Вскоре после этой смерти, и именно в Великом посту 1612 г., Казанский митрополит Ефрем рукоположил в Казани архимандрита Спасо-Евфимиева монастыря Герасима в архиепископа Суздальского и Торусского. А 29 июля того же года князь Димитрий Михайлович Пожарский от имени всех чинов, собравшихся к Москве с ополчением, писал к Ефрему следующую грамоту: «За преумножение грехов всех нас, православных христиан, Вседержитель Бог совершил ярость гнева Своего в народе нашем, угасил два великие светила в мире: отнял у нас главу Московского государства и вождя людям государя царя и великого князя всея Руси, отнял и пастыря и учителя словесных овец святейшего патриарха Московского и всея Руси. Да и по городам многие пастыри и учители, митрополиты, архиепископы и епископы, как пресветлые звезды, погасли, и теперь остались мы сиротствующими в поношение, и посмеяние, и поругание народам. Но еще не до конца оставил нас Господь: даровал нам единое утешение, поставив тебя, великого господина, как некое великое светило на свещнице, сияющее в Российском государстве... У нас теперь, великий господин, скорбь немалая, что под Москвою вся земля в собранье, а пастыря и учителя у нас нет, одна соборная церковь Пречистой Богородицы осталась на Крутицах, и та вдовствует. И мы по совету всей земли приговорили: в дому Пречистой Богородицы на Крутицах быть митрополитом игумену Сторожевского монастыря Исаие, он от многих свидетельствован, что имеет житие по Боге. И мы игумена Исаию послали к тебе, великому господину, в Казань и молим твое преподобие всею землею, чтоб не оставил нас в последней скорби, совершил игумена Исаию митрополитом на Крутицы и отпустил его под Москву к нам в полки поскорее, да и ризницу бы дал ему полную, потому что церковь Крутицкая в крайнем оскудении и разорении». Это ясно свидетельствует, что на Ефрема смотрели тогда все, как на главного архипастыря в России, хотя он по неизвестной нам причине и не исполнил обращенной к нему просьбы от лица Русской земли, не произвел Исаии в Крутицкого митрополита. Как только освободили русские Москву от ляхов и изменников, то решили избрать себе нового царя и для этого созвали в Москве земский Собор. В 21-й день февраля 1613 г., в неделю православия, избран был всею Русскою землею новый православный государь, сын Ростовского митрополита Филарета Михаил Федорович Романов. Мая 2-го он торжественно вошел в Москву и вступил на царский престол. А 11 июля совершилось в Успенском соборе священное венчание и миропомазание нового царя на царство, и это священнодействие совершал Казанский митрополит Ефрем. Царская казна была пуста и не на что было содержать ратных людей, которым много еще было тогда дела в Русской земле. Члены земского Собора постановили бить челом государю, чтобы он послал во все города для денежных сборов и для хлебных и всяких припасов сборщиков от своего царского лица, чем бы ему, великому государю, ратных людей пожаловать. И новый царь еще 24 мая разослал такие грамоты и, между прочим, писал к известным богачам Строгановым, чтобы они уплатили следующие с них в казну доходы и отпустили взаймы денег и разных припасов на войско. Вместе с царскими разослали свои грамоты, в том числе и к Строгановым, и русские архипастыри, которые все находились тогда в Москве, и именем православной веры и отечества убеждали всех исполнить приказание государя и решение земского Собора. Под этими грамотами подписались два митрополита – Ефрем Казанский и Кирилл Ростовский, три архиепископа – Герасим Суздальский, Феодорит Рязанский и Арсений Архангельский и Тверской и два епископа – Сильвестр Корельский и Иосиф Коломенский. Вот сколько оставалось тогда русских архиереев, и между ними первенствовал Ефрем! Земский Собор определил на утверждение и в память будущим родам написать уложенную грамоту об избрании на царство царя Михаила Федоровича, и эту грамоту в конце того же мая подписали прежде всех три митрополита – Ефрем Казанский, Кирилл Ростовский и Иона Сарский и Подонский, три архиепископа – Герасим Суздальский, Феодорит Рязанский и Арсений Архангельский и два епископа – Иосиф Коломенский и Сильвестр Корельский. Знак, что после 24 мая поставлен уже был митрополит и на Крутицу – Иона Сарский и Подонский, но первенствующим оставался Ефрем Казанский. К концу 1613 г. (26 декабря) Казанский архипастырь скончался, и тогда-то уже по воле государя управление Русскою Церковию поручено было Крутицкому митрополиту Ионе.
Служение русского духовенства отечеству, в такой степени проявившееся в Смутное время, особенно при патриархе Гермогене, было очень ощутительно и во все время междупатриаршества, так как и новое правительство, которому предлежало столько трудов, чтобы совершенно очистить землю Русскую от внешних врагов и изменников и водворить в ней порядок и тишину, истинно нуждалось в поддержке и содействии со стороны церковной власти. В Москве воцарился избранник Русской земли юный Михаил Федорович, а на юго-востоке России, в Астрахани, свирепствовал с своею шайкою Заруцкий, сопровождаемый известною Мариною и ее сыном. Новый государь послал свои царские грамоты (от 18 марта 1614 г.) к донскому и волжскому казачьим войскам, убеждая их помогать его воеводам, отправляться против Заруцкого, писал также к самому Заруцкому, приглашая его покориться законной власти и обещая ему прощение. В тот же день послали свои грамоты и к обоим казачьим войскам, донскому и волжскому, и к Заруцкому наши архипастыри со всем освященным Собором и старались склонить их к исполнению воли государевой своими духовными увещаниями и угрозою анафемы. На севере России, в пределах Новгородских, хозяйничали шведы, осаждали и разоряли города, и государь по решению всего освященного Собора, бояр и других чинов отправлял (4 сентября 1614 г.) Суздальского архиепископа Герасима и чудовского архимандрита Авраамия с двумя светскими лицами в Ярославль, чтобы убеждать находившихся там казаков и их атаманов к походу на Тихвин для освобождения его от шведского войска. Под Смоленском и вообще на западной окраине России продолжалась борьба между русскими войсками и польскими. А так как в рядах польских воинов находилось немало и униатов, бывших прежде православными и живших в областях, которые принадлежали некогда Московскому государству, то наши митрополиты, архиепископы и епископы со всем освященным Собором послали в те области одно за другим два свои воззвания. Здесь, напоминая жителям Западнорусского края об их русском происхождении и о той вере, в которой они родились и которой теперь изменили, о дорогих сердцу русскому угодниках Божиих, просиявших в России, святителях Петре, Алексии, Ионе, князе черниговском Михаиле и боярине его Феодоре, преподобном Сергии, Варлааме и других, умоляли этих жителей покаяться и снова обратиться к истинной христианской вере, данной от Бога, и к государю царю и великому князю Михаилу Федоровичу, давали обещание разрешить им грех отступничества и исходатайствовать им щедрые милости от государя. Для жалованья ратным людям, которых необходимо было содержать тогда в большом количестве, правительство крайне нуждалось в материальных средствах. И потому на земском Соборе (1616), на котором присутствовали и митрополиты, архиепископы, и епископы, и весь освященный Собор, было приговорено: на ратных людей собрать со всех городов, посадов и уездов, со всех сел и волостей, вотчин и поместий, в том числе и с патриарших, митрополичьих, архиепископских, епископских и монастырских, сошные деньги, а с гостей и торговых людей, в том числе и с монастырей, производивших торг, пятую деньгу. На земском Соборе в 1618 г., когда польский королевич Владислав угрожал осадить Москву, русские митрополиты, архиепископы, и епископы, и весь освященный Собор вместе с боярами и со всеми другими светскими лицами объявили царю Михаилу Федоровичу, что «они все дали обет Богу за православную христианскую веру и за него, государя, стоять безо всякого сумнения и с недругом его, королевичем Владиславом, битись до смерти, не щадя голов своих».
Во всех этих делах, гражданских и государственных, Крутицкий митрополит Иона принимал участие наравне со всеми другими нашими архиереями и не выделялся между ними. Но в делах церковного управления он являлся как главный иерарх в ряду прочих, как местоблюститель патриаршего престола. Он, Иона, с Собором других архиереев избирал и поставлял архипастырей для Русской Церкви и выдавал им настольные грамоты: такая грамота выдана была им в 1619 г. рукоположенному им Рязанскому архиепископу Иосифу. Он, Иона, принимал жалобы и донесения на архиереев и судил их. Около 1616 г. протопоп вологодского Софийского собора Василий сделал какой-то донос на своего архиепископа Нектария. Этот Нектарий, родом грек, был прежде архиепископом в Ахриде, а 25 июня 1613 г. по воле Михаила Федоровича определен на Вологодскую кафедру и 11 июля присутствовал в числе наших архиереев при короновании нового государя. Иона, получив донос на Нектария, не произвел никакого расследования дела, в котором обвинялся последний, и прямо «без сыску и неповинно» осудил Нектария, лишил его архиерейского сана и сослал на заточение в Кирилло-Белозерский монастырь простым чернецом. Все это, как увидим, раскрылось вполне чрез несколько лет, когда Иона уже не правил русскою иерархиею, и послужило для него справедливым укором и бесчестием. Не менее, если даже не более, бесчестия положило на память Ионы участие его в качестве главного церковного судии и в другом деле, которое можно назвать важнейшим из всех церковных дел, совершавшихся у нас во время междупатриаршества, и которое потому мы изложим несколько подробнее.