Многое, оказавшееся полезным в будущих путешествиях, Юнкер узнал и от Густава Нахтигаля (1834–1885). Его даже чаще, чем Рольфса, связывают с планами колонизаторов, но к моменту знакомства Юнкера с Нахтигалем последний действительно был самым крупным исследователем Сахары и Судана, куда и намеревался отправиться наш соотечественник.
Наиболее важной для Юнкера оказалась встреча с ботаником Георгом Августом Швейнфуртом (1836–1925). Результаты его многолетних естественноисторических и этнографических исследований в Северо-Восточной Африке (от Египта и Судана до Эфиопии) составили двухтомный труд «В сердце Африки», изданный в Лейпциге за год до упомянутого Парижского конгресса. Знакомство Юнкера со Швейнфуртом впоследствии переросло в тесную дружбу.
Именно в ходе Парижского конгресса В. В. Юнкер окончательно определяет территорию своих будущих исследований — Восточный Судан, таинственные верховья великой исторической реки Нила и ее неизвестных еще притоков. Он ставит перед собой и конкретную научную цель — найти решение одной из наиболее острых в то время проблем в географии Экваториальной Африки: местонахождение водораздела между бассейнами крупнейших рек Африки — Нила и Конго.
Для научного решения этого вопроса главным справедливо считалось уточнение течения реки Уэле, относимой тогда одними учеными к бассейну Нила, другими — к бассейну Конго, а по мнению некоторых путешественников, даже к бассейну Шари, терявшей свои воды где-то у озера Чад. Реку Уэле для европейцев открыл Швейнфурт, как раз и принявший ее сначала за верхнее течение реки Шари. Об Уэле строили гипотезы и Нахтигаль, и Стэнли, и другие исследователи, предполагавшие, что Уэле относится к системе притоков Конго.
В. В. Юнкеру в первом центральноафриканском путешествии предстояло попытаться хотя бы наметить правильные контуры гидрографической сети междуречья Нила и Конго.
В октябре 1875 г. В. В. Юнкер высадился в порту Александрии, но лишь через год смог получить от египетских властей все необходимые разрешения, чтобы направиться в закрытые для европейцев районы юга Судана. Г од этот не прошел даром и был использован Юнкером для своего рода тренировочных маршрутов в Ливийской пустыне и по притоку Белого Нила Собату. Затем В. В. Юнкер смог углубиться в те районы к югу от Судана, к которым стремился по своим научным планам. Это путешествие длилось три года. Его результаты сыграли решающую роль в подготовке окончательного установления линии водораздела между бассейнами Нила и Конго.
В сентябре 1878 г. Юнкер вернулся на родину и в начале 1879 г. доложил на заседании Императорского Русского географического общества в Петербурге основные итоги путешествия. В том же году его доклад был опубликован в «Известиях» Общества. Тогда же статьи Юнкера о его путешествии публиковались в немецких и других зарубежных географических журналах. Богатейшая этнографическая коллекция, вывезенная Юнкером из Африки, была преподнесена им Российской академии наук. Эта коллекция и поныне хранится в
Музее антропологии и этнографии в здании Кунсткамеры в Санкт-Петербурге.
В октябре 1879 г. В. В. Юнкер вновь ступил на африканскую землю в Александрии, чтобы отправиться в свое второе центральноафриканское путешествие. Главной его целью он поставил теперь окончательное уточнение течения реки Уэле в еще никогда не посещавшихся европейцами районах. В качестве помощника Юнкер пригласил немецкого исследователя Фридриха Бондорфа. Тот совершил в предшествовавшие годы самостоятельное путешествие в этой части Африки, но на обратном пути его дочиста ограбили в Судане, а потеря всех записей свела научное значение трудного путешествия Бондорфа, по существу, к нулю.
В марте 1880 г. В. В. Юнкеру удалось наконец достичь совершенно не исследованной территории к югу от Судана, населенной народностью азанде. Оповещенный о передвижении белого человека, ее вождь Ндорума, никогда не видевший европейцев, сам вышел навстречу Юнкеру и принял его как гостя. Дружественные отношения, обычно складывавшиеся у русского путешественника с местным населением и в других местах, не раз отводили от В. В. Юнкера самые серьезные опасности.
Резиденция Ндорумы находилась в непосредственной близости от того водораздела великих африканских рек, определить точное местонахождение которого стремился В. В. Юнкер. Он сначала и не подозревал, как близко оказался к разгадке волновавшей его географической проблемы. У гостеприимного Ндорумы Юнкер основал постоянную опорную базу для своих будущих маршрутов. На карте эти маршруты образуют как бы запутанную сетку.
Конец 1881-го и первую половину 1882 г. путешественник провел в исключительно трудных для передвижения районах к югу от реки Уэле. В. В. Юнкер неоднократно переправлялся через нее, проводя топографическую съемку течения Уэле и ее притоков. Путь по тропическим заболоченным лесам, постоянные тяжелые переправы на подручных средствах, трудности, возникавшие из-за дезертирства носильщиков, — все это сильно ухудшило состояние здоровья Юнкера, подорванное еще в первом тропическом путешествии.
Юнкер был болен тяжелой формой тропической малярии, страдал от экземы и каких-то других кожных заболеваний. Именно в это время исключительно волевой человек Василий Васильевич Юнкер пишет в дневнике: «Больной организм потерял способность сопротивляться болезни, и уже это одно требовало возвращения домой». Но вернуться из дебрей Экваториальной Африки было не так легко, особенно потому, что область, которую надо было пересечь, чтобы добраться до Египта, оказалась надолго охваченной восстанием против египетских властей суданских племен под руководством Махди.
В. В. Юнкеру пришлось около двух лет безуспешно ожидать возможности вернуться в Европу тем путем, по которому он проник в Экваториальную Африку, т. е. через Египет. Убедившись, что военные события будут еще долго закрывать этот путь, В. В. Юнкер, потерявший всякую связь с внешним миром, в конце концов принял в начале 1886 г. решение возвращаться в Европу через Занзибар на восточном берегу Африки.
К этому времени В. В. Юнкера, о котором очень давно в Европе не было вестей, считали либо погибшим, либо затерявшимся в глубинах Африки, поэтому родилась идея начать его поиски. И тогда, подобно поискам пропавшей экспедиции Ливингстона, в 1885 г. на поиски русского путешественника его семьей и международной общественностью, связанной с исследованием Африки, была снаряжена целая экспедиция. Ее возглавил немецкий путешественник Г. А. Фишер, уже широко известный исследованиями именно Восточной Африки.