жестокий рукопашный бой, продолжавшийся более часа. Удача склонялась на сторону войск Багратиона. Но вскоре он, во время контратаки, был ранен осколком ядра в бедро, упал с лошади и был вывезен с поля битвы. Весть о ранении Багратиона мгновенно пронеслась по рядам русских войск и оказала огромное воздействие на них. Также ранение получил и начальник Главного штаба 2-й Западной армии генерал-лейтенант Сен-При. Российские войска стали отступать.
Воспользовавшись замешательством, вызванным вестью о ранении Багратиона, дивизия Разу вновь захватила северную и восточную флеши. Борьба за эти укрепления продолжалась примерно до 10 часов, после чего Коновницын, который временно принял командование 2-й Западной армией, отвел войска за Семеновский овраг, рассчитывая на этом новом рубеже удержать дальнейшее продвижение противника. Вскоре французы окончательно заняли северную и среднюю флеши.
Надежность укрепления Семеновского оврага вынудила Наполеона сменить направление главного удара с левого фланга в центр, на батарею Раевского. Но в то же время Наполеон не прекратил атаку левого фланга российской армии.
Узнав о ранении Багратиона, Кутузов приказал герцогу А. Вюртембергскому принять командование 2-й Западной армией, но позже передал его генералу Дохтурову, которого «отрядили на левое крыло в 11-м часу утра». По свидетельствам Барклая-де-Толли и Ермолова, в это время войска 2-й Западной армии были сильно расстроены и «едва могли быть приведены в какой-либо порядок».
Наполеон, чтобы поддержать усилия своих войск, сражавшихся в районе деревни Семеновское, приказал левому крылу Богарне перейти в наступление. В это время на южном фланге с переменным успехом продолжались бои корпуса Понятовского на старой Смоленской дороге. Еще накануне сражения по приказу Кутузова сюда был направлен пехотный корпус генерала Тучкова и до 10 тысяч ратников Московского и Смоленского ополчений. Также к войскам присоединились еще два казачьих полка. Для связи с флешами в Утицком лесу заняли позицию егерские полки генерал-майора Шаховского.
По замыслу Кутузова, корпус Тучкова должен был из засады внезапно атаковать фланг и тыл неприятеля, ведущего бой за Багратионовы флеши. Однако ранним утром начальник штаба Беннигсен выдвинул отряд Тучкова из засады.
Непосредственно перед началом битвы корпус французской армии, состоявший из поляков под командованием генерала Понятовского, двинулся в обход левого фланга позиции российских войск. Стороны встретились перед Утицей около 8 часов утра, в тот момент, когда генерал Тучков по приказу Багратиона уже отправил в его распоряжение дивизию Коновницына. Неприятель, выйдя из леса и оттеснив егерей от деревни Утицы, оказался на высотах. Установив на них 24 орудия, противник открыл ураганный огонь. Тучков вынужден был отойти к Утицкому кургану, более выгодному для себя рубежу. Попытки Понятовского продвинуться и захватить курган успеха не имели.
Около 11 утра Понятовский, получив слева поддержку от пехотного корпуса Жюно, сосредоточил огонь из 40 орудий против Утицкого кургана и захватил его штурмом. Это дало ему возможность действовать в обход позиции российских войск.
Тучков, стремясь ликвидировать опасность, принял решительные меры к возвращению кургана. Он лично организовал контратаку во главе полка Павловских гренадер. Курган был возвращен, но сам генерал-лейтенант Тучков получил смертельную рану. Его заменил генерал-лейтенант Багговут. Он оставил Утицкий курган лишь после того, как защитники Багратионовых флешей отошли за Семеновский овраг, что сделало его позицию уязвимой для фланговых атак. Он отступил к новой линии 2-й Западной армии.
Довольно активные события происходили и в ходе боев за артиллерийскую батарею Раевского. Так, высокий курган, находившийся в центре русской позиции, господствовал над окружающей местностью. Именно на нем и была установлена батарея, располагавшая к началу боя 18 орудиями. Оборона батареи возлагалась на пехотный корпус генерал-лейтенанта Раевского.
Около 9 часов утра, в разгар боя за Багратионовы флеши, французы начали первую атаку на батарею силами корпуса вице-короля Италии Евгения Богарне, а также дивизиями генералов Морана и Жерара из 1-го корпуса маршала Даву. Воздействием на центр российской армии Наполеон рассчитывал затруднить переброску их войск с правого крыла на Багратионовы флеши и тем обеспечить своим главным силам быстрый разгром левого крыла российской армии. К моменту атаки вся вторая линия войск генерал-лейтенанта Раевского по приказу Багратиона была снята на защиту флешей. Несмотря на это, атака была отражена артиллерийским огнем.
После этого Богарне повторно атаковал курган. Главнокомандующий российской армией Кутузов в этот момент ввел в бой за батарею Раевского весь конноартиллерийский резерв в количестве 60 орудий и часть легкой артиллерии 1-й армии. Однако, несмотря на плотный артиллерийский огонь, французы полка бригадного генерала Бонами сумели ворваться в редут.