Помимо таинственной кончины Дмитрия Красного, первый год жизни будущего государя был отмечен для Москвы новыми военными тревогами. 20 марта 1440 года великий князь Литовский Сигизмунд был убит заговорщиками. 29 июня того же года на литовский престол вступил новый правитель — князь Казимир Ягайлович, брат польского короля Владислава. Как обычно, смена власти в Литве сопровождалась заговорами, мятежами и бегством недовольных новым режимом вельмож ко двору московского великого князя. В литовских усобицах Москва издавна делала ставку на православную часть местной аристократии, недовольную засильем католиков. С помощью единоверцев московские князья надеялись вернуть под свою верховную власть захваченные Гедиминовичами области Западной и Юго-Западной Руси. Такого рода усилия предпринимал и Василий II в 1440 году. Однако они оказались безуспешными. Мечты о возвращении Смоленска и Северской Украины по-прежнему так и остались мечтами.
Новгород, постоянно искавший дружбы с литовскими князьями для противодействия московскому произволу, поспешил заключить договор с Казимиром. Раздосадованный чередой неудач, Василий II решил напомнить новгородцам о том, что именно он, великий князь Владимирский, является их верховным сюзереном. Только стремительный карательный поход на Новгород мог укрепить авторитет Москвы, сильно пошатнувшийся после «белевщины» и нашествия Улу-Мухаммеда. Такие походы (порой успешные, а порой и неудачные) предпринимали время от времени почти все великие князья Владимирские со времен Андрея Боголюбского. Новгородская кампания зимы 1440/41 года была организована с большим размахом. Предвидя не слишком опасное, но достаточно прибыльное дело, московскому войску прислал помощь тверской князь Борис Александрович. С запада в новгородские владения вторглась псковская рать. Опустошая новгородские волости, сжигая ни в чем не повинные деревни и погосты, Василий II приближался к озеру Ильмень. Новгородцы сначала ответили великому князю разграблением некоторых московских владений по Северной Двине. Однако после того как Василий II захватил городок Демон, игравший важную роль в обороне южных областей Новгородской земли, «золотые пояса» сбавили тон. Новгородский архиепископ Евфимий II от имени всей боярской республики заключил с москвичами мир, по условиям которого Новгород должен был уплатить победителям 15 тысяч рублей контрибуции (29, 150).
Вернувшись из новгородского похода, Василий II отпраздновал рождение еще одного сына — Юрия Младшего. Он появился на свет ровно через год после Ивана — 22 января 1441 года. Крестил младенца тот же игумен Троицкого монастыря Зиновий, который годом раньше окрестил княжича Ивана. В месяцеслове найден был и соответствующий святой, чье имя следовало дать младенцу при крещении. За две недели до дня рождения Юрия Младшего месяцеслов содержал память преподобного Георгия Хозевита — древнего палестинского отшельника. (Имя Юрий возникло от искаженного произношения имени Георгий — «Гюрги».) Родителям явно хотелось дать младенцу имя своего умершего первенца — традиционное для князей московского дома имя Юрий. Их не смущали даже неприятные воспоминания о Юрии Звенигородском. Так у нашего героя, князя Ивана появился младший брат Юрий.
Весной и летом 1441 года Василий II был занят главным образом церковными делами. 19 марта этого года в Москву явился митрополит-униат Исидор. Его попытки убедить великого князя и русских иерархов принять Флорентийскую унию успеха не имели. Через несколько дней после приезда Исидор по приказу Василия II был посажен под стражу в Чудов монастырь.
Вопрос о принятии унии имел не только религиозный, но и политический аспект. Здесь сталкивались самые различные традиции и интересы. Василий II нуждался в поддержке церковных верхов. Дружба с митрополичьей кафедрой была одним из важнейших принципов московской политики со времен Ивана Калиты. При Василии I митрополиты-византийцы Киприан и Фотий не раз помогали Москве улаживать конфликты с Литвой. Они и сами были кровно заинтересованы в сохранении мира в регионе. Только в условиях мира им удавалось «сидеть на двух стульях»: управлять всеми православными епархиями Восточной Европы, включая и те, которые находились в Литве и Польше. И все же процесс политической консолидации в Восточной Европе неизбежно влек за собой обострение конфронтации между Москвой, Вильно и Краковом, а стало быть, и распад некогда единой Киевской митрополии на три самостоятельных образования — московскую, литовскую и польскую православные митрополии. Политическое единение Литвы и Польши в рамках Кревской унии (1385), позднее — Городельской унии (1413) создавало предпосылки для объединения православных епархий этих стран под властью одного иерарха. Но для московской митрополии в этой системе места явно не находилось.
Разрыв с православными епархиями в Юго-Западной и Западной Руси воспринимался в Москве крайне болезненно. Многие считали такой исход трагедией, предательством своих единоверцев, брошенных на произвол «латинян». Любые шаги светской власти, ведущие к расколу, могли вызвать сильное недовольство в московских церковных кругах. С этим столкнулся еще Дмитрий Донской, пытавшийся в 1378 году поставить на митрополичью кафедру своего фаворита попа Митяя, кандидатура которого была заведомо неприемлемой для «зарубежных» епархий. Наследник Донского Василий I не желал иметь те же проблемы и потому приглашал на московскую кафедру митрополитов-византийцев (Киприана и Фотия), которые в силу своей этнической «нейтральности» и политической гибкости более или менее устраивали как Москву, так и Вильно. Вероятно, ту же роль принял бы на себя и присланный из Константинополя митрополит Исидор. Однако патриархия, во-первых, сильно запоздала с назначением Исидора, что заставило москвичей подобрать собственного кандидата на митрополию — рязанского епископа Иону; а во-вторых, — ив этом была суть проблемы — Исидор оказался униатом, «изменником православия». Принять Исидора — значило бы в дополнение к едва утихшей «феодальной войне» получить еще и «религиозную войну».
Арест митрополита-униата был едва ли не самым смелым решением осторожного Василия П. Отдав этот приказ, великий князь вступал на путь окончательного раскола издревле единой Русской митрополии и разрыва с державным Константинополем. Это был путь великого одиночества, вступив на который, Московская Русь отныне должна была во всем полагаться только на свои собственные силы. Страх и сомнения одолевали бедного Василия. Он явно не создан был для таких судьбоносных решений. Ему хотелось убедить себя и всех окружающих в том, что еще не все мосты сожжены, что можно еще как-то уладить дело с Литвой и патриархом. Он приказал дьякам сочинить почтительное письмо к патриарху Митрофану II (1440–1443) с жалобой на еретика Исидора и просьбой разрешить москвичам самим избрать церковного главу. В послании великий князь настаивал на том, что выборы митрополита на Руси отнюдь не будут означать ее разрыва с константинопольской патриархией (141, 132).