Выборг для переговоров. Эверт Горн требовал от новгородцев и ладожан прямого ответа: желают ли они окончательно признать своим государем шведского короля или нет? Во всяком случае они должны были знать, что шведский король имел на них право, так как его войска защищали их от врагов. Новгородцы хотели выиграть время. Они ответили, что и раньше присягали королевичу Филиппу с тем, чтобы он шел к ним и оставил у них все по-старому, идти же под власть шведского короля они и не собирались.
Пока шли эти переговоры, против шведов возрастало все большее и большее неудовольствие и возмущение в разоряемых ими посадах и городах. Князь Волконский начал стягивать войска к Новгороду, Тихвину и Ладоге. В декабре 1614 года было сообщено ему из Ладоги в Белоозерск: «Стоят на Волхове, в 10 верстах от Ладоги, 500 немецких людей, да пришло от Иван-Города, от ямы и Копорья 1500 немецких людей и стали на Масельгском погосте да на Лунчаге (финские поселки недалеко от Ладоги), стоит прежних немецких людей 500 человек, а с Рождества однолично идти всем немецким людям в Тихвин посад». В феврале 1615 года Ладога была сборным пунктом шведских войск, о чем было сообщено в Белоозеро: «Велел-де Ивенгор немецкому воеводе Самойлу Кобрину собирати всех немцев в Ладогу, которые хотели, ходили в Обонежскую пятину и на Масельгу, а собрався с теми немцы велел идти им в Тихвин же, и нынче-де немецкие люди сошлись в Ладогу». Делагарди жил в то время преимущественно в Ладоге и заводил в ней иноземные порядки.
Чтобы окончательно отделаться от шведов, новгородцы отправили послов к московскому царю. Послы сказали ему, что новгородцы только из нужды передались шведскому королю и просят заступиться за них и взять их под свое покровительство. После милостивой грамоты царя новгородцам открылись снова военные действия. Московские отряды стояли на реках Мете и Ловати, а Волконский сообщил, что он двинулся на государеву службу под Тихвин, Ладогу и Орешек, со всеми атаманами и казаками, и назначал сборный пункт у Рождества Христова на реке Паше.
Но шведский король был склонен к миру и дал приказ Делагарди бросить Новгород, разорив его как следует. Начались долгие переговоры, которые кончились съездом в деревне Столбове, между Тихвином и Ладогой, где был заключен мир 27 февраля 1617 года. По словам летописи: «Немцы с государем помирилися и отдали город Новгород, Порхов и Ладогу». Карела, Орешек, Копорье, Ямбург и другие города оставались у шведов, а ближайшим русским пунктом к морю стала Ладога. Густав-Адольф, прочитав текст договора, улыбнулся и сказал: «Ну, теперь Москва совершенно отрезана от моря, не перешагнет».
Долго не могла оправиться Ладога после этого последнего иноземного владычества. Вся она была выжжена, разорена и разграблена, жители ее почти все разбежались. Еще в 1614 году захваченные неприятелем пленники показывали, что «русских людей в Ладоге нет никого». Все окрестные монастыри и селения также были разграблены неприятелем. Валаамские старцы писали в 1618 году о Васильевском монастыре против Ладоги: «Стоит он пуст, игумена и братии в нем нет, лишь де живут в нем три служки». Этот монастырь был в такой крайности, что когда в 1620 году он начал «ставиться после войны немецких людей вновь», то до 1627 года богослужение в нем совершалось при освещении дранью, и братия, скорбя о том, приносила жалобу, что «у них де в церкви Божией, служача с лучиною, образа закоптели». Вообще кругом Ладоги, начиная с Николо-Медведицкого монастыря у устья Волхова и до Гостинополья (в 20 верстах от Ладоги), царствовало полное разорение. Очевидно, не сразу убрались из Ладоги шведы после Столбовского договора, потому что в грамоте от 1620 года игумена Медведицкого монастыря Кирилла, между прочим, пишется: «В прошлом году Ладожский воевода того Никольского монастыря бывшего игумена Феодорита и служителей монастыря пытал всякими разными пытками и покинул в тюрьму замертво, а в монастырь прислали многих немецких людей и монастырь разорили, образы и колокола и свечи и паникадила и всякую монастырскую казну, лошадей и коров и хлеб монастырский в житницах монастырских и по селам все пограбили, и по полям сеянный хлеб, пожав смолотив, свезли в Ладогу, и старцев и слуг и крестьян многих побили до смерти и монастырь и монастырские гумна все выжгли, и церкви каменные разломали и их разорили до основания». В 1621 году старица Акилина, заботясь о восстановлении Успенского монастыря, писала в своей челобитной: «Оне (сестры) от немецкого разорения скитались между дворами и кормились Христовым именем и их прежнюю жалованную грамоту и всякую монастырскую казну поймали и сестер побили немецкие люди в те поры, как имали Ладогу». А в 1652 году писали посадские люди в своей челобитной, что «в прошлых, государь, годах после немецкого разоренья и мирного договору, собралось нас сирот твоих посадских, тяглых людишек с разных городов на твое государево имя в твою государеву отчину в город Ладогу 49 семей».
И до сих пор еще можно услышать в Ладоге ссылки на то время, «когда французы и немцы Ладогу разоряли».
Затягивались понемногу глубокие раны Ладоги, собирались из бегов посадские людишки к своим разоренным жилищам и строчили слезные челобитные на стрельцов и пушкарей, которые отнимали у них последнюю возможность справиться торговлей и местными промыслами. Такими же челобитными вымаливали старцы и старицы пособия на восстановление разграбленных и опустевших монастырей. Исконный враг ушел, удовлетворившись полученными городами, и перестал тревожить опустошенную Ладогу. Жизнь в городке кое-как налаживалась и входила в колею, разваливались только не поддерживаемые за ненадобностью, когда-то грозные твердыни на берегу Волхова.
В 1699 году молодой московский царь Петр Алексеевич затребовал указом выписку из описных книг Новгородской области и ее пригородов и о состоянии их казенных зданий и имуществ. В выписке, касающейся Ладоги, перечислены все ее жители, по сословиям, в количестве 446 человек, и затем дальше, между прочим, значится: «Соборная церковь священномученика Климента, Егорьевская церковь, Успенский девичий монастырь, Васильевский монастырь. Город Каменный, а в нем: Башня Климентовская круглая, высоты 7 сажен 2 аршина. Та башня от мокроты с верху до подошвы вся сыплется; кровли нет, и мосты все сгнили и обвалились. В той башне был проходной тайник в Земляной город, и тот тайник и нижний бой засыпался и проходу в тайник нет». Затем идет подробное описание остальных башен города, которые почти все «сгнили, стоят без кровли и от мокроты сыплятся и валятся врознь». Местами обвалившиеся каменные стены заменены деревянными рублеными. Мосты также все сгнили и провалились.