3-й отдел
Англия, США, Канада, Южноамериканское отделение, отделение научно-технической разведки. Начальник И. А. Чичаев.
4-й отдел
Франция, Испания, Швейцария, Бельгия, Португалия, Финляндия, Швеция. Начальник Б. А. Рыбкин.
5-й отдел
Италия, Венгрия, Болгария, Румыния, Югославия, Греция. Должность начальника вакантна, планировалось назначение В. Т. Яковлева.
6-й отдел
Ближний Восток. Начальник П. И. Тахчианов.
7-й отдел
Совколония, визы, информация, оперучет. Начальник М. А. Буринский.
8-й отдел
Подготовка спецкадров. Начальник М. П. Филимонов.
Отделение «А»
Функции неизв. Начальник А. А. Максимов, с началом войны В. А. Лягин.
Отделение «Б»
Оперотделения НКГБ в морских портах. Начальник неизв.
В центральном аппарате управления работало около 120 человек, включая технический персонал.
С началом войны НКГБ был расформирован его функции вновь вернулись в объединенный НКВД.
Структура 1-го Управления была утверждена 12 августа 1941 г. в следующем виде:
Руководство разведки (начальник и его заместители).
Секретариат
Группа «А»
Группа «Б»
1-й отдел (Германия, Венгрия, Польша, Чехословакия, Украина)
2-й отдел (Балканский)
3-й отдел (Западная Европа)
4-й отдел (Скандинавия)
5-й отдел (Англо-американский)
6-й отдел (1-й Дальневосточный — Япония, Маньчжурия, Корея)
7-й отдел (2-й Дальневосточный — Китай, Таиланд, Синьцзян, Монголия, Тува)
8-й отдел (Ближний и Средний Восток, кавказская эмиграция)
9-й отдел (совколонии, оперучет, информация, въездные и выездные визы)
10-й отдел (связь)
Школа особого назначения
Штатная численность при этом составила 248 чел.
Приказом НКВД № 001818/к от 28 ноября 1941 г. были объявлены новые штаты. 1-й и 2-й, 3-й и 4-й, 6-й и 7-й отделы были попарно объединены, соответственно сместилась нумерация остальных отделов. 10-й отдел был преобразован в отделение связи, Группа «Б» была упразднена. В результате, структура Управления приняла следующий вид:
Секретариат
Группа «А»
1-й отдел (Германия, Венгрия, Польша, Чехословакия, Балканы)
2-й отдел (Западная Европа и Скандинавия)
3-й отдел (Англо-американский)
4-й отдел (Дальневосточный)
5-й отдел (Ближний и Средний Восток, кавказская эмиграция)
6-й отдел (совколонии, оперучет, информация, въездные и выездные визы)
Школа особого назначения
Штат при этом был сокращен до 145, а приказом НКВД № 002554 от 20 ноября 1942 г. — до 135 человек.
Приказом НКВД № 001146 от 4 июня 1942 г. был создан 7-й отдел (нелегальная разведка).
Приказом НКВД № 00428 от 6 марта 1943 г. на базе отделения 6-го отдела было создано Информационное отделение.
Для обработки и анализа получаемой информации приказом НКВД № 00428 от 6 марта 1943 г. на базе отделения 6-го отдела было создано Информационное отделение (ИНФО).
До создания ИНФО оперативные подразделения были вынуждены брать на себя весь цикл добычи, обработки и направления руководству информации по важнейшим вопросам, не имея при этом достаточно подготовленных сотрудников. А после образования ИНФО появился работоспособный аппарат, который помогал организовать добычу и обработку информации, отсеивал сомнительные сведения и дезинформацию и позволил перейти к планомерному слежению за международной обстановкой.
Указом Президиума ВС СССР от 14 апреля 1943 г. из состава НКВД СССР вновь, как и в 1941 г., был выведен самостоятельный Наркомат государственной безопасности СССР (НКГБ), который возглавил комиссар госбезопасности 1-го ранга Всеволод Меркулов.
Структура вновь организованного НКГБ была определена решением Политбюро П40/91 от 14 апреля 1943 г. об образовании НКГБ СССР и объявлена постановлением СНК СССР № 93–129сс от того же числа. Несколько позже постановлением СНК № 621-191сс от 2 июня 1943 г. было утверждено «Положение о Народном комиссариате государственной безопасности СССР». Разведка вошла в состав НКВД под прежним номером. Нумерация отделов при этом осталась пржней, однако впоследствии происходили некоторые изменения.