В 1988 г. появляются первые антисистемные общественные организации. В мае на основе радикального неприятия существующей власти образуется оппозиционный «Демократический союз» во главе с В. Новодворской и Е. Дебрянской. Одновременно на другом полюсе политического спектра кристаллизуются силы, оппонирующие режиму с национал-большевистских позиций. К весне 1989 г. происходит окончательная политизация неформального движения.
В силу отсутствия в советском обществе каких-либо традиций политической и гражданской культуры полемика между сторонниками и противниками «перестройки» перерастает в яростную борьбу. Реформаторы на основе критики сталинизма и массовых репрессий начинают массированную атаку на саму советскую систему и ее политическое ядро — КПСС. Партийные идеологи обвиняли своих оппонентов в забвении социалистических ценностей, в игнорировании опыта истории, в легковесности и популизме.
Поляризация сил затрагивает партийно-государственную элиту и даже команду реформаторов, которая также распадается на отдельные группировки. Очень скоро во главе консервативного крыла в КПСС оказываются недавние сторонники Горбачева — Е. К. Лигачев, В. И. Чебриков, И. К. Полозков. За недостаточно радикальную либерализацию общественной жизни критикует «отца перестройки» другая группа его сторонников — А. Н. Яковлев, Э. А. Шеварнадзе, Б. Н. Ельцин.
Первые шаги Б. Н. Ельцина в качестве руководителя Московской городской партийной организации, начавшего борьбу с привилегиями партноменклатуры, с бюрократизмом партийного и государственного аппарата, вызывают в стране огромный резонанс. Разные взгляды в руководстве страны на обновление КПСС, на темпы и методы «перестройки» наиболее отчетливо обнаружились на октябрьском Пленуме ЦК КПСС в 1987 г. Критика Б. Н. Ельциным генерального секретаря, не допущенная, правда, на страницы печати, была расценена консервативным большинством ЦК КПСС как политическая ошибка, как желание «побороться с ЦК». Попытка руководства КПСС устранить Ельцина из политической жизни привела к обратному результату — его популярность в народе резко выросла.
Попыткой объединить все консервативные силы, сформулировать единую платформу стала публикация 13 марта 1988 г. газетой «Советская Россия» письма мало кому известного преподавателя Ленинградского технологического института Нины Андреевой «Не могу поступиться принципами», в котором отчетливо ставился вопрос о реабилитации Сталина и оправдывалась его политика.
Новый этап политических реформ. Нежелание и неспособность аппарата что-либо менять вынуждают М. С. Горбачева предпринять решительные шаги по реформированию политической системы. К этому верховную власть вынуждали и иные обстоятельства. В 1988 г. в стране проходили многотысячные митинги под демократическими лозунгами, на которых уже ставился вопрос о демонтаже советской системы. Стремясь удержаться во главе процессов обновления, Горбачев и его сторонники меняют стратегию реформ. Весной 1988 г. они приходят к выводу, что без реальной демократизации органов власти и управления в центре и на местах, без коренного изменения взаимоотношений партийных органов с советскими дальнейшие реформы в стране невозможны. Первая серьезная попытка разорвать порочный круг была сделана летом 1988 г. на XIX партконференции, которая декларировала передачу власти Советам, разграничение функций партийных и советских органов, проведение демократических выборов народных депутатов. Стратегический замысел Горбачева состоял в том, чтобы, обновляя Советы, сохранить «авангардную» роль КПСС. По этой причине Горбачев еще на стадии подготовки конференции отверг все другие варианты новой политической системы, включая «Республику Советов» (предложение А. И. Лукьянова) и президентскую систему, за которую выступали А. Н. Яковлев и Г. Х. Шахназаров. Эту же цель преследовал Горбачев, предложив делегатам конференции (большинство которых представляли интересы партийной и хозяйственной элиты) идею соединения партийной и советской власти.
В декабре 1988 г. в соответствии с установками партконференции в действующую Конституцию были внесены изменения, согласно которым высшим органом власти в СССР становился Съезд народных депутатов, состоявший из 2250 депутатов; его заседания должны были проводиться один раз в год, а его делегаты должны были заниматься в свободное от работы съезда время своими прежними делами. Изменения затронули и избирательную систему, которая становилась более демократичной, хотя и сохраняла определенные недостатки, включая избрание одной трети народных депутатов от общественных организаций.
С принятием изменений и дополнений к Конституции, а также нового закона о выборах первый этап политической реформы был завершен. Его итоги были весьма противоречивы. Предприняв меры по ограничению властных полномочий КПСС, Горбачев пошел на разрыв с фундаментальными принципами, на которых строились политические отношения в СССР. После конференции было проведено наиболее существенное обновление состава Политбюро и секретарей ЦК, упразднены отраслевые отделы ЦК, кроме аграрного. Их число сократилось с 20 до 8. Но Горбачев не устранил КПСС от власти, и это обстоятельство имело решающее значение для всего последующего развития. В выборах, проходивших 26 марта 1989 г., приняло участие почти 90 % зарегистрированных избирателей. Их итоги также принесли много неожиданностей, главная из которых — серьезное поражение номенклатурных кандидатов от КПСС. Из 169 первых секретарей обкомов партии избиратели забаллотировали 32. Значительное поражение партийные кандидаты потерпели во многих крупных промышленных центрах Поволжья и Урала, в Прибалтике, Закавказье. В Ленинграде ни один партийный и советский руководитель не был избран в состав депутатов. Прежде всего это было связано с серьезным ухудшением экономического положения страны. Не принесли дивидендов КПСС ни включение в состав «красной сотни» почти всей партийной верхушки, ни попытка дать политическую оценку предвыборным выступлениям Б. Н. Ельцина.
Отмена 6-й статьи Конституции. Созыв съезда означал окончание «перестройки» как «революции сверху». Процесс демократизации, начатый КПСС, вышел из-под ее контроля. Летом 1989 г. «перестройка» стала делом миллионов, в этом качестве она обрела новых лидеров, новые цели и задачи. Соответственно новое измерение получила и политическая реформа.
Первый Съезд народных депутатов, открывшийся в Москве 25 мая 1989 г., по многим характеристикам отличался от прежнего Верховного Совета. Благодаря поддержке народных фронтов в его состав вошли многие демократические лидеры, включая А. Д. Сахарова, Ю. Н. Афанасьева, Д. С. Лихачева. Участие в первом советском парламенте для многих демократов было сопряжено с риском. Еще были возможны гонения, аресты. Большинство депутатов съезда составляли сторонники старой системы (агрессивно-послушное большинство, как назвал их в своем выступлении депутат Ю. Афанасьев).
Более двух недель никто в стране, по сути, не работал. Все взрослое население СССР по телевидению следило за ходом съезда. Появление на нем значительной группы оппозиционно настроенных депутатов придало его работе невиданную прежде остроту. Совершенно непривычной была острая и резкая критика в адрес высшего руководства страны. За время работы съезда значительная часть депутатов прошла огромный эволюционный путь. На съезде начали оформляться политические фракции как реформистской, так и антиреформистской направленности. В противовес «агрессивно-послушному большинству» съезда, вопреки регламенту на съезде возникла Межрегиональная депутатская группа. Ее лидерами стали такие известные ученые и политики, как А. Д. Сахаров, Ю. Н. Афанасьев, Б. Н. Ельцин, Г. Х. Попов, А. А. Собчак, Г. В. Старовойтова. К концу работы съезда в ней насчитывалось около 150 депутатов. «Межрегионалы» не имели четкой программы реформ, единственное, что их объединяло в тот момент, это стремление отменить шестую статью Конституции, закреплявшую монополию КПСС на власть в стране. В декабре 1989 г. МДГ безуспешно пыталась включить этот вопрос в повестку дня Второго Съезда народных депутатов СССР. За несколько дней до смерти академик А. Д. Сахаров призывал в качестве крайней меры давления на съезд провести предупредительную всеобщую политическую забастовку с требованием изъятия шестой статьи из Конституции. Надежды демократических сил не оправдались. Большинство съезда по-прежнему ориентировалось на однопартийную систему.
К осени 1989 г. идея многопартийности, первоначально прозвучавшая как крамола, находила все большую поддержку во всех слоях общества. В конце 1989 — начале 1990 г. создается целый ряд оппозиционных по отношению к КПСС партий. Девятнадцатимиллионная КПСС быстро теряла доверие в народе. Ее подтачивали прежде всего структурные пороки — отсутствие внутрипартийной демократии, бесконтрольная монополизация власти в руках только исполнительных партийных органов (бюро) и их штатного аппарата, составлявших незначительные доли процента общей численности партии, обстановка строжайшей секретности. По этим причинам миллионы простых коммунистов фактически не участвовали в формировании партийной политики, были лишь послушными исполнителями команд и указаний свыше.