23 апреля князь Скопин на крестинах у князя Ивана Михайловича Воротынского занемог кровотечением из носа и после двухнедельной болезни умер. Пошел общий слух об отраве: знали ненависть к покойному дяди его, князя Дмитрия, и стали указывать на него как на отравителя; толпы народа двинулись было к дому царского брата, но были отогнаны войском. Что же касается до верности слуха об отраве, то русские современники далеки от решительного обвинения; летописец говорит: «Многие на Москве говорили, что испортила его тетка княгиня Екатерина, жена князя Дмитрия Шуйского (дочь Малюты Скуратова, сестра царицы Марьи Григорьевны Годуновой), а подлинно то единому богу известно». Палицын говорит почти теми же словами: «Не знаем, как сказать, божий ли суд его постиг или злых людей умысел совершился? Один создавший нас знает». Жолкевский, который, живя в Москве, имел все средства узнать истину, отвергает обвинение, приписывая смерть Скопина болезни. Этим важным свидетельством опровергается свидетельство другого иноземца, Буссова, не расположенного к царю Василию. Псковский летописец, по известным нам причинам также не любивший Шуйского, говорит утвердительно об отраве, обстоятельно рассказывает, как жена Дмитрия Шуйского на пиру сама поднесла Скопину чашу, заключавшую отраву. Но в этом рассказе встречаем смешное искажение: отравительница вместо Екатерины названа Христиною; по всем вероятностям, это имя образовалось из слова крестины или крестинный пир, на котором занемог Скопин.
Как бы то ни было, смерть Скопина была самым тяжелым, решительным ударом для Шуйского. И прежде не любили, не уважали Василия, видели в нем царя несчастного, богом не благословенного; по Скопин примирил царя с народом, давши последнему твердую надежду на лучшее будущее. И вот этого примирителя теперь не было более, и, что всего хуже, шла молва, что сам царь из зависти и злобы лишил себя и царство крепкой опоры. Для народа удар был тем тяжелее, что он последовал в то время, когда возродилась надежда на лучшее будущее, на умилостивление небесное; подобные удары обыкновенно отнимают последний дух, последние силы. Будущее для народа нисколько уже не связывалось теперь с фамилиею Шуйских: царь стар и бездетен, наследник — князь Дмитрий, которого и прежде не могли любить и уважать, а теперь обвиняли в отравлении племянника: известно, как по смерти любимого человека начинают любить все им любимое и преследовать все, бывшее ему неприятным и враждебным; понятно, следовательно, какое чувство должны были питать к Дмитрию Шуйскому по смерти Скопина. Говорят, что народ плакал по князе Михаиле точно так же, как плакал по царе Феодоре Ивановиче: действительно, можно сказать, что Скопин был последний из Рюриковичей, венчанный в сердцах народа; в другой раз дом Рюрика пресекался на престоле московском.
Когда таким образом порвана была связь русских людей с Шуйским, когда взоры многих невольно и тревожно обращались в разные стороны, ища опоры для будущего, раздался голос, призывавший к выходу из тяжелого, безотрадного положения: то был голос знакомый, голос Ляпунова. Незадолго перед тем, когда большинство своею привязанностию указывало на Скопина, как на желанного наследника престола, Ляпунов не хотел дожидаться и предложил Скопину престол при жизни царя Василия, тогда как это дело, если бы Скопин согласился на него, могло только усилить Смуту, а не прекратить ее: здесь Ляпунов всего лучше показал, что его целию, действовал ли он сознательно или бессознательно, не было прекращение Смутного времени. Теперь, когда Скопина не было более и неудовольствие против Шуйского усилилось, Ляпунов первый поднимается против царя Василия, но он только начинает движение, а цели его не указывает, требует свержения Шуйского, как царя недостойного, погубившего знаменитого племянника своего, но преемника Шуйскому достойнейшего не называет; он заводит переговоры с цариком калужским, в Москве входит в думу с князем Василием Васильевичем Голицыным, чтоб ссадить Шуйского, по выражению летописца, а между тем явно отлагается от Москвы, перестает слушаться ее царя, посылает возмущать города, верные последнему.
В то время как уже Ляпунов поднял восстание в Рязани, войско московское в числе 40000 вместе с шведским, которого было 8000, выступило против поляков по направлению к Смоленску. Кто же был главным воеводою вместо Скопина? Князь Дмитрий Шуйский, обвиняемый в отравлении племянника и без того ненавидимый ратными людьми за гордость! Король, узнав, что в Можайске собирается большое царское войско, отправил навстречу к нему гетмана Жолкевского, который 14 июня осадил Царево-Займище, где засели московские воеводы, Елецкий и Волуев. Здесь соединился с гетманом Зборовский, приведший тех тушинских поляков, которые предпочли службу королевскую службе царю калужскому; несмотря, однако, на это подкрепление, Жолкевский не хотел брать приступом Царево-Займище, зная, что русские, слабые в чистом поле, неодолимы при защите укреплений. Елецкий и Волуев, видя, что Жолковский намерен голодом принудить их к сдаче, послали в Можайск к князю Дмитрию Шуйскому с просьбою об освобождении. Шуйский двинулся и стал у Клушина, истомивши войско походом в сильный жар. Два немца из Делагардиева войска перебежали к полякам и объявили гетману о движении Шуйского; Жолкевский созвал военный совет: рассуждали, что дожидаться неприятеля опасно, потому что место под Царевом-Займищем неудобное; идти навстречу также опасно, потому что тогда Елецкий и Волуев будут с тыла; решились разделить войско: часть оставить у Царева-Займища для сдержания Елецкого и Волуева, и с остальными гетману идти к Клушину против Шуйского. В ночь с 23 на 24 июня вышло польское войско из обоза и на другой день утром напало на Шуйского, разделившись по причине тесноты места на два отряда; один схватился с шведами и заставил Делагарди отступить. Другой отряд поляков напал на московское войско и прогнал часть его, именно конницу, но Шуйский с пехотою засел в деревне Клушине и упорно отбивался, пушки его наносили сильный урон полякам, и исход битвы был очень сомнителен, как вдруг наемные немцы начали передаваться полякам, сперва два, потом шесть и так все больше и больше. Поляки подъезжали к их полкам, кричали: «Kum! Kum!» — и немцы прилетали, как птицы, на клич, а наконец объявили, что все хотят вступить в переговоры с гетманом. Когда уже с обеих сторон дали заложников и начали договариваться, возвратился Делагарди и хотел прервать переговоры, но никак не мог: иноземные наемники обязались соединиться с гетманом, Делагарди же и Горн с небольшим отрядом шведов получили позволение отступить на север, к границам своего государства. Между тем русские, видя, что немцы изменяют, начали собираться в дорогу, срывать наметы; немцы дали знать полякам, что русские бегут, те бросились за ними в погоню и овладели всем обозом. Дмитрий Шуйский, по словам летописца, возвратился в Москву со срамом: «Был он воевода сердца нехраброго, обложенный женствующими вещами, любящий красоту и пищу, а не луков натягивание». Измену наемников летописец приписывает также главному воеводе: немецкие люди просили денег, а он стал откладывать под предлогом, что денег нет, тогда как деньги были. Немецкие люди начали сердиться и послали под Царево-Займище сказать Жолкевскому, чтоб шел не мешкая, а они с ним биться не станут.
Из-под Клушина Жолкевский возвратился под Царево-Займище и уведомил Елецкого и Волуева о своей победе. Воеводы долго не верили, гетман показывал им знатных пленников, взятых под Клушином. И убедившись в страшной истине, они все еще не хотели сдаваться на имя королевича, а говорили Жолкевскому: «Ступай под Москву: будет Москва ваша, и мы будем готовы присягнуть королевичу». Гетман отвечал: «Когда возьму я вас, то и Москва будет за нами». Воеводы неволею поцеловали крест Владиславу, но гетман с своей стороны, должен был присягнуть: христианскои веры у московских людей не отнимать; престолов божиих не разорять, костелов римских в Московском государстве не ставить; быть Владиславу государем так же, как были и прежние природные государи; боярам и всяких чинов людям быть по-прежнему; в московские города не посылать на воеводство польских и литовских людей и в староство городов не отдавать; у дворян, детей боярских и всяких служилых людей жалованья, поместий и вотчин не отнимать, всем московским людям никакого зла не делать; против тушинского царика промышлять заодно; важна последняя статья: «Как даст бог, добьет челом государю наияснейшему королевичу Владиславу Жигимонтовичу город Смоленск, то Жигимонту королю идти от Смоленска прочь со всеми ратными польскими и литовскими людьми, порухи и насильства на посаде и в уезде не делать, поместья и вотчины в Смоленске и в других городах, которые государю королевичу добили челом, очистить, и городам всем порубежным быть к Московскому государству по-прежнему».