Далее царь Иван Васильевич находит нужным приблизить его к себе, и поэтому в 1571 году переводит Иова в Москву настоятелем Симонова монастыря. Пройдет еще немного времени, и в 1575 году царь поставит его настоятелем Новоспасского монастыря, считающего в то время царским. С апреля 1581 года- Иов епископ Коломенский, а с января 1586 - архиепископ Ростовский. В этом же году, 11 декабря, Иов «митрополит Московский и всеа Руси». (98) Но смиренному Святителю предстояло воспринять и высшее иерархическое достоинство Русской Церкви, сообразное ее действительному значению в христианском мире.
В 1586 году царь Федор Иванович Годунов по совету своего щУрина Бориса Годунова высказал мысль об учреждении Патриаршества, чтобы упрочить престиж русской церкви и самого Иова. Без авторитетного руководства церковь не могла вернуть себе то влияние, которым пользовалась в былые времена. Между тем, обстановка острого социального кризиса требовала возрождения сильной церковной организации. В такой ситуации светская власть выступила с инициативой учреждения в России Патриаршества.
Однако, на пути ее реализации существовала преграда - позиция константинопольского Патриарха. Тот, опасаясь конкуренции и сокращения сферы своего влияния, издавна препятствовал учреждению Патриаршества на Руси.
В 1588 году в Россию неожиданно прибыл сам константинопольский Патриарх Иеремий. Подлинной же причиной путешествия Патриарха Иеремия в Москву были долги константинопольского Патриаршества. Переговоры по поводу субсидий сразу же зашли в тупик, поскольку русские власти потребовали предварительно решить вопрос об учреждении у них Патриаршества. Но Иеремий не собирался вести переговоры на эту тему.
Уяснив истинное положение вещей, московские политики решили добиться своей цели хитростью и силой. Царь Федор Иванович тонко рассчитал свои действия, проник в душу слабовольного и тщеславного Иеремии. Вскоре сломленный Патриарх во всеуслышание изъявил желание стать российским Патриархом. Тогда ему поставили условие: Патриарх должен жить не в Москве, а там, где был «древний престол русский - во Владимире-на-Клязьме». (99) Но Иеремий не пожелал переехать в захолустную бывшую столицу России. Отказ Патриарха ускорил развитие событий. Ему дали понять, что если он отвергнет условия московского царя, то будет до конца своих дней жить в России под арестом. Сломленный духом Иеремий согласился на все при одном условии: чтобы его самого «и его людей отпустили в отечество». (100)
26 января 1589 года Патриарх Иеремий возвел Иова на высший иерархический сан. В соборе заранее приготовили возвышение, на котором поставили три кресла - для царя Федора Годунова, Константинопольского Патриарха Иеремии и новонареченного Патриарха Московского Иова. В первом часу дня начался благовест и к собору стали стекаться духовная и светская знать. Первым прибыл святитель Иов и, поклонившись святым иконам и мощам, направился в придел Похвалы Пресвятой Богородицы для облачения.
Затем, повторив тот же церемониал шествия в собор, что и при наречении, прибыл Патриарх Иеремий, который торжественно облачился в центре собора. Только после этого открылось торжественное шествие государя Федора Ивановича.
Затем протопоп Ефимий и греческий архидьякон Леонтий ввели святителя Иова и поставили перед орлецом, расположенным у амвона. Поклонившись в пояс царю и Патриарху, новонареченный Патриарх прочел вслух свое исповедание православной веры и присягу. (101)
Патриарх Иеремий благословил Иова со словами: «Благодать Пресвятого Духа да будет с тобою». (102) После этого новонареченный взошел на уготованное для него место на возвышении и встал близ царя и Патриарха. Оба Патриарха приветствовали царя, а царь приветствовал Патриархов. Святитель Иов поклонился всему священному собору до земли и был отведен в придел Похвалы Пресвятой Богородицы, где оставался до времени посвящения.
Началась Божественная литургия. Во время пения Трисвятого он встал перед Царскими вратами, а затем был введен архиереями и протопопом в алтарь и, по благословению Патриарха Иеремии, трижды обошел вокруг престола при пении тропаря святым мученикам. У престола Патриарх возложил на его голову Евангелие, сослужившие архиереи возложили свои руки на его главу и трижды благословили новонареченного святителя Иова. Затем оба Патриарха совместно продолжали службу.
После литургии оба Патриарха вышли из алтаря. Архиереи возвели нового Патриарха на его первосвятительское место посреди собора и трижды посаждали в патриаршее кресло с пением многолетия по-гречески. Затем святитель Иов снял богослужебное облачение. Патриарх Иеремий возложил на него «золотую воротную икону», а также переданную от государя золотую панагию, украшенную драгоценными камнями, «да клобук вязан шолк бел с ка-мением с яхонты и с жемчюги...» (103)
Царь Федор Иванович произнес поздравительную речь и подал Патриарху Иову посох святого Митрополита Петра, украшенный позолотой и драгоценными камнями, для управления русским Патриархатом. (104) На царское слово Патриарх Иов ответил речью, в которой обещал молиться Богу о Русском государстве. В заключении Патриархи благословили народ на четыре стороны при пении многолетия.
Через несколько дней, 30 января, Патриарх Иов совершил первое возведение в сан митрополита на Новгородскую кафедру архиепископа Александра, а еще через несколько дней - архиепископа Варлаама на Ростовскую митрополию. Этими актами было завершено торжество установления Патриаршества в Москве.
Таким образом, Русское государство теперь и в церковном отношении стало совершенно самостоятельным и независимым, юридическая подчиненность Константинополю была отныне упразднена. Оставалось, правда, канонически утвердить русское Патриаршество признанием Православного Собора. На достижение канонического оформления осуществившегося акта и были направлены действия русской церковно-государственной власти в последующие годы.
Вскоре после вступления в сан Патриарха Иов позаботился о прославлении тех, кого считал своими духовными учителя - Иосифа Волоцкого и Филиппа Колычева. В 1591 году святитель Иов установил общерусское празднование памяти главы «иосифлян», сам написал ему канон и отредактировал церковную службу. В том году Патриарх санкционировал перенесение из тверского Отроча монастыря на Соловки мощей митрополита Филиппа.
В 1595 году Патриарх Иов почтил и более ранних своих предшественников- московских митрополитов Петра, Алексея и Иону. Он установил особый день 5 октября для празднования их общей памяти.
Первый Патриарх поначалу пытался навести порядок в среде московского приходского духовенства. Однако он не проявил в этой области должной настойчивости и твердости.
7 января 1598 года на 41-м году жизни скончался последний представитель правящей ветки «рюрикова дома» слабоумный царь Федор Иванович, который не оставил после себя духовного завещания. В ходе избирательной борьбы возникли различные версии насчет его последней воли. Носились слухи, будто царь Федор назвал в качестве преемника Романова, одного из своих братьев. Официальная версия, исходившая от Годуновых, была иной. Как значилось в утвержденной грамоте ранней редакции, Федор «учинил» после себя на троне жену Ирину, а Борису «приказал» царство и свою душу в придачу. (105) Окончательная редакция той же грамоты гласила, что царь оставил «на государствах» супругу, а Патриарха Иова и Бориса Годунова назначил своими душеприказчиками. (106)
Преданный Борису Патриарх Иов разослал по всем епархиям приказ целовать крест царице Ирине. Но Иов явно не рассчитал своих,сил. По словам очевидцев, в столице «важнейшие не захотели признать Годунова великим князем», в провинции также не все целовали крест «новому великому князю». (107)
Борьба за власть расколола Боярскую думу. Раздор в думе достиг такой остроты, что Борису пришлось покинуть свое кремлевское подворье и выехать за город. Покидая Кремль, Годунов оставил там в качестве доверенного лица Иова. Бесцеремонное вмешательство в политическую борьбу навлекло на Патриарха негодование знати. Впоследствии Иов не мог без горечи говорить о времени, предшествовавшем избранию Годунова. В те дни, вспоминал Патриарх, он впал «во многие скорби и печали» и на него «нападе озлобление и клеветы, укоризны, рыдания и слезы, сия убо вся меня смиренаго достигоша». (108)
17 февраля истекло время траура по Федору, и Москва тотчас же приступила к выборам нового царя. Патриарх созвал на своем подворье совещание, принявшее решение об избрании на трон Бориса. Церковь пустила в ход весь свой авторитет. По распоряжению Патриарха столичные церкви открыли двери перед прихожанами. Агитация церкви за Бориса сказалась положительно.
26 февраля народ встречал Бориса на поле, за стенами города. В Кремле Патриарх проводил Годунова в Успенский собор и там благословил на царство во второй раз. Присутствовавшие «здравствовали» правителя на «скифетроцарствия превзятии». (109)