Вскоре Варенцов был избран на пост директора САТПТ. Однако внезапная смерть Кудрина в 1888 г. крайне тяжело сказалась на делах Товарищества. Сложное финансовое положение, необходимость внесения изменений в устав САТПТ, частая сменяемость директоров привели к тому, что конкуренты сильно потеснили Товарищество, работа в нем перестала удовлетворять и Варенцова, поэтому он с радостью согласился на предложение Н.А. Найденова перейти на работу в возглавляемое им МТПТ.
В мае 1889 г. Варенцов был избран директором МТПТ по комиссионной торговле хлопком, шерстью и каракулем. В том же 1889 г. на Нижегородской ярмарке он сумел вести на равных конкурентную борьбу с авторитетными московскими оптовиками хлопка С.Ю. Ерзиным и О.М. Вогау и комиссионером- монополистом по шерсти — торговым домом «Шагазиев, Зыбин и Шимко». У Варенцова сложились тесные партнерские отношения со среднеазиатскими баями и купцами, искавшими надежных посредников для поставок хлопка по новому пути (железной дороге Чарджоу — Красноводск и далее пароходами по Каспию и Волге). Ему, как солидному поставщику сырья, оказал доверие сам владелец Никольской мануфактуры Т.С. Морозов, до того времени не имевший дел с МТПТ. Успеху коммерческой деятельности Варенцова способствовали его длительные деловые поездки по Средней Азии, личное знакомство с эмиром Бухары, туркестанским генерал-губернатором, высшими чиновниками администрации и местным купечеством.
В конце 1880-х гг. МТПТ взяло под свой контроль ряд промышленных предприятий, которым грозило полное разорение. На грани банкротства было и учрежденное в 1882 г. Товарищество мануфактур Н. Разоренова и М. Кормилицына в Кинешме. Новый директорат, состоящий из предпринимателей «найденовского клана» (И.Г. Простяков, И.И. Казаков и др.), в который с 1889 г. входил и Н.А. Варенцов, в короткий срок выправил положение дел на фабриках кинешемского предприятия, и в первый же год нового правления фирма получила доход в 100 тысяч рублей.
В 1905 г. Варенцов оставил работу в МТПТ и стал председателем правления Товарищества мануфактур Н. Разоренова и М. Кормилицына. (В 1907 г. оно было преобразовано в Товарищество Большой Кинешемской мануфактуры с основным капиталом в 2 млн 400 тысяч рублей.) На этом посту он оставался вплоть до 1918 г. Во время его правления Большая Кинешемская мануфактура превратилась в процветающее предприятие, на котором работало до 4 тысяч человек. В сферу его предпринимательских интересов к 1913 г. попадает и промышленность строительных материалов: он становится, вместе с дочерью Ниной Николаевной
Лист (урожд. Варенцовой) и своим шурином А.Н. Найденовым соучредителем Товарищества по обработке камня «Н.Н. Лист и Ко», торгующего под фирмой «Георгий Лист».
Предпринимательской деятельности автора мемуаров был свойствен широкий размах. Он искал не только собственную выгоду, умел видеть проблемы развития отечественной промышленности в целом. Во многом благодаря его усилиям на российских текстильных предприятиях стали широко использовать хлопок из Туркестанского края взамен привозного — американского, египетского и индийского. Варенцов принимал участие в ряде общественных начинаний: был гласным Московской городской думы, попечителем частной женской гимназии в Москве, активным членом Дамского попечительства о тюрьмах, в состав которого входили видные представители городской администрации, духовенства и купечества. Н.А. Варенцов имел и награды: орден Св. Станислава 3-й степени и золотую Бухарскую звезду 1-й степени.
В деловых кругах Варенцов имел репутацию честного, справедливого и отзывчивого человека. Интересный случай, относящийся к голодным 20-м годам, описывает в своих воспоминаниях сын Николая Александровича, Андрей: приближалась Пасха, а «дома ничего не было, и достать было трудно. И вдруг вечером в Страстную пятницу приходит к отцу пожилой человек, представляется и говорит: «Николай Александрович, когда-то Вы меня выручили деньгами и я Вам их не отдал. А вот теперь я получил большую посылку от АРА (кажется, так называлось общество, доставлявшее сюда продовольственные посылки). Думаю, что Вы нуждаетесь, и вот решил хотя бы часть долга отдать Вам продуктами». Там, помню, оказались мука, сахар, масло и еще что-то много».
С начала своей деловой карьеры Варенцов становится московским домовладельцем, а затем и помещиком. Ему принадлежали комплекс доходных домов под № 4 на Старой Басманной улице (снесены в 1930-х гг.) и имение Бутово под Москвой. В 1889 г. он приобрел усадьбу в Токмаковом переулке (ныне здесь располагается Общество купцов и предпринимателей России). Однако спокойствие в этом доме длилось недолго, в середине 1890-х гг. начинается полоса тяжелых душевных переживаний. Около 1896 г. он расходится с М.Н. Найденовой, матерью его пятерых детей. Старший сын Сергей и дочери Нина и Мария уехали с матерью, а Марк и Лев остались с отцом. Позже Мария Николаевна вышла замуж за присяжного поверенного В.А. Александрова, а Н.А. Варенцов женился на Ольге Флорентьевне Перловой, происходившей из семьи известных московских чаеторговцев.
Судьба самого Николая Александровича и его детей от двух браков повторила жизненные пути многих, кому пришлось жить в смутные годы первой трети XX в. Старший сын Сергей, будучи учеником Александровского коммерческого училища, оказался участником революционных событий 1905 г. в Москве. Сергея Николаевича отец считал своим преемником и сделал его членом директората Большой Кинешемской мануфактуры. Но надеждам Николая Александровича не суждено было сбыться: С.Н. Варенцов погиб на фронте в первую мировую войну. Прапорщиками на этой войне воевали и два других сына — Марк и Лев.
Как и большинство представителей крупной буржуазии, Варенцов был членом партии октябристов, А.И. Гучков настойчиво предлагал ему войти в ЦК.
«Страх и трепет, угнетение души и сердца» — так, перефразируя слова из Библии, характеризовал Николай Александрович свое состояние первых послереволюционных лет. В Москве он жил под постоянной угрозой ареста. Вдруг оказалось, что его любимый дом в Токмаковом переулке имеет одно важное преимущество: выходя на две улицы, он позволял в случае опасности скрыться незамеченным. Варенцова не покидала тревога за сыновей. Марк в начале Октябрьской революции и боев в Москве вместе с юнкерами оборонял Кремль. Как известно, юнкера сдались Красной гвардии при условии, что их всех (без погон) выпустят из Кремля. «Я помню, — писал позднее Андрей Варенцов, — как Марк прибежал домой и отдал мне на память пропуск на выход из Кремля, подписанный каким-то полковником. К сожалению, я этот пропуск закопал на чердаке нашего дома». Позже Марк и Лев участвовали в белом движении: Марк сражался в Деникинской армии, а Лев — у Колчака (отступая с его частями, попал в Китай и умер в эмиграции после 1930 г.).
В 1918 г. Николай Александрович решил покинуть Москву и пробраться на юг. Вместе с семьей своего племянника М.А. Сачкова, а также с Николаем Петровичем Бахрушиным и его сыном Николаем ему удалось перебраться на Украину в Киев, оттуда в Одессу — в надежде выехать оттуда за границу. Несколько лет они прожили в Одессе. В 1920 г. Варенцов совершенно случайно обнаружил в госпитале больного сыпным тифом и оставленного без присмотра сына Марка и выходил его. Тогда же, в 1920 г., приехала в Одессу, преодолев все трудности пути, и Ольга Флорентьевна с младшими детьми. Однако выехать за границу семье не удалось. Позднее Н.А. Варенцов вспоминал, как проводилась погрузка на иностранные пароходы, какая была в порту паника, как туда приезжали на великолепных экипажах, все бросали и со слезами просили взять с собой на пароход, но это почти никому не удавалось, поскольку грузили в основном белогвардейские части (все это описал И.А. Бунин в «Окаянных днях»). В 1922 г. Варенцов и его родные вернулись в Москву.
Дом в Токмаковом переулке подвергся уплотнению: с 1918 г. здесь были размещены многочисленные организации и жильцы, Николаю Александровичу и Ольге Флорентьевне пришлось перебраться в маленький домик по соседству (Денисовский пер., № 6), а затем в квартиру своей невестки, жены младшего сына Константина в доме № 25 по Старой Басманной улице. Н.А. Варенцов еще сохранял надежду как-то наладить жизнь: пытался, следуя провозглашенной советской властью «новой экономической политике», заняться предпринимательством, организовал товарищество по торговле тканями с Туркестанским краем, но в 1924 г. деятельность его предприятия была прекращена. Он пытался быть полезным своими знаниями и опытом, предлагая услуги в качестве консультанта ВСНХ по хлопковому делу. Об этом времени вспоминал А.Н. Варенцов: «Вообще-то семья наша в 20-30-е годы бедствовала и еле держалась на поверхности: время-то — частые обыски, аресты, карточки и полная обобранность. ‹……. › Но я никогда не слыхал от отца жалоб и упреков. Все он принимал как кару за прошлую богатую жизнь».