Относительно избрания епископов в летописях встречаем выражения: "Повелением царя, избранием митрополита и собора" или: "Повелением царя, по благословению и рукоположению митрополита, по совету освященного собора". В летописном известии о поставлении архиепископа Александра в Новгород в 1576 году встречаем слова: "А избрал его на владычество сам государь". О новгородском владыке Феодосии говорится, что он был поставлен в 1541 году митрополитом Макарием и возведен на архиепископию московским боярином Григорием Мануйловым. Новопоставленный владыка, приехавши в главный город своей епархии, приказывал читать всенародно настольную грамоту, данную ему митрополитом; под 1572 годом новгородский летописец рассказывает: владыка Леонид пел молебны со всеми соборами у св. Софии, а после молебнов велел свою настольную грамоту читать на амвоне Якову ризничему своему пред всем собором вслух людям всем. И в то же время владыка начал говорить архимандриту Юрьева монастыря Феоктисту: "Зачем ты, архимандрит, мне своей настольной грамоты не кажешь? По какому праву ты архимандритишь?" Архимандрит отвечал: "Государь! я не успел, была поездка в Москву, и потому я тебе своей грамоты не приносил". Владыка сказал на это: "Когда у меня настольной грамоты не было, так я три дня не служил". На это архимандрит отвечал: "Тебе с меня хочется денег содрать, но мне тебе нечего дать: тебе и архимандритство, и настольная грамота; хочешь сдери с меня и ризы, я и об этом тужить не буду". Тогда владыка сказал: "Игумены и все священники! слушайте на соборе и после не отопритесь: архимандрит прекословит на соборе перед вами". Тут же сказал он всем священникам: "Вы до сих пор мне не приносили своих поповских грамот подписывать, и я теперь подписывать их не стану; а которые священники дальние, тех бог простит". Мы видели судьбу новгородского владыки Пимена; преемника его Леонида царь велел зашить в медвежью шкуру и затравить собаками, а по другим известиям-удавить. Мы видели, что жители Хлынова, прося прямо царя об учреждении у них монастыря, извещают, что они уже излюбили строителя. Иногда игумен какого-нибудь монастыря бил челом царю, что он уже стар и чтоб царь пожаловал, устроил на его место такого-то старца; иногда вся братия просила царя о назначении им в игумены такого-то старца. Относительно избрания священников состоялся в 1551 году соборный приговор вследствие жалоб новгородских священников: "По всем церквам и улицам старостам и уличанам избирать попов и дьяконов искусных, грамоте гораздых и житием непорочных, а денег у них на церковь и себе мзды не брать ничего: выбравши, приходят с ними к архиепископу, и архиепископ, поучив и наказав, благословляет, и не берет с них ничего, кроме благословенной гривны: от дьяконов, просвирень и пономарей попам и уличанам прихожанам посулов не брать, но бога ради избирать священников всем вместе, чтоб были искусны и непорочны. А который поп или дьякон овдовеет и останется у него сын или брат, или зять, или племяняик, на его место пригожий, грамоте гораздый и искусный, то его в попы на место поставить, а денег на нем не брать же".
Мы видели, что еще при деде Иоанна Грозного церковь обратила внимание на улучшение нравственности духовенства, следствием чего было известное постановление о вдовых священнослужителях; в царствование Иоанна IV еще сильнее обнаружилось стремление уврачевать нравственные язвы, которыми страдало русское общество. Это стремление, это сознание своих недостатков и нежелание мириться с ними обнаруживало силу общества, способность его к дальнейшему преуспеванию: но как в описываемое время, так и долго после при этом стремлении во многом должны были ограничиваться указанием на нравственные язвы, выражением желания уврачевать их, увещаниями к этому врачеванию; зло не истреблялось, ибо главное средство к его истреблению "по обстоятельствам не могло прийти еще в силу, хотя необходимость его и сознавалась лучшими людьми: это средство-просвещение. По недостатку ясного света должны были идти ощупью, браться за средства внешние, не ведущие к цели и оскорбительные для нравственного достоинства человека, как, например, постановление о вдовых священнослужителях; по недостатку ясного света не могли различать хорошо предметов и смешивали действительные нравственные недостатки с обычаями, не имеющими никакого отношения к нравственности.
В 1545 году десятинники жаловались новгородскому архиепископу Феодосию, что игумены и священники Устюжны Железопольской пренебрегают церковным строением и службою, венчают первобрачные свадьбы и двоеженцев и троеженцам молитвы говорят без десятильничья знамени и докладу, пошлин десятильникам не платят; а иные, крадучи законное уложение, многим людям молитвы говорят четвертым и пятым браком, выставляя их другоженцами и троеженцами; а иных венчают в роду и племени, в кумовстве, сватовстве и законных роспусках: мужья неповинно жен своих законных отпускают и берут других, а пущеницы их выходят за других мужей: игумены же и священники такие свадьбы венчанием и молитвою случают законопреступно, от бесстрашия божия. Многие игумены и попы проходят из митрополии и от иных владык и служат в новгородской архиепископии, в устюжской десятине, без ведома и благословения владыки новгородского; а иные внове ставятся в поты и в дьяконы у митрополита и других владык в устюжскую десятину без совета, повеления и без протропи владыки новгородского, ставятся в попы и дьяконы хитростию, грамоты отпускные себе вылыгают у митрополита и владык, и этих ставленных и отпускных грамот архиепископу новгородскому и его десятильникам не являют; а иные и без ставленных и без отпускных грамот служат. Случится попу или дьякону овдоветь, и они, постригшись в чернецы, служат у церквей литургию самовольно, без свидетельства, без обыску, без ведома и благословения владыки. Если за подобные дела десятильник станет игуменов, попов и дьяконов на поруки давать и назначать срок, когда им явиться на суд архиепископский (срочить), то они на суд не являются, на поруки не отдаются, десятильников бьют и злословят неподобною бранью.
В 1551 году на церковном соборе царь подал святителям следующий список беспорядкам, для прекращения которых требовал их содействия: чтоб по церквам звонили и пели по уставу, чтоб поставлены были старосты поповские над всеми священниками; при отдаче антиминсов продажа делается большая; иконы пишутся неприлично; чтобы при даче венечных знамен не было великой продажи христианству; божественные книги писцы пишут с не правильных переводов и, написав, не исправляют же; ученики учатся грамоте небрежно; у владык бояре, дьяки, тиуны, десятинники и недельщики судят и управу чинят не прямо, волочат и продают с ябедниками вместе, а десятинники попов по селам продают без милости, дела сочиняют с ябедниками, а женки и девки, с судьею по заговору, чернецов, попов и мирян обвиняют ложно в насилиях и позоре; в монастырях некоторые постригаются для покоя телесного, чтоб всегда бражничать; архимандриты и игумены некоторые службы божия, трапезы и братства не знают, покоят себя в келье с гостями, племянников своих помещают в монастыри "и довольствуют их всем монастырским, также и по селам, в кельи женки и девки приходят, ребята молодые по всем кельям живут, а братия бедная алчут и жаждут и ничем не упокоены; все богатство монастырское держат власти с своими родственниками, боярами, гостями, приятелями и друзьями; монахи и монахини по миру бродят. монахини живут в мирских просвирнях, монахи у мирских церквей в попах живут; просвирни над просвирами приговаривают. Милостыню и корм годовой, хлеб, соль, деньги и одежду по богадельным избам во всех городах дают из царской казны, христолюбцы также милостыню подают; но в богадельные избы вкупаются у прикащиков мужики с женами, а прямые нищие, больные и увечные без призору по миру ходят; монахи и монахини, попы и миряне, мужчины и женщины с образами ходят и собирают на церковное строение: иноземцы этому дивятся. Надобно подумать, должны ли быгь несудимые грамоты? В монастыри отдаются имения, а строения в монастырях никакого не прибыло и старое опустело: кто этим корыстуется? Надобно решить, прилично ли монастырям отдавать деньги в рост? Монахи и попы пьянствуют; вдовые попы соблазняют своим поведением, остаются при церквах и исправляют все требы, только обеден не служат; старец на лесу келью поставит или церковь срубит, да пойдет по миру с иконою просить на сооружение, у царя земли и руги просить, а что соберет, то пропьет; должно избирать игуменов и священников достойных. В церквах стоят в тафьях и шапках с палками, говор и ропот и всякое прекословие и беседы и срамные слова; попы и дьяконы пьют бесчинно, церковные причетники всегда пьяны, без страху стоят и бранятся; попы в церквах дерутся между собою и в монастырях тоже; попы и дьяконы без риз служат; пономари и дьяки двоеженцы и троеженцы в алтари входят и святыни касаются. Головы и бороды бреют и платье иноверных земель носят; крестное знамение кладут не по существу; бранятся скаредными словами: и у иноверцев такое бесчиние не творится; клянутся именем божиим во лжу; ружные попы не исполняют своих обязанностей. Продают давленину. Христиане приносят в церковь кутью, канун, на Велик день пасху, сыры, яйца, рыбы печеные, в иные дни калачи, пироги, блины, караваи и всякие овощи: в Новгороде и Пскове для этого устроен кутейник во всякой церкви, в Москве же все это вносится в жертвенник и в алтарь; в монастырях монахи и монахини и миряне живут вместе. Надобно заняться выкупом пленных из бусурманских рук.