Когда он добрался до Афин, колдунья Медея, любовница его отца, догадалась, кто он, и, чтобы сохранить престол для собственного сына, убедила Эгея, что этот могучий юноша представляет угрозу для его трона. Эгей приготовил чашу с ядом, чтобы дать ее Тезею во время пира, но в последний момент увидел у Тезея свой меч. Он выбил чашу, уже поднесенную к губам, из рук сына и радостно обнял его. Колдунья скрылась на своей колеснице, запряженной крылатыми драконами.
При всеобщем ликовании Эгей провозгласил Тезея своим наследником. Прежний наследник Паллас и пятьдесят его сыновей были либо убиты молодым принцем, либо изгнаны. Тезей заслужил новую славу, укротив дикого быка, который свирепствовал на Марафонской равнине. Вскоре, однако, город был повержен в печаль и уныние: пришел с Крита корабль за данью — подошло время отправлять юношей и девушек на съедение Минотавру.
Царь Минос Критский дал обет Посейдону, и тот послал ему для жертвоприношения великолепного быка, но царь оставил быка себе. В наказание Афродита наслала на царицу Пасифаю чудовищную страсть к этому быку. Царица удовлетворила свою страсть, забравшись в полую корову, сделанную для нее мастером Дедалом. У нее родился Минотавр — чудовище с человеческим телом и бычьей головой, которое питалось человеческим мясом. Чтобы спрятать свой позор, Минос удалился от мира в непроходимый Лабиринт, построенный все тем же Дедалом, а Минотавра поместил в самом центре, куда и посылались к нему его жертвы.
Афинская доля состояла из семи юношей и семи девушек. Среди них был и Тезей, по большинству версий пошедший добровольно, хотя некоторые говорят — по жребию. Когда он уезжал, отец попросил его поменять черный парус жертвенного корабля на белый, если он будет возвращаться живым.
Когда Тезей появился на Крите, Минос поднял его на смех за утверждение, будто он сын Посейдона, и предложил ему достать кольцо, брошенное в море. Морская нимфа принесла Тезею не только это кольцо, но и золотую корону Фетиды.
Это внушило Ариадне, дочери Миноса, любовь к Тезею; она тайно дала ему клубок ниток, чтобы найти обратную дорогу из Лабиринта, и меч, чтобы убить Минотавра.
Минотавр был убит, Тезей был на свободе — он собрал афинских юношей и был готов уходить. Но девушки были заперты отдельно. К этому Тезей был готов еще в Афинах: он обучил двух храбрых, но женственно выглядевших мальчиков и подсунул их вместо девушек. Эти мальчики отомкнули женскую половину, и все жертвы бежали на Наксос, забрав с собой Ариадну. Там ее нашел Дионис, влюбился в нее и сделал предводительницей своих менад. Подходя к Афинам, Тезей забыл поменять траурный парус на белый, в результате чего Эгей с горя бросился то ли с Акрополя, то ли со скалы в море (потому и Эгейское). Таким образом Тезей стал царем.
За время своего правления он объединил Аттику и дал законы трем сословиям: землевладельцам, крестьянам и ремесленникам. Он был знаменит тем, что защищал обиженных слуг и рабов, для которых его храм оставался священным вплоть до исторических времен.
Пирифой (Пириф), царь лапифов, бросил ему вызов, угнав его скот; но юные воины понравились друг другу при встрече и поклялись в вечной дружбе. Тезей принимал участие в Калидонской охоте на вепря, в битве лапифов с кентаврами — и своими подвигами соперничал с Гераклом. В походе против амазонок он увел с собой их царицу Ипполиту. В отместку ее народ напал на Аттику, но Ипполита сражалась на стороне Тезея и была убита стрелой. Перед тем, однако, она родила Тезею сына Ипполита.
После ее смерти Тезей послал за младшей дочерью Миноса, Федрой, и женился на ней. Ипполит был теперь сильным, красивым юношей, любившим лошадей и преданным целомудренному культу Артемиды, богини его матери. Вскоре Федру поразила пожирающая страсть к пасынку, и она послала к нему свою старую няню. После его отказа она повесилась, оставив записку, где обвиняла его в изнасиловании. Тезей, убежденный ее смертью, изгнал сына и проклял его смертельным проклятием, имевшим божественную силу от Отца-Посейдона. Когда Ипполит гнал свою колесницу по каменистой прибрежной дороге, бог послал громадную волну, которая несла на гребне морского быка, растерзавшего его коней. Изуродованный труп Ипполита принесло обратно Тезею, слишком поздно узнавшему правду.
После этого удача изменила Тезею. Помогая Пирифою похитить Персефону, он был схвачен в подземном мире и провел там в муках четыре года, пока Геракл его не освободил. Вернувшись, он застал Афины в смуте и беззаконии. Его попытка восстановить закон и порядок не удалась; тогда он проклял город и отплыл на Крит. По дороге он остановился на Скиросе, где из-за вероломства хозяина упал со скалы в море.