Локальный, хотя и кровопролитный конфликт (потери с обеих сторон составили около 4 тыс. человек) уходил корнями в постоянные столкновения внутри янычарского корпуса, случавшиеся в 1698, 1706 и 1707 гг. Катализатором этих противоборств послужило широко распространившееся в, конце XVII в. фиктивное вхождение горожан в войсковые соединения. «Патронаж» (химайя) со стороны корпусов-оджаков над торгово-ремесленными корпорациями приносил немалые материальные выгоды военным. Более всех в получении дивидендов от химайи преуспел самый многочисленный и влиятельный оджак — янычарский. Своеобразный «симбиоз» этого оджака и гильдий вызывал зависть у вождей других воинских формирований и провоцировал раздоры внутри самого янычарского корпуса. Неутоленные финансовые ожидания, помноженные на личные амбиции и конфликты, в конце концов спровоцировали войну между военно-политическими блоками.
Триумф Касимийи, однако, был недолог. Победители продержались на вершинах власти до 1730 г., а затем касимитская группировка под напором оппозиционной коалиции распалась на малочисленные фракции. Новое возвышение Факарийи в начале 30-х годов XVIII в. вовсе не сопровождалось ослаблением внутриполитической напряженности. В течение 15 лет вожди Факарийи удерживали власть в стране, постоянно утверждая свое первенство в стычках с рвавшимися к власти соперниками. В итоге обескровленная Факарийя уступила пальму первенства своему союзнику — небольшому мамлюкскому «дому» Каздоглийя. Во второй половине 40-х годов в Египте образовался правящий дуумвират в составе предводителя этого «дома» Ибрахима Кяхьи (Катходы) аль-Каздоглу (ум. в 1754 г.) и влиятельного военачальника Ридвана Кяхьи аль-Джульфи, которые на деле осуществляли верховную власть в стране. Период их правления начал собой сорокалетие (1740-1780-е годы), отмеченное большей, чем в начале века, стабильностью и относительным благополучием. В эти годы в Египте несколько оживилась экономическая активность, а нильская долина не переживала ни крупных финансовых кризисов, ни необычных всплесков цен, ни серьезных эпидемий. Описывая продлившееся без малого семь лет правление Ибрахима Катходы аль-Каздоглу (1748–1754), выдающийся египетский летописец Абд ар-Рахман аль-Джабарти отмечал в своей хронике «Аджа’иб аль-асар фи-т-тараджим ва-ль-ахбар» («Удивительная история прошлого в жизнеописаниях и хронике событий»), что «в Каире царили мир и спокойствие, и раздоры, несогласие и насилие не досаждали ему… цены были оправданными и условия [жизни] удовлетворительными… Каир блистал красотой и неподражаемым совершенством, торжествуя победу над соперниками… в то время жители… следовали отличавшимся… благородством и великодушием обычаям, кои нельзя было сыскать где-либо еще».
При всех преувеличениях доля истины в этой оценке, несомненно, содержится. Внутренней стабилизации способствовал тот факт, что к середине XVIII в. мамлюкские предводители устойчиво главенствовали на политической арене Египта. Еще в ходе «великого возмущения» 1711 г. военная элита пашалыка активно ассимилировалась с мамлюкской иерархией, а в 30-е годы политическое преобладание беев в военных корпусах приобрело стабильный характер уже на общеегипетском уровне. К неудовольствию османской администрации мамлюки не только господствовали в административной сфере, но и заняли ключевые позиции в экономике, выступая в качестве землевладельцев. По мере ослабления мощи и влияния османских оджаков вожди мамлюкских «домов» все больше чувствовали себя хозяевами положения и воссоздавали в Египте параллельные структуры власти. В первой трети XVIII в. среди наиболее авторитетных 24-х беев выделился неформальный лидер, получивший титул «главы страны» (шейх аль-баляд). Он приобрел статус лидера мамлюкской системы и скоро превратился в фактического правителя османского Египта, стоящего за спиной паши. Османским наместникам приходилось довольствоваться уже фикцией власти, хотя сложный, освященный традицией этикет их взаимоотношений с мамлюками продолжал методично соблюдаться.
Нарушение внутреннего равновесия в египетской политической системе на протяжении XVIII в. проявилось в росте центробежных тенденций, вовлекавших в свою орбиту местных правителей. Сепаратистские устремления мамлюкских предводителей неминуемо усиливались по мере ослабления османской провинциальной администрации, и Стамбулу оставалось надеяться только на отсутствие единства и сплоченности в их рядах.
Самая решительная попытка рассеять видимость османского правления и восстановить независимый мамлюкский султанат связана с именем выдающегося шейх аль-баляда Египта Али-бея аль-Кабира (1728–1773). Сделав блестящую карьеру от рядового мамлюка Ибрахима Катходы до высшего мамлюкского лидера, Али-бей в 1763 г. (по другим источникам — в 1760 г.) вступил в должность главы мамлюкской иерархии и получил соответствующую «инвеституру» со стороны Порты. На протяжении 60-х годов XVIII столетия этот деспотичный и проницательный эмир безжалостно утверждал себя в роли неограниченного властителя страны. По воспоминаниям хрониста Абд ар-Рахмана аль-Джабарти, он «уничтожал непокорных, не церемонился с противниками и разоблачал тех, кто имитировал лояльность. Он низвергал устоявшиеся принципы, нарушая обычаи, разорял древние мамлюкские “дома” и отменял законы, казавшиеся ранее незыблемыми». Беспрецедентная кампания репрессий Али-бея против ведущих мамлюкских фракций не только сплотила беев против решительного властолюбца, но и привлекла внимание Высокой Порты. Хотя мамлюкская оппозиция несколько раз отстраняла Али-бея от власти, в 1767 г. он полностью восстановил свое первенство при содействии османских властей.
Планы Стамбула обуздать мамлюкскую вольницу с помощью энергичного бея оказались необоснованными и вскоре рухнули. Сначала Али-бей, получивший за свою решительность прозвище будут капай (разверзающий тучи), обещал властям восстановить «истинный османский порядок» в Египте и в том числе регулярно выплачивать дань в центральную османскую казну, а также выполнять обязанности Египта в отношении священных городов Хиджаза. В ответ он получил от Порты санкцию на открытый террор против нелояльных мамлюкских «домов» и экспроприацию их имущества в свою пользу. Однако успех в сокрушении власти соперников привел Али-бея на путь открытой конфронтации с Портой. С начала 1770-х годов он, пользуясь своим могуществом, отказался платить османам ежегодную дань и объявил себя сувереном Египетской провинции. Его имя зазвучало в мечетях во время пятничной проповеди (хутбы) и чеканилось на монетах наряду с именем османского падишаха. Как писал Вольней, «гордость его оскорбляема была зависимостью от Константинополя; он ничего не желал, кроме как сделаться султаном всего Египта».
Между тем Порта, вовлеченная в 1768–1774 гг. в войну с Россией, была не в силах помешать сепаратистским планам Али-бея. Сохраняя видимость дружественных отношений с ним, султанское правительство поручило египетскому войску вмешаться в династийный конфликт в Хиджазе, где две группировки потомков Пророка (хашимитов) соперничали за право управлять священной округой Мекки и Медины. В 1770 г. ближайший соратник Али-бея Мухаммед Абу-з-Захаб во главе крупной военной экспедиции вторгся в святые земли ислама. Меньше чем за полгода Хиджаз был покорен, а в мекканской правящей верхушке возобладали сторонники и протеже Али-бея. Османский губернатор красноморского порта Джидды был заменен на мамлюкского бея, а правителем Мекки хашимиты провозгласили некоего Абдаллаха, который не замедлил титуловать своего благодетеля «султаном Египта и обоих морей». Этот средневековый мамлюкский титул символизировал как желание Али-бея возродить самостоятельную египетскую государственность, так и его претензии на господство над средиземноморским и красноморским бассейнами.
Возвышение Али-бея завершилось его авантюрной попыткой завоевать Сирию. Он вступил в сговор с палестинским шейхом Дахиром аль-‘Умаром, однако интриги в его окружении и измена самого надежного союзника и фаворита Мухаммеда Абу-з-Захаба привели к тому, что Али-бей был вынужден бежать в 1772 г. в Палестину. В изгнании мамлюкский предводитель не оставлял мысли о походе на Каир. Весной 1773 г. он вновь двинулся на Египет, но в решающем сражении при Салихийе потерпел поражение от Мухаммеда Абу-з-Захаба и вскоре скончался от ран. С его смертью закончилась одна из наиболее серьезных в истории османского Египта попыток вырвать его из подчинения Порте. Несмотря на то что стремлению Али-бея обрести независимость в конечном итоге не суждено было сбыться, в течение второго его правления (1767–1772) Египет фактически находился вне суверенитета Османской империи. Прямым следствием этого явилось дальнейшее ослабление зависимости Египта от центральной османской администрации.