В феврале 1613 года под Москвою происходил выбор нового царя. Аврамий Палицын, вместе с другими духовными, был отправлен в посольстве для приглашения новоизбранного царя на престол.
Смуты улегались. На престоле сидел избранный государь, но, по молодости и по недавности своей власти, находился под влиянием бояр. В это время был восстановлен был печатный двор (типография) в Москве и предпринято печатание церковного требника. Дело это поручено Дионисию. Ему дали для работ двух монахов Троицкого монастыря, Арсения и Антония, и священника Ивана из монастырского Клементьевского села. Царь выбрал этих людей потому, что им известно было книжное учение, грамматика и риторика. Рассматривая напечатанный прежде «Потребник» (требник), Дионисий заметил в нем неправильности, а равным образом нашел в старых рукописных экземплярах много ошибок, вкравшихся в них от невежества. Таким образом, в конце многих молитв встречались неправильные выражения, имевшие смысл смещения лиц Св. Троицы савелианской ереси. В молитве, читаемой при водоосвящении, «Прииди, Господи, и освяти воду сию Духом Твоим святым», прибавлялось «и огнем». Прибавка эта вошла во всеобщее употребление, а между тем она вкралась в требник единственно по невежеству. Дионисий приказал выбросить ее из новопечатаемого требника. Но в Троицком монастыре, как вообще в русских монастырях, между монахами господствовало невежество, а некоторые из них воображали себя при этом людьми учеными и пользовались уважением в среде своей братии. Такими были у Троицы головщик (управляющий пением в церкви) Ло-гин и уставщик Филарет. Дионисий был человек до чрезвычайности кроткий, а они отличались безмерным нахальством. Дионисий, глубоко проникнутый христианским чувством, видел бесплодность одного бессмысленного соблюдения обрядов и ввел чтение бесед евангельских и апостольских, некогда переведенных Максимом Греком и остававшихся без употребления. Дионисий приказывал их списывать и рассылал по другим монастырям и соборным церквам. Это до крайности не нравилось монахам; Логин и Филарет возбуждали против Дионисия братию и дерзко говорили ему: «Не твое это дело читать и петь: стоял бы ты, архимандрит, с твоим мотовилом на клиросе как болван немой». Дионисий переносил такие выходки. Логин и Филарет хвастались своим пением и умением читать, называли еретичеством «хитрость грамматическую и философство» и пускались в умствования самым нелепым образом. Так, опираясь на слова Св. Писания, что Бог сотворил человека по образу своему и подобию, они представляли себе Бога с членами человеческого тела. Дионисий должен был напрасно объяснять этим невеждам первичные понятия о том, что духовные предметы выражаются телесным образом. Обличая укоренившуюся привычку довольствоваться только формою и не внимать в смысл, Дионисий говорил им: «Что толку из этого, что ты поешь и читаешь сам, не разумея, что произносишь? Видишь ли, апостол Павел говорит: „Воспою языком, восхвалю же умом“. Тот же апостол говорит: „Если не знаю силы слова, какая из того польза? Бых яко кимвал“, т. е. все равно что бубен или колокол. Человек, не знающий смысла слова, которое произносит, похож на собаку, лающую на ветер; впрочем, и умная собака не лает напрасно, а подает лаяньем весть господину. Только безумный пес, слыша издалека шум ветра, лает всю ночь!» Надменные враги Дионисия возражали ему на это: «Пропали места святые от вас дураков, неученых сельских попов. Людей учите, а сами ничего не знаете». Наглость их наконец дошла до того, что однажды Логин вырвал у него в церкви книгу из рук; архимандрит махнул на него своим жезлом и сказал: «Перестань, Логин! Не мешай богослужению, не смущай братию». Но Логин вырвал у него из рук жезл и изломал.
Так обращались эти нахалы со своим архимандритом, пользуясь его кротостию. Наконец, Логин и Филарет подали на Дионисия донос в Москву и обвиняли в ереси за то, что он выбросил из требника слово «и огнем». Патриарха в Москве еще не было. Главным духовным сановником был крутицкий митрополит Иона, грубый и корыстолюбивый невежда. Собрав вокруг себя таких же невежд, он стал рассуждать с ними; и нашли они, что Дионисий еретик, вооружили против него и мать царя Михаила, инокиню Марфу Ивановну, женщину набожную в старом смысле слова.
Дионисий был призван в Москву и в Вознесенском монастыре в присутствии матери царя защищался от обвинений; но все было напрасно. Его признали еретиком, потребовали уплаты пятисот рублей пени. Но у Дионисия денег не было: он все растратил на дело спасения отечества. Его поставили на правеж в сенях, на патриаршем дворе, заковали, глумились над ним, плевали на него. Дионисий не только не падал духом, но смеялся и шутил с теми, кто ругался над ним. «Денег нет, – говорил он, – да и давать не за что. Эка беда, что расстричь хотят! Это значит не расстричь, а достричь. Грозят мне Сибирью, Соловками. Я не боюсь этого. Я тому и рад. Это мне и жизнь». Правеж продолжался несколько дней. За Дионисием посылали, приводили его пешком или привозили на кляче. В народе распространился слух, что явились такие еретики, которые хотят огонь из мира вывести. Раздражились против Дионисия особенно те, которые по роду своих занятий постоянно обращались с огнем, как например, разного рода мастера и повара. Когда Дионисия вели на правеж, они бежали за ним, ругались и кидались в него песком и грязью, а он, вместо того чтобы сердиться или унывать, смеялся над своим положением и острил над невеждами. Уважавшие его люди говорили: «Ах, какая над тобою беда, отче Дионисий!» – «Это не беда, – говорил им Дионисий, – это притча над бедою. Это милость на мне явилась: господин мой, первосвященный митрополит Иона паче всех человек творит мне добро». Раздражение против Дионисия усиливалось оттого, что в это время подступал к Москве Владислав, и в народе возникал страх, что Бог посылает свою кару за проявившуюся ересь. Не взявши ничего с Дионисия, его отправили в заточение в Кирилло-Белозерский монастырь, но не могли провезти его туда, потому что в это время Москву окружали неприятели. Дионисия засадили в Московский Новоспасский монастырь на покаяние.
Но не долго приходилось страдать ему. Царь заключил перемирие с поляками в Деулине. Последовал размен пленных. Отец царя, митрополит Филарет, возвратился в отечество в июне 1619 года, а находившийся в это время иерусалимский патриарх Феофан посвятил его в сан московского патриарха. Филарет знал Дионисия и через семь дней после своего посвящения принялся разбирать его дело вместе с Феофаном. Голос восточного патриарха считался авторитетом на Руси в подобных вопросах. Феофан объявил, что Дионисий совершенно прав, что прибавка «и огнем» неупотребительна на Востоке. Дионисия воротили в Троицкий монастырь с честью.
Во время заключения Дионисия в лавре оставался келарь Аврамий Палицын, вместе с воеводами, поставленными у Троицы, готовился отражать нападение Владислава на монастырь и принужден был сжечь монастырский посад. Со стен Троицкого монастыря встретили Владислава пушечные выстрелы. Королевич отступил и в трех верстах от Троицы, в селе Деулине, 1 декабря 1618 года, было заключено перемирие, после которого дело о размене пленных тянулось до половины июня 1619 года.
Дальнейшая жизнь Дионисия по возвращении его в Троицкий монастырь не прошла, однако, без новых испытаний. Троицкие монахи не отличались благонравием, были корыстолюбивы, заводили тяжбы за земли и за людей. Дионисий не терпел этого, старался искоренить пороки, но был слишком кроток, прямодушен и гнушался всякою хитростью. Архимандрит вообще, по правилам, не имел в монастыре безусловной власти: все далалось с согласия келаря и братии; Дионисий строго уважал законный порядок, не употреблял никаких кривых мер для захвата власти и оттого был бессилен. Его ласковое, учтивое обращение развивало между монахами только наглость и непослушание. Русские люди того времени исполняли приказания властей только тогда, когда они внушали страх. Дионисий, если что приказывал монаху, говорил: «Сделай это, если хочешь, брат». Монах, выслушавши такого рода приказание, не исполнял сказанного и говорил: «Архимандрит мне на волю дал: хочу делаю, хочу нет». Какой-то эконом поссорил Дионисия и с Филаретом. Этот эконом выпросил без ведома архимандрита у Филарета право променять свою лесную пустопорожнюю землю на монастырскую вотчину и назвал монастырскую вотчину ненаселенною, тогда как она была жилая. Филарет согласился, если вотчина действительно окажется пустою. Но архимандрит, зная, что вотчина населена и если будет отдана эконому, то вместе с нею под власть эконома должны будут перейти поселенные в этой вотчине люди, воспротивился и хотел обличить обман. Эконом, испугавшись обличения, умолил архимандрита не начинать дело. Вслед за тем эконом через своих благоприятелей, сам оставшись в стороне, оклеветал Дионисия разными способами и, между прочим, бросил на него подозрение, будто бы Дионисий стал помышлять о патриаршестве. Филарет призывал Дионисия в Москву, держал его три дня в тюрьме, а потом отпустил. Этот эконом, злобствуя на Дионисия, однажды на одном монастырском соборе, при всей братии, ударил его по щеке. Дионисий не жаловался на него, но до самого царя дошла весть об оскорблениях, наносимых Дионисию. Царь приказал сделать обыск, но Дионисий, не желая, чтобы кто-нибудь пострадал из-за него, сам покрыл виновного.