мологские земли подвергались нападениям поляков и литовцев. С 1612 года сохранился на территории монастыря надгробный камень с надписью: «Сего монастыря инок Корнилий Беляницын погребен от сотворения мира 7120 г. (1612 г.) октября 1-го дня». Причем долгие столетия надгробье инока Корнилия было сокрыто под землей, но в конце XIX — начале XX века показался из земли белый камень, который сперва был виден мало, потом начал показываться более и более и, наконец, стал виден весь. Вследствие такого необычного явления он был огорожен перилами и покрыт деревянной кровлею. Позднее здесь была выстроена часовня, о которой отец Павел пишет: «Вторая часовня находилась на территории скотного двора, размером примерно два с половиной метра на три с иконостасом, но иконы были литографические на жести. Пола не было, в центре находилась могила, на ней лежала треснутая каменная плита с надписью, которую никто не мог прочитать, за исключением слов «игумен Корнилий» а остальное не разобрать. На северной и южной стенах висели очень древние иконы: «Знамение Божией Матери» и две — преподобного Корнилия»
Когда патриарх Никон основал Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь на реке Истре в 46-ти верстах от Москвы, сделав точную копию иерусалимского храма Воскресения Господня и назвав все места этого монастыря так же, как в палестинском Иерусалиме (были здесь и Назарет, и гора Элеонская, и гора Фавор, а река Истра была переименована в Иордань) — то к этому знаменитому патриаршему монастырю была приписана и Мологская Афанасьевская обитель, так что все управляющие ею строители и игумены назначались из Нового Иерусалима.
Патриарх Никон, поссорившись с царем Алексеем Михайловичем, в начале 1660-х годов на несколько лет уединился в своем любимом Воскресенском монастыре Новый Иерусалим. На соборе 1666 года Никон был лишен патриаршего сана и затем отправлен в ссылку на Белоозеро. Путь его пролегал через Мологский монастырь. Ученик патриарха Никона Сергий Прокофьев в то время как раз был настоятелем Афанасьевского монастыря и, как пишет о. Павел, он и братия «воздали честь опальному патриарху, за что были избиты стрельцами и выгнаны из обители». Этот случай подтверждается и хронологически. Хотя в приходский храм впавшая в опалу обитель была обращена не сразу. Сюда еще назначаются игумены, есть и монашествующие. Ссылка патриарха Никона продолжалась пятнадцать лет, и только в 1681 году уже не царь Алексей Михайлович, а его сын Федор позволил Никону вернуться в родной монастырь Новый Иерусалим. Но этому не суждено было сбыться. Опальный патриарх тяжело занемог в дороге и в Ярославле скончался. А Мологская Афанасьевская обитель, потрясенная всеми этими событиями и начавшейся церковной смутой, запустела.
Епископ Ростовский Георгий 13 марта 1723 года представил в Священный Синод ведомость, в которой пишет: «В Афанасьевском монастыре две церкви: зимняя во имя Живоначальной Троицы и летняя во имя Успения Пресвятой Богородицы, при чем число причта показано: белый поп и диакон». Это значит, что ни одного монаха в начале XVIII-гo века в Мологской Афанасьевской обители уже не было. Официально монастырь упразднен в 1729 году.
Через 35 лет «по ея Императорского Величества высочайшему указу» в Мологской обители производится опись имущества. «За неимением в оном монастыре настоятеля и монашествующих» бумага писана рукою «белого приходского попа Алексея Афанасьева» а засвидетельствована «Бутырского пехотного полку порутчиком Евдокимом Петиным». Монастырь за долгие годы своего запустения не растерял ни одного из своих образов, не остался совсем и без вотчинных земель, к которым по ревизии 1744 года относилась и Кулига со всеми своими деревнями. Правда, священник Алексей Афанасьев жалуется, что «в том приписном Афанасьевском монастыре против древнего установления надлежит быть игумен; ныне на лицо никого монашествующих не имеется, а имеется один белый приходской священник (т. е. он сам. — Авт.), которому оного монастыря от вотчинных крестьян никакого, как денежнаго, так и хлебнаго жалования, в дачу не производится».
С составителем описи 1764-го года священником Алексеем Афанасьевым придется встретиться в документах через несколько лет по достаточно неожиданному поводу — дело касается той самой древней иконы Тихвинской Божией Матери «от рода ярославских князей Феодора Ростиславовича», которая в 1770-м году прославилась как чудотворная. В то время свирепствовала в Москве и других городах моровая язва, пришла она и в посад Мо-логу. Тогда мологжане обратились к заступлению сей иконы: из Успенской церкви монастыря (тогда приходской) Тихвинская Богоматерь была перенесена крестным ходом в соборный храм Мологи, и язва прекратилась. С тех пор образ Тихвинской Божией Матери почитается как чудотворный, а в память об избавлении Мологи от моровой язвы был учрежден ежегодный крестный ход с иконой, которую переносили в Воскресенский собор города на три недели с 30-го сентября. По просьбе жителей святыня была принимаема и в домах граждан.
Такое почтение к иконе Афанасьевского монастыря вызвало недоброжелательство клирошан церкви соседнего села Веретен: ими был послан донос архиепископу Ростовскому и Ярославскому Самуилу, в котором указывалось, что даже «молебствия тому образу от разного звания людей совершаются от прочих святых икон отлично». 16 мая 1780 года в Мологский городской магистрат пришло послание владыки Самуила, который требовал «от всех оного города Мологи обывателей, купцов и мещан взять известие», т. е. допросить, давно ли Тихвинская Богоматерь находится в упраздненном Афанасьевском монастыре и почему ей оказывают «отличное против протчего святых божия матере икон почтение и молебствия». И вот начался «розыск по делу». В первую очередь призвали к ответу священника Алексея Афанасьева и весь клир бывшего монастыря, допросили купечество и мещан города Мологи, крестьян сел Боронишино, Шумово, Станово, Феодорицкого. Все они «в сущую правду согласно показали», что икона Тихвинской Богоматери «издавних лет» находилась в монастыре, а как она там появилась, «того они сказать не могут», а почитают ее за «первообразную». Упорствовали лишь крестьяне и церковнослужители села Веретен, откуда был послан донос, и по-прежнему отстаивали свое обвинение. Дело, тем не менее, было закрыто «за отсутствием состава преступления».
Когда монастырь был вновь учрежден, но уже как женский «под управлением игуменьев», икона Тихвинской Богоматери стала именоваться его чудотворной святыней. Настоятельница и прочие насельницы обители при вступлении в монастырь в 1797 году получили словесные сведения об этой иконе от 112-летнего старца воина Лазаря Иванова, который передал им, что «сия икона дана на благословение от святаго благовернаго ярославскаго князя Феодора Ростиславовича сыну его св. благ, князю Давиду Феодоровичу (ок. 1298 г.). Давид же Феодорович благословил ею младшаго сына своего Михаила на удельное княжение в Мологу (ок. 1321 г.), а Михаил благословил сына своего Феодора Михайловича, который ок. 1370 г. и принес сию икону в древний Афанасьевский монастырь»
«Рассказ сей