Прямые, хотя и очень краткие, свидетельства об устройстве Верхнего Набережного сада относятся уже к концу XVII ст. Больше сведений сохранилось о Нижнем Набережном саде.
Как упомянуто, он был устроен из старого сада в 1681 г. Каменное здание, над которым стали разводить этот сад, тогда же было укреплено со стороны Тайницких ворот каменным быком (контрфорсом), шириною в 3 саж. и вышиною против такого же быка, каков был у того же сада со стороны Житного двора. Самый сад был огорожен с набережной стороны каменною стеною с окошками, а с внутренней стороны — решеткою. В окна также были вставлены решетины. На углу от Тайницких ворот была построена круглая башня и возле нее четыре палаты. В саду был устроен пруд и водовзводный чердак (род беседки). Для цветников сделаны творила, столбики, репья, причелины.
Устройство сада, начатое с особою заботливостью царем Федором Алексеевичем, было остановлено по случаю его кончины 27 апреля 1682 г. и последовавшей затем стрелецкой смуты. Но в следующем году (1683) оно продолжалось без отлагательства, вероятно, по мысли покойного государя. В этом году весь сад был украшен преспективным письмом, т. е. различными картинами и другими изображениями, которыми были покрыты стены, чердаки (беседки), столбы, решетки и пр. и которые исполнял в течение всего лета дворцовый живописец иноземец Петр Энглес, получавший за эту работу кормовых денег в каждый месяц по 10 рублей. Можно предполагать, что по его же чертежу раскинут был и самый сад, что он же руководил и декоративною рассадкою растений в том порядке, как требовали его живописные работы. Стоявшие в саду каменные четыре палаты были украшены живописью еще в 1681 г.
В одно время с этим Нижним садом устраивался и украшался и Верхний сад. В 1681 г. в нем устроен был пруд, длиною около 5, шириною около 4 саж., глубиною в 2 арш., для чего все место для пруда, как равно и под садом, было выложено свинцовыми досками. Вода в пруд была проведена посредством свинцовых же труб из Водовзводной кремлевской башни, для чего в саду был построен водовзводный чердак. О местоположении этого пруда и устройстве Верхнего сада мы упоминали выше.
Этот пруд особенно достопамятен потому, что он был, кажется, самым первоначальным поприщем потешного мореходства для малолетнего царя Петра, который плавал здесь в лодках и комягах, в потешных карбусах и ошняках. В июне 1682 г. плотники делали на этот пруд лодки и тесали тес на дело карбуса, а в 1683 г. сюда же сделаны были два потешные карбуса и потешный ошняк с чердаками, или беседками, узорочно украшенные резьбою и расписанные красками. В 1684 г. эти потешные суда были починены и вновь куплены у торговых людей лодка и комяга (род лодки однодеревной) с веслами, лодка за 2 рубля, комяга за 29 алт. 4 денги. В последующие годы те же потешные карбусы, шняги, суды и стружки появились уже в Преображенском на Яузе и в Измайлове на тамошних прудах [64].
В последующие годы Набережные сады всегда поддерживались в должном порядке, заботливо обстроивались и обновлялись. В 1687 г. возобновлена и приведена в лучшее устройство водовзводная часть садоводства, для чего у Верхнего сада была выстроена особая водовзводная башня, передававшая воду в сады из Кремлевской башни. Верх ее был украшен часами, а в средине помещалась машина. В 1691 г. оба сада обнесены новыми решетками на столбах с дугами и балясами. Быть может, в эти же годы в садах были построены и ранжерейные палаты, по шести в каждом саду, которые существовали до пожара 1737 г. Они отапливались муравлеными изразцовыми печами и в летнее время от птиц защищались медными сетками.
Что касается растений, которыми была насажены оба Набережные сада, то должно заметить вообще, что старинные наши сады по преимуществу были плодовые, а потому и в Набережных садах, кроме цветов и трав, также большею частию полезных для снеди или лекарственных, собственно аптекарских, росли только плодовые деревья и кусты. В 1682 г. здесь рос виноград и посеяны были арбузы.
Весною 1683 г. (апреля 20-го) в сады потребовались следующие садовничьи предметы, растения и семена: из московских садов велено было взять на выбор 11 яблоней, 40 кустов смородины красной доброй; потребовано 100 кустов гвоздики и семян: 2 фунта анису; гороху грецкого и бобов по фунту; полфунта моркови, фунт семени огуречного; шафеи (шалфею), темьяну, марьяну по полуфунту, фунт тыковного семени. Для садовничьих работ требовалось: три лотка да корыто, три ушата, 5 шаек, пучок мочал, 5 лубов москворецких, два заступа, топор, лейка жестяная, две пилы, 10 гривенок вару, 3 фунта воску, 10 метел, веников тож, да переменить 3 лейки. В то же время на крышку всяких трав от птиц взято 10 саж. сетей неводных, а в 1693 г. для покрышки дыней и арбузов употреблено 60 рогож.
Пред самою кончиною царя Федора Алексеевича садовники его верхового комнатного сада, работавшие и в Набережных садах, русские люди Давыдко Васильев Смирнов и Дорофейко Дементьев, стали спорить с новым садовником Турченином Степаном Мушаковым, который также был приставлен к дворцовому садоводству. 31 марта 1682 г. они подали государю челобитную, где описывали следующее: «В прошлом, Государь, в 187 (1679) г. марта 21-го взяты мы, холопи твои, по твоему В. Государя имянному указу в твой Государев новой в Красный сад в садовники к садам разводить; а садили мы всякой овощ, яблони и груши, виноград и сереборинник (шиповник) красной и белой, и смородину, и дыни, и огурцы, и тыквы, и всякие цветы, и сеяли с Немчином с Кондратьем Филиповым да с Петром Гавриловым (Энглесом), а ево Степана Турченина розводу было: арбузы садил, анис сеял. Да мы же садили с ним Степаном в Нижнем Саду 12 пучков винограду. А он Степан Турченин, опричь тех арбузов и анису ничего не знает и иных розных и трав не знает. А он Степан тут же к нашей работе пристает, а взят он в твой Государев сад только в прошлом в 189 (1681) году». «Милосердый Государь, — оканчивали челобитчики, — пожалуй нас, холопей своих, вели Государь нам быть у своей старой работишки, у твоего Государева садового строенья, кои мы сады разводили в твоем новом Красном каменном саду (Нижнем Набережном) и на Денежном Старом Дворе (в Верхнем Набережном), а с ним Степаном не вели нам быть, и вели Государь ему Степану разводить вновь, что он знает». В тот же день велено было «допросить Турченина: те сады он строит и во всем один надзирать и разводить умеет ли, и силу в деревьях и цветах и травах знает ли?»
Для челобитчиков дело приняло совсем неожиданный оборот. Они заведовали только Нижним Набережным садом и намеревались овладеть заведованием и других двух садов, удалив оттуда Турченина. Но Турченин, наименованный садовником Красного Верхнего и Нижних садов, по допросу сказал, «что ему Набережного сада садовники Давыдко и Дорофейко не надобны, потому что-де они ничего не знают и со всякое огородное дело их не стало б; а он Степан в садах, которые писаны выше сего, всякие дерева и коренья и цветы и семяна и иные статьи, которые принадлежат к аптекарским Великого Государя делам, все и силу их знает и во всех садах он Степан один может во всем надзирать и разводить. Ему Степану надобно в три сада шесть человек работников добрых, не пьющих, только в лето, и в зиму не надобны».
Так как это дворцовое садоводство находилось в ведении Аптекарского приказа, то начальник его, боярин князь В. Ф. Одоевский, имевший для того должные основания, приказал: у тех садов быть в садовниках Степану Мушакову, а Давыду и Дорофею отказать, и дать ему, Степану, на лето работников 4 человека [65].
По дворцовой отчетности 1702 г. в Верхнем Набережном саду было садового строенья: сто тридцать яблоней наливу, скруту, аркату; двадцать пять груш сарских, волоских; восемь кустов винограду, один куст байбарису, двадцать три куста серебориннику, красного и белого; четыреста десять кустов смородины красной, шесть кустов пиона красных, девять ящиков гвоздики. В 1737 г., когда дворец был уже оставлен, в известный пожар, в Верхнем Набережном саду сгорело: «дерев яблонных 95, дульных 15, грушных 26, грецкого ореха 1; смородины 285 кустов, крыжовнику 98, байбарису 8, серенья 15, розену красного 20, желтого розену 4, белого розену 24, и сто горшков с разными деревьями и цветами, «которые вынесены были сюда из ранжерей».
В Нижнем саду, в 1702 г., садового строенья было: шесть кустов старого винограда, 13 кустов сереборинника красного, 12 кустов белого, 10 кустов красной смородины, малины десять кустов да восемь гряд; 20 кустов смородины черной, тысяча тюльпанов цветных, три тысячи средних и мелких, восемьдесят крон цветных, семьдесят нарсис, восемьдесят два куста лилей желтых, два ящика шалфеи, два ящика руты, шестьдесят кустов зори, ящик красной и белой рожицы, пять ящиков гвоздики. В пожар 1737 г. в этом саду погорело: дерево грецкого ореха и с деревянным срубом, молодых грецких орехов 28, виноградных 24, яблонных 42, дульных 6, грушных 9, сливных 6, вишневых 12, розену брусничного 14, розену белого 48, желтого розену 6, серенья 16, байбарису 12, гвоздики махровой ранжерейной, пересаженной из горшков в гряды, — 85; сверх того, в то же время здесь сгорели «от прошлых годов остаточные сухие травы, которые лежали в башне, что подле саду, маерам, базилик, темьян, чабер, укроп».