В то же время (с 1677 г.) царь Федор Алексеевич обновил и свой Каменный верхний Терем, со всеми церквами, которые находятся на сенях этих хором в связи с собором Спаса Нерукотворенного. Возобновлен был также и этот собор (М. № 19, 26) и расписан снаружи, со стороны алтарей, аспидом розными цветами (под мрамор). Над приделом Иоанна Белоградского (ныне Иоанна Предтечи) он надстроил небольшой придел в честь Распятия, украсив его медным вызолоченным иконостасом. Потом, в 1679 г., среди верховых церквей, между храмом св. Евдокии (который в 1681 г. освящен был во имя Живоносного Воскресения) и между придела во имя Иоанна Белоградского, государь повелел устроить Голгофу, где быть Страстям Господним. В узком коридоре, который разделяет эти церкви, живописец Дорофей Ермолаев сделал алебастровый свод, или пещеру, которую ученики его расписали черепашным аспидом, то есть под мрамор. В этой пещере, на каменной горе, расписанной также красками, поставлено было, на большом белом камне, кипарисное Распятие, сохранившееся, кажется, и доныне и вырезанное рельефно старцем Ипполитом, искуснейшим резчиком того времени. Пещера эта была украшена алебастровыми колоннами, на тумбах и наверху с гзымзом; посреди этих колонн, против Голгофной горы, поставлена была плащаница, или Гроб Господень, над которым висели на проволоках шестьдесят алебастровых херувимов, расписанных красками поподобию, с золоченными по гунфарбе нетленными венцами и крыльями (240 крыл). Около Гроба Господня висели также 12 стеклянных лампад, а у стен стояли живописные картины, изображавшие евангельские притчи: Сошествие во ад. Воскресение, Вознесение и «Христос явися Марии Магдалине». Эти картины, писанные на полотнах живописцем Ив. Салтановым, вышиною были по 3 аршина, шириною в свету по 1 3 /4 аршина. В 1681 г., 12 декабря, государь повелел устроить, между новою церковью Распятия и своих деревянных комнат в особой небольшой каменной палатке, Вертоград с Господним Гробом. Своды и стены этого Вертограда поручено было обделать мастеру Степану Заруцкому «из алебастроваго камени, цветные, с розными краски». Окончить это дело государь назначил к 10 апреля 1682 г.: почему, для поспешенья, работали даже по ночам, но тяжкая болезнь и потом преждевременная смерть царя (27 апреля), вероятно, остановили и, может быть, совсем прекратили постройку этого Вертограда, потому что в последующее время о нем уже вовсе не упоминается. Церковь Распятия возвышалась в уровень с кровлею Грановитой палаты, так что к ее алтарю был ход с этой кровли.
С другой стороны теремов, в 1681 г., перед четвертою теремною комнатою было устроено такое же крыльцо, какое находилось перед Переднею на Каменном дворе. Перед крыльцом была выровнена площадь и на ней поставлены для государя брусяные хоромы в длину 7 саж., поперек 6 саж., на каменных стенках, вместо подклетов, вышиною в 4 арш. Под четвертою же комнатою в подклете была устроена мыленка (М. № 32). Затем перестроена была церковь Рождества Богородицы (М. № 11, 31, 64). К ней приделали новую трапезу; собрали с нее главы и по сводам выверстали площадь наравне с площадью, которая находилась у терема под новыми хоромами; на этой площади, устроенной таким образом над церковью и над трапезою, построили новый пятиглавый храм, во имя Сошествия Св. Духа, с небольшим приделом с северной стороны. В этой же местности были произведены и другие перестройки (М. № 10, 63). В 1679 г. государь возобновил также церковь Похвалы Богородицы на новом Потешном дворе, здание которого, сохранившееся доныне, было построено в это же время.
Из больших палат, в 1681 г., были возобновлены две Набережные, Ответная и Панихидная; последнюю, в которой оказались трещины, связали с лица кругом железными связями; внутри также положили проемные связи; внизу, где тогда же устроивался из старого новый Набережный Нижний Красный сад на особом каменном здании, к этому зданию со стороны Тайницких ворот, для подкрепления Панихидной палаты, подведен был каменный бык, или контрфорс (М. № 18). Столовая изба и при ней сад, между Средней Золотой и алтарями Спасо-Преображенского собора, были разобраны, и на их месте выровнена площадь (М. № 8, 25). Столовая была перенесена в возобновленную Панихидную палату, которая и именовалась с этого времени Столовою. Между церковью Иоанна Предтечи и Колымажными дворцовыми воротами, в двух палатах, где были Резные и Столярные палаты, перенесенные в другое место, помещена царская Аптека. Потом возобновлены были все палаты Сытного, Кормового и Хлебенного дворцов, по линии от Колымажных до Куретных дворцовых ворот, где теперь Кавалерские корпуса, и построены Новые портомойни в длину на 11 саж., поперек на 3 саж. (М. № 13–14, 75).
По смерти Федора Алексеевича, в ноябре 26-го числа 1682 г., часть обновленного им дворца, примыкавшая ко двору патриарха, сделалась жертвою пожара: сгорели деревянные хоромы царя Петра Алексеевича и хоромы царевен; потом занялся и Успенский собор, на котором сгорела кровля и в главах оконницы, так что все значительные иконы и мощи чудотворцев вынесены были в это время, на случай опасности, в Архангельский собор [54]. В 1683 г., на месте погоревших хором, выстроены были для царя Петра и его матери царицы Натальи Кирилловны деревянные хоромы (М. № 83, 87, 88), а для царевен: Софьи, Екатерины, Федосьи и др., живших после пожара на Потешном дворе, каменные палаты (М. № 79, 82) о трех житьях, то есть этажах, из которых в нижнем была устроена комната, где сидеть с бояры — слушать всяких дел: явление, по тому времени, не «совсем обыкновенное на женской половине царского дворца, и особенно на половине царевен, но весьма понятное, если мы скажем, что эта думная комната устроена была по назначению царевны Софьи Алексеевны. В одно время с этими палатами, в 1684 г., построена на Кормовом дворце, возле новых хором царя Петра и его Верхнего Красного сада, новая церковь во имя св. апостол Петра и Павла, тезоименитых царю. В июне того же года велено было написать в эту церковь местные пророческие и праотеческие иконы и сделать иконостас, позолотив его сусальным золотом.
В 1682 г., на площадке между теремами и церковью Сошествия Св. Духа, выстроены для царей новые Брусяные хоромы, а в 1683 г. сделаны Брусяные хоромы и две избушки для царевен больших (М. № 63, 67–68, 70, 73). В 1683 г. в Меньшей Золотой палате, для подкрепления Верхоспасского собора, под своды подведены были крестообразно каменные перететивья, которые хотя и обезобразили эту древнюю палату, но зато сберегли ее от неминуемого разрушения; потом в палатах Грановитой, Золотой Средней, Ответной и других исправлены все ветхости и возобновлено также Красное крыльцо. О многих других незначительных поновлениях и постройках не станем здесь упоминать, потому что это относится уже к полной истории дворца и не может войти в тесные пределы, назначенные для нашего очерка. Подробности о некоторых, указанных выше перестройках и поделках помещены в отделе Материалов.
В конце XVII ст., пред единодержавием Петра, дворец достиг самого цветущего состояния, до какого не достигал он ни в одно из предыдущих царствований. В это время его обширность и относительное великолепие вполне выразили характер древней царской жизни, во всем ее блеске и царственном просторе, и с этого же времени начинается постепенное его запустение и разрушение. В год смерти последнего старинного московского царя Ивана Алексеевича, в то время, как Петр работал под Азовом, 6 июня 1696 г., на дворце сгорели государевы хоромы: выгорело все без остатка, по свидетельству Желябужского. В 1701 г., 19 июня, новый пожар опустошил весь Кремль. В тот день, как записал один современник, «в 11 часов в последней четверти волею Божиею учинился пожар в Кремле-городе, загорелись кельи на Новоспасском подворье, что против задних ворот Вознесенского монастыря. И разошелся огонь по всему Кремлю, и выгорел Царев двор весь без остатку: деревянные хоромы и в каменных все нутры, и в подклетах и в погребах запасы и в ледниках питья и льду много растаяло от великого пожара, ни в едином леднике человеку стоять было невозможно; и в каменных сушилах всякие запасы… и Ружейная Полата с ружьем; и Мастерские Государевы полаты… святые церкви, кои были построены вверху и внизу в государеве доме, кресты и кровли и внутри иконостасы, и всякое деревянное строение сгорело без остатку… И набережные государевы полаты, и верхние и нижние, кои построены в Верхнем Саду, выгорели… И все государевы Приказы и многие дела и всякая казна погорела… Кто ни был живущие в Кремле, все без остатку погорели…» Старина истреблялась старым же ее губителем — пожаром, от которого теперь особенно пострадал Задний государев двор, большею частию жилые и служебные постройки, именно Теремный дворец, каменные хоромы царевен и все здания, прилегавшие в Патриаршему двору и к Троицкому подворью; также деревянные хоромы, стоявшие подле Терема, и большой корпус с дворцами Сытным, Кормовым и Хлебенным. Хотя каменные здания и были возобновлены, но погорелые их стены не были уже столько прочны, так что через полстолетие пришли в совершенную ветхость и были разрушены по необходимости прежде других старинных зданий. Живые следы этого пожара в дворцовых зданиях оставались еще и в 1722 г.