Никон решил отказаться от мира, затворившись в Воскресенском монастыре. Приехавший из Москвы Трубецкой узрел его в грубом рубище и железных веригах, умерщвляющего плоть воздержанием, постом, молитвой и трудами. "Убоялся я того, — объяснил Никон свой отъезд из Москвы, — чтобы мне, больному, в патриархах не умереть; а впредь в патриархах быть не хочу — если захочу быть патриархом, пусть я проклят буду и анафемствован!" На свое место Никон повелел выбрать другого патриарха, пока же благословил ведать церковью митрополита Крутицкого Питирима.
Алексей Михайлович, умиляясь его подвижничеством, согласился оставить за Никоном Воскресенский, Иверский и Крестный монастыри со всеми приписными владениями, в которых работало более шести тысяч крестьян. Чтобы доходов хватало на возведение храма в Новом Иерусалиме, царь отказался взимать с них налоги и оброки. Он то и дело присылал Никону деньги, жаловал братию от своего стола, делал в пользу Новоиерусалимского храма отчисления с Камских соляных варниц. Через год после оставления Никоном престола царь прислал к нему гонца предупредить о татарском набеге и просил укрыться в Макариев Калязин монастырь, имевший крепкие стены. Патриарх ответил резко: "Чем в Калязин идти, лучше мне быть в Зачатейском монастыре, что в Китае-городе в углу!" "Про который святейший патриарх Зачатейский монастырь говорит, что он лучше Калягина монастыря?" — вопросил царский посыльный. "Тот, — ответил Никон, — что на Варварском крестце под горой у Зачатия". "Так там же тюрьма, а не монастырь", — возразил гонец. "Вот и возвести великому государю, — сказал Никон, — что иду в Зачатейский монастырь доложить о своих нуждах".
В Москве он остановился на Иверском подворье и известил царя, что желает беседовать с ним, дать благословение и уйти обратно, как только кончится татарская опасность. Алексей Михайлович и бояре стали совет держать и в первый день Никона во дворец не пустили. Во второй день послали к патриарху думного посольского дьяка Алмаза Иванова спросить, о чем он хочет говорить с государем. Никон отвечать дипломату отказался и благословения царю заочно не дал. Он волновался и ничего не ел до вечера третьего дня, когда после бурных споров во дворце его пригласили к государю. Сопровождаемый толпами народа, ликующего по поводу возвращения архипастыря и отступления крымских татар, Никон прошествовал во дворец. Царь встретил его на переднем крыльце и проводил в палату, где они как прежде говорили о государевой семье, военных делах и душеспасительных вещах. Затем Никон пошел к царице и детям Алексея Михайловича, задержавшись на женской половине часов до четырех ночи в молитвах. Ни единого слова о его возвращении произнесено не было. Отказавшись прийти на утренний пир во дворец, Никон на рассвете покинул столицу, где ему на каждом шагу чудились заговоры.
Никону мнилось, что враги чуть не настигли его в Крестном монастыре на Белом море, где он строил собор Воздвижения и вырубал в диком камне колодезь. Келейник его Феодосий оказался подосланным Крутицким митрополитом Питиримом и Чудовским архимандритом Павлом. Они якобы обещали Феодосию сан митрополита Новгородского, если тот отравит Никона. Злодей был замечен за приготовлением зелья, схвачен и допрошен, собственноручное признание отправлено в Москву с убийцей и его сообщником. На следствии церковные иерархи вышли сухими из воды, казни подвергся один Феодосий. В гневе Никон заявил, что оставил лишь московский престол, но не отрекался от сана патриарха, что все архиереи, поставленные им на свои степени, должны его почитать, а Питирим Крутицкий "седалище архиерея великого олюбодействовал незаконно". Алексей Михайлович крайне обеспокоился доносом, что бывший патриарх проклинает самодержца и поет на молебне неприличные псалмы: "Да будет двор его пуст, и жена его вдова, и чада его сироты". Немедля в Москве был созван собор русских и иностранных архиереев, постановивший сослать Никона, но один или два архиерея настаивали на расследовании. Царь согласился с последними.
Митрополит Газский Паисий Лигарид с толпой духовных лиц и придворных, с воинством полковника Василия Философова окружил Воскресенский монастырь. Они не стали слушать объяснения Никона, что он проклинал не царя, а своего супостата и доносчика Романа Бобарыкина, оттягавшего в суде часть монастырской земли. Месяц, пока велось следствие, монастырь был окружен стражей, его работники томились в колодках. Следствие ничего не дало, но Новый Иерусалим остался под стрелецкой охраной. Никон видел, что его попытка уйти от мира не удалась. То и дело в монастырь по доносам набегали следователи. Царя особенно волновало пребывание в Новом Иерусалиме иноземцев — греков, поляков, украинцев, белорусов, новокрещеных немцев и евреев, с которыми Никон вел беседы о положении Православной церкви в России. Выговоры из Кремля сыпались один за другим, однако царь не забывал посылать множество гостинцев, которые Никон делил с братией.
Непоследовательность государя склонила Никона поддаться на уговоры придворного Никиты Зюзина, писавшего в Новый Иерусалим, что Алексей Михайлович через своих приближенных — Афанасия Лаврентьевича Ордина- Нащокина, Артамона Сергеевича Матвеева и других — выражает желание, чтобы патриарх занял свое место в столице. В посланиях Зюзина указывалось число, когда патриарх должен прийти к Москве, и время — к воскресной заутрене; говорилось, что Никон должен представиться у городских ворот архимандритом Саввино-Сторожевского монастыря. В Успенском соборе, сев на патриаршее место и опершись на оставленный там при сошествии с кафедры посох св. Петра митрополита, Никон должен был принять одну за другой три царских делегации, взять из их рук ключи от патриаршего дворца. На этом распрю считалось возможным прекратить. Не без колебаний Никон 17 декабря 1664 г. поехал в столицу, выполняя все данные ему от имени царя предписания.
Внезапно появившись в Успенском соборе под пение "Достойно есть", изгнанник целовал иконы, взял прислоненный к патриаршему месту архиерейский жезл и под смятенный шепот духовенства, к восторгу народа, занял свое место. Во дворце со многими сановниками чуть не приключился удар, Алексей Михайлович ничего о посланиях Зюзина не знал. Царь созвал бояр и отрядил людей узнать, чего ради святейший в Кремль пожаловал. "Принес я мир и благословение великому государю, дому его царскому и всей своей пастве!" — отвечал Никон. Светские власти и архиереи послали передать: "Возвращайся в Воскресенский монастырь, не видя лица царского". Никон уперся: "Хочу видеть лицо царское и благословить дом его!" Еще не кончилась заутреня, как в третий раз пришли от царя: "Великий государь повелел тебе идти назад в Воскресенский монастырь!"
Никон поклонился иконам и, взяв посох Петра митрополита, сел в сани за воротами Кремля. Но прежде отряс он прах с ног своих с Христовыми словами: "Где не приемлют вас — исходите из града того, и прах, прилипший к ногам вашим, отрясайте, свидетельствуя на него; сего ради и я прах, прилипший к ногам моим, отрясаю вам!" "Ничего, — сказал стрелецкий полковник, — мы прах сей подметем!" "Разметет вас сия метла, — молвил Никон, указывая на явившуюся в небесах комету, — что реет на небеси!" Пока он ехал в свою обитель, государь с архиереями и боярами совещались, как забрать святой посох. Решили, если посох несет иподьякон — отнять, если же у самого Никона в санях или в руках — просить честью, а пока не отдаст, не отходить. Задержанный на двое суток в селе Черневе, Никон не стерпел озлобления — послал врагам посох, а царю письма, которые писал к нему бедный Зюзин. Матвеев и Нащокин насилу доказали, что не говорили от имени царя с осужденным Зюзиным. Да и трудно было поверить, чтобы два злейших врага согласно действовали.
Жестокое время усилило стремление Никона к монашеским подвигам. Он омывал ноги двухсот или трехсот богомольцев в праздники, ел вареную капусту с сухарной крошкой, в разрешенные дни — огурцы и уху из рыб, коих сам ловил. Работал в овчине и грубой рясе цвета пепла, подпоясанный широким кожаным поясом, в церковь надевал мантию из черного сукна, посох носил из ветви. В посты уходил в пустынь, истязал плоть поклонами и молитвами.
Царь собирал на Никона церковные соборы, копил подаваемые на него доносы. Но не находили русские архиереи правила, чтобы законно лишить патриарха сана, а Никон стоял на том, что покинул патриарший престол временно и от Москвы не в дальние места отошел; как царское величество гнев на милость положит, придет назад.
Всего шесть лет правил Никон Церковью (1653 — 1658 гг.), а распря с государем длилась уже более восьми (1658 — 1666). Наконец Алексей Михайлович и его советники исхитрились собрать в Москве множество православных архиереев из разных стран — и среди них двух патриархов: Паисия Александрийского и Макария Антиохийского. Договорившись с искателями милостыни и взяв подписки с русских иерархов, государь организовал осуждение Никона церковным собором.