Патриаршие приказы имели каждый свое особое назначение, на что отчасти указывают и самые их названия, но некоторые из них вначале еще не довольно ясно были очерчены. В Дворцовом приказе сосредоточивалось высшее управление и суд над всеми вотчинами и крестьянами патриаршего дворца, равно над всякими приказными и дворцовыми людьми, служившими при патриаршем дворце или в патриарших вотчинах, и высшее заведование доходами с этих вотчин и выполнением ими государственных повинностей. Но сюда же велено было доставить, например, в 1625 г. подробную роспись Требникам и Служебникам, в которых по приказанию патриарха замазано было слово «и огнем», а в 1628 г. – отписку о поведении в нижегородском Печерском монастыре церковного дьячка Семейки Григорьева, находившегося там на епитимии по обвинению в волшебстве и подобное. Казенный приказ заведовал патриаршею казною: назначением даней и пошлин с церквей и монастырей епархии, сбором всякого рода пошлин на патриарха, домовыми патриаршими монастырями и отчетами о всех вообще приходах и расходах патриаршей казны. Область этого приказа была уже определена с большею точностию, нежели других. В Судном приказе производились суд и расправа над духовенством и мирянами патриаршей епархии по всем подлежащим делам, хотя известны только некоторые частные дела, производившиеся в этом приказе, каковы: о незаконных вкладах и продажах недвижимых имений в монастыри. В Патриаршем разряде, или Разрядном приказе, ведались дела, кажется, преимущественно административного характера: сюда, например, требовались сведения о поведении лиц, сосланных на епитимию в монастыри; велено было доставить для сожжения церковные уставы, напечатанные Логгином, также «Учительное Евангелие» и другие книги Транквиллиона; поступали ведомости из монастырей о числе собранных денег и даточных людей для государевой службы, хотя, с другой стороны, сюда же вызваны были на суд старец-соловар и слуга Симонова монастыря за причиненные ими будто бы убытки Троицкому монастырю. Адам Олеарий, бывший в Москве несколько раз при патриархах Иоасафе и Иосифе, не упоминает о Дворцовом патриаршем приказе, а о трех остальных говорит следующее: «Патриарх имеет свои особые три приказа, именно: 1) Разрядный, в котором ведутся списки всех церковных имений, записи на эти имения и помещаются в архив; 2) Судный, в котором патриарх производит свой суд и расправу, и 3) Казенный, в который вносится и сохраняется казна и ежегодный приход патриарха». Во всех патриарших приказах, по нашим документам, заседали только светские лица: в Дворцовом – патриарший дворецкий и патриарший дьяк; в Казенном – два патриарших дьяка; в Судном – два патриарших боярина да два дьяка; в Разрядном – два боярина, один государев, другой патриарший, и два дьяка. Но Олеарий пишет, что «патриарх поставлял в эти приказы для управления своих известных людей из духовного звания, которые и доносили ему обо всем, доставляли отчеты и исполняли его приказания и приговоры».
Между тем в других епархиях духовенство и особенно монастыри более и более переходили вследствие несудимых грамот из подчинения своим епархиальным архиереям под власть государева Приказа Большого дворца. Монастыри, не довольствуясь тем, что в исках на них сторонних лиц судились не в местных судебных учреждениях, а в одном Приказе Большого дворца и только в три известные срока, испрашивали еще себе у государя грамоты, чтобы и свои иски на сторонних лиц вести в том же одном Приказе Большого дворца, а не в разных судах, хотя, с другой стороны, по жалобе дворян и детей боярских в 1641 г. государь приказал производить впредь иски на монастыри и вообще на лица и учреждения духовного ведомства не в три положенные срока, а бессрочно. Дошло до того, что монастыри начали не слушаться своих епархиальных архиереев даже и не в гражданских делах, например, монастыри Вологодской епархии не хотели принимать старцев-епитимийцев, которых присылал к ним под начало местный архиепископ, без царского указа, и архиепископ принужден был бить челом государю, и государь приказал (март 1639 г.) чрез вологодского воеводу монастырям, чтобы они принимали епитимийцев, присылаемых архиепископом. Сам государь чрез Приказ своего Большого дворца простирал свою исключительную власть на всю экономическую и на всю правительственную часть монастырей и слал в монастыри свои грамоты не только, например, о поставке даточных людей и о сборе денег на жалованье ратным людям, но и против беспорядков, происходивших в монастырях, и о введении новых порядков во внутреннем управлении монастырей, не говорим уже о том, что сам государь назначал настоятелей и настоятельниц в монастыри, – это было с давнего времени и прежде. Только некоторым архиереям, например новгородскому, царь делал снисхождение и подтверждал за ними право самим «ведать и судить своих архиерейских приказных людей: и дьяков, и детей боярских, и крестьян, и всяких домовых службников во всяких исцовых искех» (грамота от 27 октября 1645 г.).
Наконец, когда в 1648 г. царь Алексей Михайлович признал за благо дать всем своим подданным общее Уложение, по которому бы «Московскаго государства всяких чинов людям, от большаго и до меньшаго чина, суд и расправа была во всяких делех всем ровно», он дал вместе в том же законодательном кодексе общее уложение и для всего духовенства по делам гражданским. Царь «указал Монастырскому приказу быти особно», т. е. чтобы Монастырский приказ, доселе существовавший только в виде отделения в Приказе Большого дворца и едва упоминавшийся сделался самостоятельным судебно-гражданским учреждением для всех лиц духовного звания и ведомства (за исключением одного патриарха). Здесь должен был совершаться «суд во всяких истцовых искех на митрополитов, архиепископов, епископов, их приказных и дворовых людей, их детей боярских и крестьян, на монастыри, на архимандритов, игуменов, строителей, келарей, казначеев, на рядовую братию, монастырских слуг и крестьян, на попов и церковный причт» (Уложение. Гл. 13. Ст. 1). Учреждением такого суда для духовенства произведена была весьма ощутительная перемена в управлении нашей Церкви. Прежде Приказу Большого дворца или существовавшему в нем в виде особого отделения Монастырскому приказу подлежали по суду только те монастыри и духовные лица, которые имели несудимые грамоты, – теперь этому приказу подчинены все монастыри и все лица духовного звания и ведомства и несудимые грамоты упразднены. Прежде монастыри и духовные лица судились в Приказе Большого дворца только в исках на них со стороны лиц других ведомств – теперь в Монастырском приказе все духовные лица должны были судиться «во всяких истцовых исках», следовательно, и во всех взаимных их исках между собою, что являлось уже прямым вмешательством гражданской власти в дела Церкви. Прежде архиереи и настоятели привилегированных монастырей подлежали в исках на них сторонних лиц непосредственному суду самого государя, как по крайней мере выражалось в жалованных им грамотах, хотя в последние годы пред Уложением и они малопомалу начали уже судиться в Приказе Большого дворца (Уложение. Гл. 13. Ст. 1), – теперь же прямо было узаконено, что митрополиты, архиепископы и епископы во всех исках на них должны ведаться в Монастырском приказе, и таким образом Церковь в лице высших своих представителей явно подчинялась суду властей гражданских. Правда, в Уложении не определен личный состав Монастырского приказа, и в нем заседали вначале и духовные лица, например чудовский архимандрит, троицкий и новоспасский келари. Но скоро духовные лица были вытеснены оттуда и в приказе остались одни мирские судьи. По Уложению только патриарх, его приказные и дворовые люди, дети боярские, крестьяне и всяких чинов люди, живущие в патриарших домовых вотчинах, были изъяты во всяких делах из ведомства Монастырского приказа и оставлены под судом самого патриарха (гл. 12. Ст. 1). Но все монастыри и все вообще духовенство патриаршей области по исковым делам не были изъяты из ведомства этого приказа. Надобно еще сказать, что при неясности и неопределенности положений, касавшихся Монастырского приказа. Уложение Алексея Михайловича давало повод к разным злоупотреблениям со стороны лиц, заседавших в приказе, к их столкновениям с духовными властями и вмешательству в духовные дела. Уложение в его оригинальном списке подписали «по государеву указу» (октября 1648 г.) и патриарх Иосиф, и все другие архиереи, и весь освященный Собор, подписал вместе с прочими и Никон, бывший тогда еще новоспасским архимандритом, хотя в душе был очень недоволен Уложением, как обнаружилось впоследствии. Чтобы успокоить своего любимца, вскоре сделавшегося Новгородским митрополитом, царь Алексей Михайлович не замедлил сделать для него отступление от своего Уложения: дал ему несудимую грамоту (6 февраля 1651 г.), такую же, какая дана была некогда патриарху Филарету Никитичу, и предоставил Никону во всей Новгородской епархии «монастыри, и архимандритов, и игуменов, и дьяконов, и всех ружных и приходских церквей попов, и дьяконов, и причетников, и монастырских служек, и крестьян ведать судом и управою во всяких управных делех, опричь разбойных, и татных, и убивственных».