В Москве не хотели выдавать Яворского патриарху и отмалчивались; Досифей сердился. Переводчик Спафарий писал Головину в 1704 году: «Святейший ныне зело гневен на меня за то, будто мы умаляем его честь и бережем рязанского, а его письма небрежем. Я природу его ведаю из молодых лет: запальчивый таков, что и в алтаре никому не спустит. Отпиши к нему, потому что он вашей милости в письме пеняет, что ни малой отповеди от вельможности вашей не получил; он любит частую корреспонденцию и еще мнит и то, что не все переводим, о чем он пишет: как греки-воры его информовали ложно, а он верит, в том легкий, кто что скажет, и верит. И того ради на всякую статейку учини ему отповедь, и так утолится гнев его: он ярливый, но скоро уходливый по природе».
В том же 1700 году, когда Стефан Яворский был неволею поставлен в митрополиты рязанские, Петр поручил киевскому митрополиту Варлааму Ясинскому «поискать из архимандритов и игумнов или других иноков доброго и ученого и благого непорочного жития, которому бы в Тобольску быть митрополитом и мог бы божиею милостию исподоволь в Китае и в Сибири в слепоте идолослужения и других невежествиях закоснелых человек приводить в познание и служение и поклонение истинного живого бога». Требуемыми достоинствами обладал игумен Новгородо-Северского монастыря Димитрий, знаменитый составлением Четьих-Миней. Димитрий был прислан в Москву и весною 1701 года посвящен в митрополиты сибирские, но и это назначение было не вольное; Димитрий заболел с горя; Петр умел войти в положение человека, которого отрывают от любимого ученого занятия и посылают в Сибирь, Сибирь начала XVIII века! Царь позволил остаться Димитрию в Москве, и в 1702 году он получил место ростовского митрополита. Димитрий нашел свою епархию в печальном положении, в каком находились тогда все епархии великороссийские и из которого хотел извлечь их Петр посредством образованных архиереев. Духовенство было невежественное, учить своих духовных детей не могло, и духовные дети тем легче увлекались проповедию какого-нибудь раскольничьего старца, который кричал против духовенства, отступившего от правой старой веры. «Окаянное наше время! — говорил Димитрий в одной из своих проповедей. — Окаянное время, в которое так пренебреженно сеяние слова божия, и не знаю, кого прежде надобно винить, сеятелей или землю, священников или сердца человеческие или тех и других вместе? Сеятель не сеет, а земля не принимает, иереи не брегут, а люди заблуждаются; иереи не учат, а люди невежествуют; иереи слова божия не проповедуют, а люди не слушают и слушать не хотят. С обеих сторон худо: иереи глупы, а люди неразумны. Иерейские жены и дети многие никогда не причащаются; иерейские сыновья приходят ставиться на отцовские места: мы их спрашиваем, давно ли причащались? И они отвечают, что не помнят, когда причащались. О окаянные иереи, нерадящие о своем доме! Как могут радеть о св. церкви люди, домашних своих к святому причащению не приводящие?» Димитрий должен был увещевать иереев, чтоб они не рассказывали грехи детей своих духовных, открытые на исповеди, должен был внушать, что такой духовник есть Иуда-предатель. Самое действительное средство против подобного состояния духовенства было надлежащее приготовление к священническому сану, и потому Димитрий завел училище при своем архиерейском доме и сам ревностно занимался им, исполняя и учительские обязанности, объясняя ученикам священные книги, а между тем сочинение Четьих-Миней продолжалось безостановочно.
На место Димитрия митрополитом сибирским назначен был также малороссиянин Филофей Лещинский, эконом Киево-Печерского монастыря. Приехавши в Тобольск, Филофей рассмотрел в церквах божиих великое нестроение и обратился к Петру за средствами помочь беде. Филофей писал о необходимости завести в Тобольске школы и учить грамматике славянской и латинской, в ученики понудить от всякого чина детей, завести типографию великого государя казною, печатать буквари, часословы малые и псалтыри. Виниус доложил об этом государю и, с его слов, отвечал Филофею: «Преосвященному митрополиту паче простираться в учении славяно-российской грамматики, и чтоб вся, яже попу или диакону надобно знать, изучились и православной веры катехизис достаточно знали, и по согласию содержащей в ней артикул умели, и людей мирских учили; типографии в Тобольску не быть, а какие книги понадобятся, покупать в Москве». Филофей требовал, чтоб в Сибири каждый год все духовенство съезжалось на собор, один год — в Тобольск, а другой — в Енисейск, и когда архиерей или его посланные поедут в Енисейск или для обозрения епархии, то должны получать казенные подводы. Виниус отвечал: соборам, за дальностию и скудостию попов, быть не для чего и трудно, а паче ж из дальних городов и слобод. А чтоб православная вера без всякого препятия и споны управлялась благочинно, то выбирать ему (митрополиту) по городам и слободам надзирателей и старост добрых и искусных людей, которые б были жития беспорочного и св. писания божественного сведущих, и имя на себе носили трезвое и без всякого порока, и в подводах иметь рассуждение к иноземцам, затем что им, кроме того, великие от подвод тягости, разгоны б не учинить и разорения. Филофей просил: «Буде иноземцы похотят креститься в православную христианскую веру своею волею, и чтоб тем иноземцам ко крещению приходить свободно, без ясачных убытков, а никому не возбраняти». Виниус отвечал: которые иноземцы хотят волею своею креститься в православную христианскую веру, и их крестить, а неволею никаких иноземцев не крестить и ясак с них не складывать, только их спрашивать, какой ради причины приходят ко св. крещению, велеть им учинить исповедь. Которые татары или иные иноземцы пойманы в смертных винах и похотят креститься на том, чтоб быть им живым, и таких, буде с верою совершенно приступают, окрестя и дав им время довольное на покаяние, потом учинить по Уложению и по градским законам, да всякие беззакония истребятся, и которые языка, ниже веры сведомы, и тех скоро не крестить, да не будет вере православной от них поругания, делать в том со многим опасьством и рассмотрением, испытуя вины, чего ради который иноземец крещения пожелает, внимали б словесы спасителевы, реченные: сице кто верует и крестится, спасен будет. Филофей просил: церковных раскольщиков, отступивших от св. церкви и в упрямстве необратно стоявших, истребляти, а прочих, где явятся, всякими наставленьями приводить до соединения св. церкви, а непокоряющихся — домы их разграбляти на великого государя, а их смерти предавати. Ответ: учинить непокаянным расколыцикам по прежним указам, только того смотреть, чтоб, ложными покаяниями избыв смерти, не начали тайно простых и неутвержденных людей в свои прелести привлекать или, ушед в пустынные места, собираясь по-прежнему, людей льстить и зажигать, а которые раскольщики, собрав людей, сожигали, а сами уходили, и таким ворам, по истинному свидетельству, хотя и покаются, самих без всякой пощады во страх иным, таким же ворам, сжечь.
Говоря о достоинстве архиереев, которых Петр назначил из ученых малороссийских монахов для распространения просвещения между великороссийским духовенством, не забудем преданий о деятельности лучшего из великороссийских архиереев, знаменитого не школьною ученостью, но святостию жизни и сходившегося с Петром в усердном радении о благе родной земли. В то время, когда другие духовные лица очень косо смотрели на нововведения, разорявшие, по их мнению, монастыри и архиерейские дома, воронежский епископ Митрофан прославлял намерения государя относительно заведения флота и убеждал народ всеми силами помогать царю в великом деле, но одними словами епископ не ограничивался: он привез царю последние оставшиеся у него 6000 рублей на войну против неверных и постоянно потом отсылал накоплявшиеся у него деньги к государю или в адмиралтейское казначейство с надписью: «На ратных». Легко понять, как Петр должен был смотреть на такого архиерея: не любя жертвовать ни для кого и ни для чего ничем из вновь вводимого, Петр в угоду воронежскому епископу велел снять статуи языческих божеств, украшавшие домик его в Воронеже, и горько оплакивал кончину святого старца.
Но было много людей, которые не разделяли взгляда воронежского епископа на тягости эпохи преобразования. Мы уже видели, как начались и как выражались неудовольствия на Петра за его нововведения; нововведения продолжались, началась война, потребовавшая больших пожертвований людьми и деньгами, рекрутская повинность впервые предстала народу со всею своею печальною обстановкою, и ропот усиливался. Крестьянин роптал: «Как его бог на царство послал, так и светлых дней не видали, тягота на мир, рубли да полтины, да подводы, отдыху нашей братьи крестьянству нет». Сын боярский говорил: «Какой-де он государь? Нашу братью всех выволок в службу, а людей наших и крестьян побрал в даточные, нигде от него не уйдешь, все распропали на плотах, и сам он ходит на службу, нигде его не убьют; как бы убили, так бы и служба минулась и черни бы легче было». Крестьянки, солдатские жены, кричали: «Какой он царь? Он крестьян разорил с домами, мужей наших побрал в солдаты, а нас с детьми осиротил и заставил плакать век». Холоп говорил: «Если он (Петр) станет долго жить, он и всех нас переведет; я удивляюсь тому, что его по ся мест не уходят: ездит рано и поздно по ночам малолюдством и один, и немцам ныне времени не стало, потому что у него тесть Лефорт умер; какой он царь? враг оморок мирской; сколько ему по Москве ни скакать, быть ему без головы». Монах говорил: «Навешал государь стрельцов, что полтей, а уже ныне станет их солить». Другой монах сказал на это: «Эти полти даром не пройдут, быть обороту от последних стрельцов». Нищий говорил: «Немцы его обошли: час добрый найдет — все хорошо, а иной найдет — так рвет да мечет, да вот уж и на бога наступил: от церквей колокола снимает». Слышались слова: «Мироед! Весь мир переел; на него, кутилку, переводу нет, только переводит добрые головы!»